（一）从销售方取得的增值税专用发票上注明的增值税额。
（二）从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额。
（三）购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额。
（四）购进或者销售货物以及在生产经营过程中支付运输费用的，按照运输费用结算单据上注明的运输费用金额和7%的扣除率计算的进项税额。第九条规定，纳税人购进货物或者应税劳务，取得的增值税扣税凭证不符合法律、行政法规或者国务院税务主管部门有关规定的，其进项税额不得从销项税额中抵扣。
《财政部、国家税务总局关于农民专业合作社有关税收政策的通知》（财税[2008]81号）规定，增值税一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农业产品，可按13%的扣除率计算抵扣增值税进项税额。
《财政部、国家税务总局关于免征部分鲜活肉蛋产品流通环节增值税政策的通知》(财税[2012]75号)第三条规定：《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条所列准予从销项税额中扣除的进项税额的第（三）项所称的销售发票，是指小规模纳税人销售农产品依照3%征收率按简易办法计算缴纳增值税而自行开具或委托税务机关代开的普通发票。批发、零售纳税人享受免税政策后开具的普通发票不得作为计算抵扣进项税额的凭证。
《财政部、国家税务总局关于购进烟叶的增值税抵扣政策的通知》（财税[2006]140号）规定，对烟叶税纳税人按规定缴纳的烟叶税，准予并入烟叶产品的买价计算增值税的进项税额，并在计算缴纳增值税时予以抵扣。
《财政部、国家税务总局关于在部分行业试行农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法的通知》（财税[2012]38号）规定，自2012年7月1日起，以购进农产品为原料生产销售液体乳及乳制品、酒及酒精、植物油的增值税一般纳税人，纳入农产品增值税进项税额核定扣除试点范围，其购进农产品无论是否用于生产上述产品，增值税进项税额均按照农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法的规定抵扣。除此规定以外的纳税人，其购进农产品仍按现行增值税的有关规定抵扣农产品进项税额。《国家税务总局关于在部分行业试行农产品增值税进项税额核定扣除办法有关问题的公告》（国家税务总局公告2012年第35号)规定，增值税一般纳税人委托其他单位和个人加工液体乳及乳制品、酒及酒精、植物油，其购进的农产品均适用《财政部、国家税务总局关于在部分行业试行农产品增值税进项税额核定扣除办法的通知》的有关规定。
《国家税务总局关于加强免征增值税货物专用发票管理的通知》（国税函[2005]780号)规定，增值税一般纳税人销售免税货物，一律不得开具专用发票（国有粮食购销企业销售免税粮食除外）。如违反规定开具专用发票的，则对其开具的销售额依照增值税适用税率全额征收增值税，不得抵扣进项税额，并按照《中华人民共和国发票管理办法》及其实施细则的有关规定予以处罚。
根据以上税收政策规定，增值税一般纳税人从一般纳税人购进农产品时，其取得增值税专用发票可以抵扣发票上注明的进项税额；从国外购进农产品时，应从海关取得增值税完税凭证才可以抵扣在海关已经实际缴纳的税款；从农业生产者手中购进免税农产品时，可以开具经主管税务机关批准使用的收购凭证，计算、抵扣进项税额；从农业生产单位（含农民专业合作社）购进农产品时，农业生产单位开具的普通发票可以作为计算并抵扣进项税额的凭证。自产免税农业产品无论开具免税货物（劳务）发票，还是通过防伪税控系统开具增值税普通发票均属于“农产品销售发票”范围，其取得发票均可以计算进项税额，准予从销项税额中抵扣。从事农产品批发、零售的纳税人享受免税政策后开具的普通发票不得作为计算抵扣进项税额的凭证。
