一、原《办法》和新《办法》最高处罚额度相同的。例如“应开具而未开具发票的”行为，原《办法》和新《办法》都规定可处以1万元以下的罚款。对于这类违法行为，即使是在生效日前后延续或持续发生，也不能分别按原《办法》和新《办法》处以罚款，而只能视为一次违法行为，处以1万元以下的罚款，但可以在最高额度内从重处罚。
二、新《办法》最高处罚额度高于原《办法》的。原《办法》对代开、转借、转让发票的行为均规定可处以1万元以下罚款。而新《办法》对非法代开及转借、转让发票的行为，均规定分别处以5万元以下的罚款，对情节严重的，处以5万元以上50万元以下的罚款。对于这类性质、种类相同但最高处罚额度不同的违法行为，也不应分为两段处罚，而应将生效日前后发生的数次行为合并为一次违法行为，按新《办法》的规定的罚款额度进行处罚。
原《办法》没有设立处罚规定，而新《办法》认为是违法行为，设立了处罚规定的。
新《办法》第三十五条第（二）项新增了对“使用税控装置开具发票，未按期向主管税务机关报送开具发票的数据的行为”可处以1万元以下罚款的处罚规定。第三十七条第一款新增了对“让他人为自己虚开发票，介绍他人虚开发票的”行为的处罚；第三十九条第（一）项新增了对“介绍他人转让发票、发票监制章和发票防伪专用品的”行为的处罚，均规定最高给予50万元以下的罚款。
对于上述这类违法行为，根据“不溯及既往”的原则，对行为发生在生效日以前的，不应给予处罚；而对于在生效日以后发生这类行为的，应当依法给予处罚。
值得注意的是，如果行为人的此类行为在生效日以前就有发生，又跨越生效日并在此之后延续或持续实施这些行为的，在作出的处罚告知和处罚决定中，税务机关只需列举生效日以后发生的违法行为，依法给予处罚即可，以免被误认为以新法追溯以往的行为，而招致不必要的行政复议、行政诉讼风险。
原《办法》有处罚规定，而新《办法》不认为是违法行为，没有设立处罚规定的。
原《办法》第三十六条及《细则》相关条款将“未按规定设置发票登记簿”和“未按规定建立发票保管制度”分别列入未按规定开具发票、未按规定保管发票的行为，规定可处以1万元以下的罚款，但新《办法》取消了对这些行为的处罚规定。对于此类原《办法》有处罚规定，而新《办法》不认为是违法，没有设立处罚规定的的行为，应分别对待。
对只在生效日之前发生过这类行为的，遵循“实体从旧”的法理适用原则，仍应按原《办法》进行处罚，同时鉴于新《办法》已取消了对其的处罚规定，可酌情予以从轻处罚。对生效日之后新发生的这类行为，则应遵循“行政处罚法定”的原则，不应给予处罚。
如果行为人的此类行为在生效日以前就有发生，又在生效日以后延续或持续实施的，应按原《办法》对发生在生效日之前的违法行为进行处罚。但在作出的处罚告知和处罚决定中，只能列举生效日以前发生的违法行为，不应提及以后的行为，以免被误认为还在以原法来处罚新法已不认为是违法的行为，从而被判为适用法规错误。
原《办法》有处罚规定，而新《办法》没有设立处罚规定的特殊情形。
虽然新《办法》删除了原《办法》中对有些行为的处罚规定，但并不表示就不是违法行为不需处罚了，只是因为这些处罚规定与《税收征管法》中的处罚规定一致而没必要再作重复规定。如原《办法》第三十六条对“未按照规定接受税务机关检查的”行为的处罚规定就与《税收征管法》第七十条的处罚规定重复，因此在新《办法》中取消了对该行为的处罚。对于在发票管理事务中不接受税务机关检查的，如果违法行为发生在生效日以前的，仍按原《办法》第三十六条的规定进行处罚；对于生效日以后发生的此类违法行为，就应依照《税收征管法》第七十条的规定进行处罚。在实务中，遇到在新《办法》中找不到处罚规定的问题，不能简单的以为就不是违法行为就不需处罚，还应查看《税收征管法》等相关法律法规是否有处罚规定。
虽然现在对于税务行政执法中的新旧法规处罚规定衔接问题尚无明确界定，但是《立法法》第八十四条规定“法律、行政法规、地方性法规、自治条例和单行条例、规章不溯及既往，但为了更好地保护公民、法人和其他组织的权利和利益而作的特别规定除外”。2004年最高人民法院《关于审理行政案件适用法律规范问题的座谈会纪要》明确“行政相对人的行为发生在新法施行以前，具体行政行为作出在新法施行以后，人民法院审查具体行政行为的合法性时，实体问题适用旧法规定，程序问题适用新法规定。”
笔者认为，在处理发票违法案件时，要以维护当事人合法权益为宗旨，总体上遵循“实体从旧、程序从新”的原则，在适用实体法时，为了更好地保护公民、法人和其他组织的权利和利益，应遵守“不溯及既往”的原则。对于生效日以前发生的违法行为，只能适用原《办法》的处罚规定。对跨越生效日延续或持续发生，原《办法》和新《办法》都规定应给以处罚的违法行为，根据“一事不二罚”的原则，只能根据新《办法》对该违法行为给予一次处罚。
处理新旧处罚规定衔接的问题，最大的难点就在于，有些行为在生效日以前就发生了，又跨越生效日在以后延续或持续实施，且原《办法》设置了处罚规定，但新《办法》取消了相应的处罚规定；或者原《办法》不认为是违法行为没有处罚规定，但新《办法》增设了处罚规定。
对此类情形，应当根据行为发生的时间，本着行政处罚法定和保障当事人合法权益的原则，分别适用原《办法》对生效日以前的违法行为进行处罚，或者适用新《办法》对生效日以后的违法行为进行处罚，不能用已废止的处罚规定对跨越生效日以后的行为进行有法无据的处罚，更不能以新处罚规定对以往的行为进行追溯处罚。
