一、关于跨市州汇总纳税企业年度应纳税所得计算申报问题
跨市州汇总纳税企业的年度所得税申报，实行逐级汇总制度。
1.三级机构年度终了必需填报《中华人民共和国企业所得税年度申报表》Ａ类主表、附表一、附表二、附表三，一式三份随同财务报表一同报送主管国税机关，主管国税机关受理申报后，留存一份，其中两份盖章后退还三级机构，三级机构留存一份，一份交二级机构。上述表格填报口径按照填表说明中的口径填写，其中主表仅需填列前２１行，附表三只填写帐载金额和税收金额。资产在分支机构之间转移的，不计算收入与成本。

2.二级机构必须汇总三级分支机构申报表和本级数据后填写《中华人民共和国企业所得税年度申报表》主表、附表一、附表二、附表三，一式三份，并附下级机构和本级的申报资料及财务报表一同报送主管国税机关；受理申报后，留存一份，其中两份盖章后退还二级机构，二级机构留存一份，一份交总机构。填写内容同上。

3.总机构必须在汇总下一级分支机构申报表和本级数据的基础上，严格按照税法规定填报《中华人民共和国企业所得税年度税申报表》。

4.总机构在年度终了后5个月内，应依照法律、法规和其他有关规定进行汇总纳税企业的所得税年度汇算清缴。各分支机构不进行企业所得税汇算清缴。

5.总机构主管国税机关受理申报后，总机构应将经所在地主管国税机关受理盖章的《中华人民共和国企业所得税年度申报表》（复印件）分发给分支机构，报分支机构主管国税机关备案。

二、关于分支机构税款分配比例的计算问题
1.分支机构经营收入，是指分支机构在销售商品或者提供劳务等经营业务中实现的全部营业收入，即分支机构填报的《中华人民共和国企业所得税年度申报表》附表一中第一行。
计入分支机构收入形成损失后，在分支机构主管税务机关进行审核并出具证明，由总机构据此计算损失金额。

2.分支机构职工工资，是指分支机构为获得职工提供的服务而给予职工的各种形式的报酬及其他相关支出，包括在上级机构列支发放给本机构的职工工资，即分支机构填报《中华人民共和国企业所得税年度申报表》附表三中第二十二行申报数。

3.分支机构资产总额，是指分支机构拥有或者控制的除无形资产外能以货币计量的经济资源总额。
由上级机构统一购买(融资租赁)或自行购建的资产拨付下级机构使用的，无论其折旧、摊销是否由分支机构计算，上级机构必需出具资产购买合同、拨付使用清单，计入分支机构资产总额，不再计入上级机构资产总额。其资产损失在分支机构主管税务机关进行审核并出具证明，由总机构据此计算损失金额。
分支机构应建立资产清册，对资产发生变化的应向主管国税机关报备。

4.分支机构所在地主管国税机关对上级机构计算确定的分摊所得税款比例有异议的，应于收到《中华人民共和国企业所得税汇总纳税分支机构分配表》后30日内向上级部门提出书面复核建议。
分支机构上级机构在同一市州的由市（州）国家税务局在收到复核建议后30日内，对分摊税款的比例进行复核，并作出调整或维持原比例的决定。
分支机构与上级机构不在同一市州的，由市（州）国家税务局向省国家税务局提出复核建议，由省国家税务局进行复核。
分支机构所在地主管国税机关应执行上级部门的复核决定。

三、关于分支机构税款分配问题
分支机构分配税款应当按照国家税务总局《跨地区汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》（国税发[2008]28号）计算预缴。
1.二级及以下分支机构在同一市（州），其三级分支机构分配方式由所在市（州）国家税务局决定，其可分配税款为总机构分摊至该二级机构的税款。

2.二级及以下分支机构不在同一市（州、直管市、林区），其分支机构税款分配方式及缴纳方式由省国家税务局决定。

3.特殊情况由省国家税务局另行通知。

四、汇总纳税企业评估和检查问题
1.分支机构主管国税机关在年度终了5个月以后，可对分支机构收入与扣除项目进行评估和检查，对发现少计收入、多计支出项目，可对企业少计算的应纳税所得就地补税，并以正式函件通知总机构主管国税机关，对于影响分支机构分配比例的，企业应当及时调整分配比例。
如总机构办理延期申报，对分支机构的评估和检查应当在总机构年度申报结束后方可进行。

2.查补税款不作为当年或以前年度就地预缴的税款，不参与企业的汇缴清算。

本公告从2010年度汇算清缴开始执行。