较之财税[2013]118号，新文件内容变化不大，但也有几处值得注意：

一是时间上的延续，新文件对符合条件的科技园自用以及无偿或通过出租等方式提供给孵化企业使用的房产、土地，仍然是做出3年的免征房产税和城镇土地使用税规定，即自2016年1月1日至2018年12月31日止。随着“营改增”自2016年5月1日起在全国范围推行，新文件明确，自2016年1月1日至2016年4月30日，对其向孵化企业出租场地、房屋以及提供孵化服务的收入，免征营业税；在营业税改征增值税试点期间，免征增值税。

值得注意的是，新文件并没有明确限定免征增值税的结束时间。营业税改征增值税试点现在已经进入第四阶段，试点结束恐怕不需要等到2018年底，届时需要新的文件重新明确免征增值税的时间范围。

此前，有业内税务人士提出，财税[2013]118号中的优惠期限存在瑕疵，不论是2013年或2015年新注册，还是进入孵化器或大学科技园前企业便已经注册但未超过3年的企业，优惠政策都是执行至2015年12月31日，也就是说2015年12月进入孵化器或大学科技园区的企业，就只能享受1个月的税收优惠。业内税务人士建议，在新的政策出台时明确，纳税人在2018年12月31日未享受满3年的，可继续享受至3年期满为止。不过，新文件并没有对此做出明确。

二是对于“孵化服务”的界定，由于受到“营改增”的影响，营改增前是指为孵化企业提供的属于营业税“服务业”税目中“代理业”、“租赁业”和“其他服务业”中的咨询和技术服务范围内的服务，改征增值税后是指为孵化企业提供的“经纪代理”、“经营租赁”、“研发和技术”、“信息技术”和“鉴证咨询”等服务。

三是孵化企业应符合的条件略有放宽。
（一）企业在科技园的孵化时间不超过42个月，放宽至不超过48个月，但海外高层次创业人才或从事生物医药、集成电路设计等特殊领域的创业企业，孵化时间不超过60个月的时间限制仍然没变。
（二）孵化企业符合《中小企业划型标准规定》所规定的小型、微型企业划型标准即可，“迁入的企业上年营业收入不超过500万元”不再限定。
（三）企业产品（服务）属于科学技术部、财政部、国家税务总局印发的《国家重点支持的高新技术领域》规定的范围，不再限定“研究开发费用总额占销售收入总额的比例不低于4%”。

根据《财政部、国家税务总局、科学技术部关于修订印发<高新技术企业认定管理办法>的通知》（国科发火[2016]32号），电子信息、生物与新医药、航空航天、新材料、高技术服务、新能源与节能、资源与环境、先进制造与自动化等八个方面属于国家重点支持的高新技术领域。

四是强调相应主管部门责任，方便纳税人办税。新文件要求，国务院科技和教育行政主管部门除了负责组织对科技园是否符合本通知规定的各项条件定期进行审核确认，并向纳税人出具证明材料，列明纳税人用于孵化的房产和土地的地址、范围、面积等具体信息外，还应将审核信息发送给国务院税务主管部门。

数据显示，65家国家大学科技园通过2013年度享受税收优惠政策审核；73家国家大学科技园符合享受2014年度国家税收优惠政策条件。

新文件还要求，纳税人持相应证明材料向主管税务机关备案，主管税务机关按照《税收减免管理办法》等有关规定，以及国务院科技和教育行政主管部门发布的符合本通知规定条件的科技园名单信息，办理税收减免。财税[2013]118号则更加强调纳税人责任，骗取税收优惠的处罚措施已不再出现在新文件中。

此外，一些纳税人还对“国家大学科技园有何企业所得税优惠政策”提出疑问。对此，新老文件均规定，符合非营利组织条件的科技园的收入，按照企业所得税法及其实施条例和有关税收政策规定享受企业所得税优惠政策。

根据《财政部、国家税务总局关于非营利组织免税资格认定管理有关问题的通知》（财税〔2014〕13号），各类非营利组织要享受免税优惠，需要先经认定机构认定，并取得非营利组织免税资格，然后才可办理减免税手续，享受优惠政策。

根据《财政部、国家税务总局关于非营利组织企业所得税免税收入问题的通知》（财税〔2009〕122号），取得免税资格以后，非营利组织的下列五类收入为免税收入：
（一）接受其他单位或者个人捐赠的收入；
（二）除《中华人民共和国企业所得税法》第七条规定的财政拨款以外的其他政府补助收入，但不包括因政府购买服务取得的收入；
（三）按照省级以上民政、财政部门规定收取的会费；
（四）不征税收入和免税收入孳生的银行存款利息收入；
（五）财政部、国家税务总局规定的其他收入。

需要强调的是，《企业所得税法实施条例》指出，企业所得税法第二十六条第（四）项所称符合条件的非营利组织的收入，不包括非营利组织从事营利性活动取得的收入。