企业所得税
企业所得税的计税依据为应纳税所得额。《企业所得税法》第五条规定，企业每一纳税年度的收入总额，减除不征税收入、免税收入、各项扣除以及允许弥补的以前年度亏损后的余额，为应纳税所得额。《企业所得税法》第八条规定，企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。按照会计规定，纳税人缴纳的契税除房地产开发企业计入成本外，通常情况下都计入取得资产的价值中。概括来说，契税影响企业所得税计税依据主要体现在企业土地使用权的摊销、房屋的折旧和房地产开发企业计税成本的结转。
例如，2010年1月1日，A股份有限公司购入一生产车间，支付价款4000万元，按5%税率缴纳契税200万元。厂房使用年限为20年，该公司采用直线法计提折旧。假设不考虑净残值和其他相关税费，则计入税前扣除的年折旧额为（4000＋200）÷20＝210（万元）。其中因契税年影响应纳税所得额为200÷20＝10（万元）。
土地增值税
土地增值税是对转让国有土地使用权、地上建筑物及其附着物并取得收入的单位和个人，就其转让房地产所取得的增值额征收的一种税。土地增值税的计税依据为增值额，增值额=收入额－扣除项目金额。《土地增值税暂行条例》第六条规定，计算增值额的扣除项目：
（一）取得土地使用权所支付的金额；
（二）开发土地的成本、费用；
（三）新建房及配套设施的成本、费用，或者旧房及建筑物的评估价格；
（四）与转让房地产有关的税金；
（五）财政部规定的其他扣除项目。其中，按照会计制度规定，新项目开发土地的费用，指直接与购置土地有关的费用，包括受让费用、拆迁费用、填海造地费及其他有关手续费和税费支出等。而契税应属于开发土地的费用，在开发成本中列支。《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税[2006]21号）第二条规定，纳税人转让旧房及建筑物，对购房时缴纳的契税，凡能提供契税完税凭证的，准予作为“与转让房地产有关的税金”予以扣除，但不作为加计5%的基数。可见，无论纳税人转让新房还是转让旧房，契税都是通过影响土地增值税的扣除项目来影响土地增值税的计税依据。
例如，B房地产开发公司于2010年10月正式签订一写字楼转让合同，取得转让收入15000万元，公司按税法规定缴纳了有关税费。已知该公司为取得土地使用权而支付的地价款和按国家统一规定缴纳的有关费用为3000万元，按5%税率缴纳契税150万元；投入房地产开发成本为4000万元；房地产开发费用中的利息支出为1200万元（含罚息100万元，不能按开发项目分摊，不能提供金融机构证明）、管理费用、销售费用和其他费用400万元。则B公司转让写字楼土地增值税的扣除项目计算如下：
房地产开发成本4000万元；房地产开发费用=（3000+150+4000）×10%=715（万元）；可以扣除的房地产开发成本和费用是4000+715=4715（万元）；可以扣除的税金为15000×5.5%=825（万元）；计算从事房地产开发的加计扣除金额=（3000+150+4000）×20%=1430（万元）；转让房地产的扣除项目金额合计=3000+4715+825+1430=9970（万元）。通过上述计算可知，B公司因契税而影响土地增值税的扣除项目金额为150×（1+20%）=180（万元）。
房产税
财会字[1998]36号文件规定，企业和事业单位取得土地使用权，房屋按规定缴纳的契税，应计入所取得土地使用权和房屋的成本。企业取得土地使用权、房屋按规定缴纳的契税，借记“固定资产”、“无形资产”等科目，贷记“银行存款”科目。《财政部、国家税务总局关于房产税城镇土地使用税有关问题的通知》（财税[2008]152号）第一条规定，对依照房产原值计税的房产，不论是否记载在会计账簿固定资产科目中，均应按照房屋原价计算缴纳房产税。房屋原价应根据国家有关会计制度规定进行核算。对纳税人未按国家会计制度规定核算并记载的，应按规定予以调整或重新评估。《财政部、国家税务总局关于安置残疾人就业单位城镇土地使用税等政策的通知》（财税[2010]121号）第三条规定，对按照房产原值计税的房产，无论会计上如何核算，房产原值均应包含地价，包括为取得土地使用权支付的价款、开发土地发生的成本费用等。宗地容积率低于0.5的，按房产建筑面积的2倍计算土地面积并据此确定计入房产原值的地价。综上所述，不论纳税人缴纳的契税计入所取得土地使用权成本还是计入所取得房屋成本，房产税计税原值均应包含契税。
特别要提醒纳税人注意的是，因取得土地使用权而缴纳的契税，在计入房产税计税原值时，宗地容积率低于0.5的，即“大地小房”，按房产建筑面积的2倍计算土地面积并据此确定计入房产原值的契税。对宗地容积率大于0.5的，无论会计上如何核算，房产原值均应包含契税，即将全部契税计入房产原值。
例如，C企业取得一块宗地，宗地面积为20000平方米，全部地价为2000万元，按5%税率缴纳契税100万元。该宗土地上的房屋的总建筑面积为8000平方米。则C企业的宗地容积率为8000÷20000＝0.4，应按房产建筑面积的2倍计算土地面积并据此确定计入房产原值的契税，即计入房产原值的契税为100÷20000×8000×2＝80（万元）。
