按期申报资产损失。未按规定程序和要求向主管税务机关申报的损失，不得在税前扣除。自然灾害损失应采取专项申报的方式，逐项（或逐笔）报送申请报告，同时附送会计核算资料及其他相关的纳税资料。报送时限为：在进行企业所得税年度汇算清缴申报时，将资产损失申报材料和纳税资料作为企业所得税年度纳税申报表的附件一并向税务机关报送。

　　增值税
　　在自然灾害中，企业产品、原材料损毁报废，不需作进项税额转出处理。虽然增值税暂行条例第十条规定：“非正常损失的购进货物及相关的应税劳务；非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物或者应税劳务”不得从销项税额中抵扣，但2009年1月1日起施行的增值税暂行条例实施细则第二十四条已不再将自然灾害损失视为非正常损失，而把非正常损失限定为“因管理不善造成被盗、丢失、霉烂变质的损失。”因此，因自然灾害受损的货物，其进项税仍可抵扣。

　　自然灾害也许会为企业增值税进项抵扣带来意想不到的问题，比如逾期认证或逾期申报抵扣。通常情况下，逾期是不能抵扣进项税额的。但若存在《国家税务总局关于逾期增值税扣税凭证抵扣问题的公告》（国家税务总局公告2011年第50号）或《国家税务总局关于未按期申报抵扣增值税扣税凭证有关问题的公告》（国家税务总局公告2011年第78号）列举的客观原因，则仍可抵扣。而这两个公告都把自然灾害列为客观原因之一。

　　如果逾期认证，则根据国家税务总局公告2011年第50号规定，需经主管税务机关审核、逐级上报，由国家税务总局认证、稽核比对，比对相符后才继续抵扣其进项税额。企业应报送的资料包括：1.《逾期增值税扣税凭证抵扣申请单》；2.增值税扣税凭证逾期情况说明，比如发生自然灾害，纳税人应详细说明自然灾害发生的时间、影响地区、对生产经营的实际影响等；3.企业办税人员伤亡或者突发危重疾病的，应提供公安机关、交通管理部门或者医院证明；4.逾期增值税扣税凭证电子信息；5.逾期增值税扣税凭证复印件。

　　如果已经认证或已采集上报信息但未按照规定期限申报抵扣，则根据国家税务总局公告2011年第78号规定，经主管税务机关审核即可继续申报抵扣其进项税额。企业应报送的资料包括：1.《未按期申报抵扣增值税扣税凭证抵扣申请单》；2.《已认证增值税扣税凭证清单》；3.增值税扣税凭证未按期申报抵扣情况说明；4.未按期申报抵扣增值税扣税凭证复印件。

　　其他税种
　　房产税。如果房屋损毁，根据《财政部、国家税务总局关于房产税若干具体问题的解释和暂行规定》（财税地字[1986]第8号）第二十四条，房屋大修停用在半年以上的，在大修期间可免征房产税。根据《国家税务总局关于房产税部分行政审批项目取消后加强后续管理工作的通知》（国税函[2004]839号）第二条规定，纳税人应在房屋大修前向主管税务机关报送相关的证明材料，包括大修房屋的名称、坐落地点、产权证编号、房产原值、用途、房屋大修的原因、大修合同及大修的起止时间等信息和资料，以备税务机关查验。
 
　　根据房产税暂行条例第六条规定，纳税人纳税确有困难的，可由省级人民政府确定，定期减征或者免征房产税。

　　车船税。如果车辆损毁报废，则可以退还车船税。根据车船税暂行条例实施细则第十四条规定，纳税人凭有关管理机关出具的证明和完税证明，即可向主管税务机关申请退还自报废月份起至该纳税年度终了期间的税款。

　　城镇土地使用税。根据城镇土地使用税暂行条例第七条规定，纳税人缴纳土地使用税确有困难需要定期减免的，由省级税务机关审核后，报国家税务局批准。由于审核机关和批准机关级别高，需逐级上报，无疑办理时间长，且审核要求严，操作难度大，因此非不得已企业还是别把精力放在申请减免城镇土地使用税上。

　　申报纳税
　　根据税收征管法第二十七条及其实施细则第三十七条规定，延期申报分为两种。一种是先经核准再延期。即纳税人预知按照规定的期限办理纳税申报确有困难，在规定的期限内提出书面延期申请，经税务机关核准，在核准的期限内办理。一种则是延期后报告，即纳税人因不可抗力（如自然灾害）不能按期办理纳税申报，应当在不可抗力情形消除后立即向税务机关报告。税务机关查明事实，予以核准。

　　根据税收征管法第三十一条规定，纳税人因有特殊困难，不能按期缴纳税款的，经省级税务机关批准，可以延期缴纳税款，但是最长不得超过三个月。而税收征管法实施细则第四十一条把“因不可抗力，导致纳税人发生较大损失，正常生产经营活动受到较大影响的”列为特殊困难之一。自然灾害应当属于不可抗力，可以申请延期纳税。