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《财政部 国家税务总局关于企业手续费及佣金支出税前扣除政策的通知》（财税〔2009〕29号）:
一、企业发生与生产经营有关的手续费及佣金支出，不超过以下规定计算限额以内的部分，准予扣除；超过部分，不得扣除。
……
2.其他企业：按与具有合法经营资格中介服务机构或个人（不含交易双方及其雇员、代理人和代表人等）所签订服务协议或合同确认的收入金额的5%计算限额。
两个主要问题：一、单个合同还是所有合同来看？；二、扣除限额计算基数是合同金额么？
一、单个合同还是所有合同来看？
首先要特别说明的合同或者协议范围是有限制的，即“与具有合法经营资格中介服务机构或个人（不含交易双方及其雇员、代理人和代表人等）所签订服务协议或合同”，并非所有支付手续费及佣金的合同都属于计算扣除限额的对象，比如对方是没有合法经营资格的中介服务机构或者个人（现实中有些中介服务主体确有资格要求，如证券发行业务）。
如果有多个合同或者协议，且约定的手续费及佣金比例不尽相同，如部分高于5%，部分低于5%，计算扣除限额是是应分合同看，还是应该把所有合同结合来看？这个在财税〔2009〕29号文中并无明确界定，实务中大家的看法也不尽相同。作者认为应该把所有相关合同放在一起看，理由是如下：
1、企业所得税常见的扣除限额如职工福利费、职工教育经费、广告及业务宣传费、业务招待费等都是按以一个“总的基数”来计算的，常理推导手续费及佣金费也应如是；
2、财税〔2009〕29号文同一条关于保险企业的扣除限额计算基数规定的也是：当年全部保费收入扣除退保金等后余额（财产保险企业）/当年全部保费收入扣除退保金等后余额（人身保险企业），亦是不区分单个合同/业务的；
3、企业涉及到手续费及佣金的合同可能较多，单个合同去判别耗时耗力，不合常理；
4、财税〔2009〕29号文原文规定不明，按法律的原理，法律条文有多种解释时，一般应采纳对纳税人有利的解释，即无需区分单个合同。
作者观点：无需区分单个合同或协议，按所有相关合同或协议作为计算扣除限额基数的范围。
二、扣除限额计算基数是合同金额么？
这个观点是很多人持有的观点，但从财税〔2009〕29号文原文来看毫无依据，纯属主观臆断。财税〔2009〕29号文原文是“所签订服务协议或合同确认的收入”，关键词是“收入”，收入和合同金额的区别毋庸多言，我们应该合理推断但凡是有财税常识的人肯定能区别收入与合同金额的差异，因此不存在文件起草者本意是合同金额但误用收入一词的可能性。营改增的全面铺开使合同金额与收入的差异又被进一步扩大了（如营业税时代房地产销售收入和合同金额的差异几乎没有）。
此处的收入应该是会计收入还是税收收入？如果没有税会差异，这个问题可以忽略，现在讨论的就是税会收入不一致应以哪个收入为准的问题。作者认为既然算的是税收意义上的扣除限额，而会计上不存在扣除限额的问题，原文又未特殊指明，应使用税收收入为宜。这个问题在房地产业又会复杂一层，预售阶段支付的销售佣金或手续费，预售回款会计上是作负债处理的不确认收入，如以会计收入为基数，将导致预售销售佣金或手续费几无扣除的可能性，但就算按税收收入此处还有个障碍，预售回款虽然计算预计毛利，但并不调整所得税收入，通常理解的税收收入此时还是零。如何解决上面的这个困局呢？大名鼎鼎的31号文——《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》（国税发〔2009〕31号）第五条：“开发产品销售收入的范围为销售开发产品过程中取得的全部价款……”，此处的开发产品分为两类——未完工开发产品及已完工开发产品，我们通常说的预售回款其实是销售未完工开发产品的“收入”，因此预售销售佣金或手续费可以参照广告及业务宣传费汇算清缴的处理方法，把销售未完工开发产品“收入”也纳入限额计算基数（与此相呼应，对应的销售已完工开发产品收入就需要从基数中扣除），如此便逻辑自洽、功德圆满了。
作者观点：扣除限额计算基数并非合同金额，而是根据相关合同确认的税收收入，对于房地产开发业务而言销售未完工开发产品“收入”应计入基数。
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