上诉人（原审原告）：韶关市盈锦置业有限公司（以下简称：“盈锦有限公司”）。
法定代表人：朱忠民，总经理。
诉讼代理人：袁志强，广东天行健律师事务所律师。
诉讼代理人：刘丹丹，广东天行健律师事务所实习律师。
被上诉人（原审被告）：广东省仁化县地方税务局（以下简称：“仁化地税局”）。
法定代表人：朱伟东，局长。
诉讼代理人：叶纬，广东宜方律师事务所律师。
诉讼代理人：黄新梅，“仁化地税局”税政股科员。
上诉人“盈锦有限公司”因与“仁化地税局”税务行政征收和行政赔偿纠纷一案，不服仁化县人民法院于2014年8月26日作出的（2014）韶仁法行初字第13号行政判决，向本院提起上诉。本院于2014年9月25日受理后，依法组成合议庭，于2014年10月29日进行了法庭询问。本案现已审理终结。
本院查明：2013年5月7日，韶关市地方税务局稽查局发出韶地税稽函（2013）8号《关于下发专项检查督办企业名单的通知》，在“附件：税收专项检查督办企业名单”第六栏中，列有“盈锦有限公司”。
2013年7月15日，仁化县地方税务局稽查局立案受理“盈锦有限公司”涉嫌税收违法性质案件，有该局办理的《税务稽查立案审批表》为据。
2013年7月16日，仁化县地方税务局稽查局向“盈锦有限公司”发出其于2013年7月15日制作的仁地税稽检通-（2013）3号《税务检查通知书》。
2013年9月2日，“盈锦有限公司”写了一份《关于2011年团购步行街商铺给予较大优惠的情况说明》，内容为：“仁化县地方税务局稽查局：2011年3月份，当时由于公司资金周转比较紧，为了公司的生存发展和带动其他商铺的销售，加快资金的回笼，公司对团体购买丹霞城市商业步行街14商铺的业主实施了优惠借施，以10018元／m2的优惠价格进行了促销，该价格为实际双方独立的市场交易价，不存在任何的关联方交易。按照税法的有关规定，纳税人应按照实际交易的价款缴纳相关营业税费，而我公司销售丹霞城市商业步行街的商铺均按照税法要求按售价缴纳了相关营业税金及附加、提围费、土地增值税、印花税等税费。由于仁化房地产企业之间竞争加剧，我公司还有较多的商铺尚未销售出去，而商铺的使用年限正在缩短，为了加快公司资金的回笼，下一步我公司推出的部分商铺销售单价会低于上述团购商铺的单价，请贵局予以支持，以使我公司能够生存和发展。”
2013年9月13日，仁化县地方税务局稽查局填写办理了《延长税收违法案件检查时限审批表》，该表所记载的“检查开始日期”为“2013年7月16日”，“原定完成日期”为“2013年9月14日”“申请延长至”为“2013年11月12日”。
2013年10月11日，“盈锦有限公司”作出了《关于对税务稽查存在问题的说明》，内容包括：“仁化县地方税务局稽查局：贵局于2013年7月15日开始对我公司的账务进行稽查，在9月26日，贵局稽查人员告知了对我公司的账务稽查存在的问题，现我公司对贵局稽查人员告知的账务稽查存在的问题详列如下：1、2011年3月份我公司对于团购销售的丹霞城市商业步行街首层14间商铺的单价偏低。2、客户于2010年12月和2011年3月份整层购买的丹霞城市商业步行H栋二楼（建筑面积4457.84m2）和J栋二楼B区（建筑面积1078.98m2）的价格偏低。3、仁化汽车站回迁丹霞城市商业步行街H、J栋首层商铺及J栋二楼A区商铺1：1部分应按照市场单价缴纳相关税款。我公司根据交易的实际情况将上述的问题逐项说明如下：1、2011年3月份，为了公司的可持续发展和带动其他商铺的销售，加快资金的回笼，以便按时归还到期银行贷款，公司对团体购买步行街14间商铺的业主实施了优惠措施，以10018元／m2的价格进行了促销，该价格为实际双方独立的市场交易价，不存在任何的关联方交易。而且在签订合同前，我们咨询了贵局征管部门，贵局在了解该商铺为团购后，允许了该交易价格，我公司按税法要求缴纳了相关营业税金及附加、印花税、土地增值税等。2、由于我公司建设的步行街H栋二、三、四、五楼和J栋二楼B区、三楼面积较大，办理的预售证均是以整层对外销售，销售面积中分摊了较多的普通楼梯、消防楼梯等的公摊面积，当时有客户想全部购买下来，为了促进商铺早日成交，几经商谈，最终以2600元m2／和2200元／m2的单价（单指二楼单价）签订了所有二楼（含）以上的销售商品房屋买卖合同，该价格也是实际双方独立的市场交易价，不存在任何的关联方交易。在签订合同前也经过了贵局征管部门的允许，也按税法要求缴纳了相关营业税金及附加、印花税、土地增值税等。3、我公司在2012年10月份办理仁化汽车站回迁步行街商铺的房地产权证时，贵局征管部门和房管所根据县政府的规定要求我公司缴纳超过面积1：1部分的房价税款后，方能办理房地产权证，我公司于2012年11月份向贵局申报缴纳了超面积部分的税款并于12月份办理好了房地产权证。因此，贵局稽查人员告知的账务稽查存在的问题是与我公司实际的交易情况不相符。”
2013年10月17日，仁化县地方税务局稽查局制作了《税务稽查工作底稿（一）（二）》，在《税务稽查工作底稿（二）》第一表格中的有关内容为：“2011年度：你单位2011年3月销售14间商铺（H栋一楼8间、J栋一楼6间），面积合计667.24平方米，销售单价为10，018.00元／平方米，同年2月销售5间同类商铺平均单价为21，192.56元／平方米，3月销售6间同类商铺平均单价为20，521.39元／平方米。你单位2011年1月货币资余额为7，890，635.10元，2月货币资金余额为14，717，474.84元，3月货币资金余额为10，556，503.86元。2012年度，一、你单位拆除广东省韶关市汽运集团有限公司一楼商埔面积981.86平方米，回迁面积为992.76平方米，面积差10.92平方米在2012年11月已按拆迁协议价650元／平方米缴纳相关税费，你单位最近时期商埔成交价19，413.16元／平方米。二、你单位拆除广东省韶关市汽运集团有限公司二楼商埔面积758.97平方米，回迁面积为858.84平方米，面积差99.87平方米你单位在2012年11月已按拆迁协议价650元／平方米缴纳相关税费，你单位最近时期二楼商埔成交价2200元／平方米。”在第二表中，写有“以上数据事实已核对无误”及加盖了“盈锦有限公司”的印章。
