证券交易印花的税率此后数次调整，1997年5月从3%。上调到5%。，之后1998年6月又下调到4%。，1999年6月又下调到3%。，2001年11月又下调为2%。，2005年1月又下调为1%。。关于证券交易印花税税率调整中最著名的一次是2007年5月30日深夜，财政部突然通知把税率从1%。上调到3%。，被股民戏称为夜半鸡叫，当然此次调整对股市影响之大也是前所未有的，很多投资者尝切肤之痛。
随后2008年4月财政部又将税率下调为1%。。从证券交易印花税开征以来一直是吃了上家吃下家的，直到2008年9月19日起从双边征收改为了只向卖家征收的单边方式，这种征收的方式一直沿用至今。当然所有证券交易印花税的调整都对股市带来了明显的影响，同时也深受股市涨跌的影响。几乎每次证券交易印花税的上调都带来了当日股市的下跌，而下调则带来股市的明显涨幅，这也算是国家税收政策对经济行为最直接的调节作用了。
政府收了税，按照中国财政管理体制分税制的原则，中央和地方怎么分配的呢？1994年分税制改革至1996年底之前是中央、地方一家一半，但随着股市的逐渐繁荣，国务院决定从1997年1月1日起，将证券交易印花税的分享比例调整为中央80%和地方20%。1998年6月又对证券（股票）交易印花税再次调整分享比例，改为中央88%、地方12%。2000年上半年上海证券交易所交易股票贡献的证券交易印花税当时几乎占了上海市税收收入的1/4，而2007年全国证券交易印花税对财政的贡献金额更是达到了创纪录的1945亿元。随着证券交易印花税征收额的节节攀升，从2000年10月1日起将分享比例分三年调整到中央97%、地方3%，即：2000年中央91%、地方9%，2001年中央94%、地方6%，从2002年起中央97%、地方3%。这个比例保持至今。
由于证券交易印花税是由上海证券交易所和深圳证券交易所代为征收，按照中国税法规定，代扣代缴义务人是可以按照代扣代缴税金的一定比例提取代征手续费。证券交易印花税最早的代征手续费比例为5%，后来政府发现两个交易所代扣税金实在是比较简便，于是从1999年1月1日起，把代扣手续费下调到了与企业为员工代扣代缴个人所得税一样的2%。两年以后的2001年1月1日，证券交易印花税代征手续费提取比例从2%下调为1%。证券交易印花税越收越多，但是提取比例却在逐年下降，当然基数大了，绝对值还是有一定的保障的，有，总比没有好。
证券交易印花税不是中国特产，全世界很多国家都开征了这个税种。然而随着经济的发展，为了鼓励证券投资，国外一些发达国家已经在逐步取消该税种，比如日本和新加坡，分别在1999年和2000年取消了股票印花税。但由于中国证券市场虽然成长迅速，还远未达到成熟阶段，因此在短期内政府最大的可能是根据税制改革的战略方针对证券交易印花税做一定的调整，但要完全取消该税种，则时机尚未成熟。
