自然人投资者作为个人所得税重点纳税人，各地税务机关都给予了高度关注。但由于股权转让涉及面较广，部分纳税人和扣缴义务人对股权转让行为的纳税义务比较陌生，有时还会发生未按规定履行纳税义务和扣缴义务的现象。究其原因，主要有以下几个方面：

一是低平价转让中核定制度不完善。当前有限责任公司个人股东股权转让较为频繁，个人股权转让给个人时实际转让收入掌握起来比较难，转让双方的当事人出于种种目的不愿意提供真实的转让收入，存在低价或平价转让股权现象，低价转让尤为突出。而针对存在低价或平价转让的情况，税务机关没有一套完整的核定征收规程。

二是扣缴义务人规定不具体。现行个人所得税法规定支付者为扣缴义务人，但支付者（股权购买方）往往不知道纳税人（股权出让方）的股权原值，不能准确计算其应扣缴的个人所得税额。如果股权购买方是外国公司或外籍个人，其作为扣缴义务人如何履行扣缴义务，如何进行扣缴申报，现行税法均没有明确规定。

三是股权转让信息获取不及时。在股权转让的一般程序中，股权变更登记为最后一道环节，自然人股权转让往往事前不主动告知税务机关，税务机关在收到工商部门的股权变更资料办理变更税务登记时才知晓，个人所得税征管相对滞后，给税款的追征带来一定的困难。

针对现行股权转让税收征管中出现的问题，应及时制定相关的税收政策，积极采取有效措施，加强和完善股权转让的税收征管。

一是实行自然人股权转让价格认证制度。与物价部门联合制定涉税财产价格鉴证管理办法，启动对企业股权转让中涉及不动产价格的涉税财产价格鉴定程序，通过具有公信力的价格鉴证，强化对不同类型企业的股权转让的个人所得税管理。通过对自然人股权转让的价格鉴证，既可以减少税务机关的执法风险，也较容易获得纳税人的认可。同时，制定规范的股权转让审核流程，并尝试增加约谈笔录、对关联性企业股权转让进行反避税审核等环节，加强对股权转让价格的确认。

二是进一步明确申报主体和法律责任。现行个人所得税法和全员全额扣缴办法中，除“个体工商业户的生产经营所得”和“对企事业单位的承包经营、承租经营所得”两个项目外，其余九个项目均为代扣代缴项目。这有利于加强对税源的管理，但对于财产转让所得这一项目来说，自然人之间发生的转让，纳税义务发生时间的界定和扣缴责任的界定不够明确。因此，应进一步明确受让方为扣缴义务人，转让方同时负有向受让方提供原值（协议）和相关费用的义务，股权变更企业则有及时向税务机关报告相关信息并配合税务机关工作的义务，以及上述三方未履行法定义务而应承担的法律责任。如果股权购买方是外国公司或外籍个人，将其作为扣缴义务人履行扣缴义务有困难的，可明确由转让方自行申报。