第一，股权转让信息获取滞后，案件处理时效性弱。根据7号公告，间接转让中国应税财产的交易双方和被间接转让股权的中国居民企业，可以主动或按照税务机关要求向主管税务机关报告该转让事项，并提交相关资料。但在实践中，鲜有企业主动向主管税务机关报告转让事项。究其原因，主要有三点：一是被转让企业层级低，无法及时获悉股权交易情况；二是境外交易方不熟悉中国税法规定；三是境外非居民企业故意逃避纳税义务。税务机关对非居民税收征管滞后，加大了事后管理和税款追征的难度。

第二，扣缴义务履行困难，申报流程不完善。根据7号公告，对股权转让方直接负有支付相关款项义务的单位或个人为扣缴义务人。但是，作为扣缴义务人，如何判断转让方在中国境内存在纳税义务？特别是在合理商业目的又难以判断的前提下，扣缴义务人并不会花大量精力对此作出判断。当转让方不认可的情况下，扣缴难以执行。同时，一旦支付方决定履行扣缴义务，如何来确定扣缴税款的具体金额也是一个难题。作为支付方来说，获取计算股权转让所得的必要信息非常难，如果涉及多个中间控股公司，计算难度就更大了。

第三，举证资料来源单一，合理商业目的判定难度大。目前，对间接股权转让合理商业目的判定依然是实务中的难点，主要面临两个问题：一是判定所依据的信息和数据基础主要依靠交易双方和被转让居民企业主动提供，信息来源单一和信息获取不充分会对判定结果造成影响；二是判定对专业能力的要求很高。特别是其中股权价值构成、功能风险与经济实质、交易的可替代性等重要因素的判定均较为复杂。当涉及多层间接转让和税收协定安排时，判定难度更大——这对税务人员的专业素养有了更高的要求。

第四，转让标的架构复杂，实际征税地判定争议多。在实际申报环节中，虽然7号公告明确了股权转让方通过直接转让同一境外企业股权导致间接转让两项以上中国应税财产，应分别到各所涉主管税务机关申报缴纳企业所得税。但实务中还存在很多复杂情况。例如，被转让中国企业的实际管理机构和职能机构所在地存在差异，被转让企业总部设在北京，而其下属各职能机构则位于多个二线城市，这种情况下由谁来征税并不明确。

第五，间接转让形式多样，转让所得计算复杂。间接股权转让应税所得计算的两大计算依据是股权转让收入和股权转让成本。股权转让收入方面，在涉及多个中间层或打包转让的情况下，由于境内外各标的物公允价值认定存在差异，受益划分标准不统一，确定合理转让价格难度较大。例如，被打包转让的标的企业A公司控股1家中国居民企业，3家境外企业，而其中1家境外企业由控股若干中国居民企业。在类似情况下，确定每个标的物价格的难度就非常大。同时，在关联间接股权转让所使用的评估方法使用上，成本法、市场法和收益法所计算的评估价格差异较大，对于使用哪种方法税法并没有明确的规定，导致税务机关和纳税人在选择股权评估方法上长期存在争议。

基于上述五大问题，笔者建议税务机关积极采取措施予以应对。一是加大税收法规宣传力度，建立税企面对面沟通机制；二是规范操作，制定非居民企业申报配套措施；三是加强培训，提升税务人员业务素质和团队力量；四是进一步明确法律法规，减少税企争议和相关税务机关之间的争议；五是不断探索，总结典型案例指导实践。