第二条本办法所称纳税人是指已办理税务登记证或临时税务登记证的增值税小规模纳税人，但不包括未达增值税起征点的个体工商户。
持有本辖区主管国税机关核发《临时税务登记证》的纳税人，其提供货物运输服务的起运地或者到达地应为本辖区。
第三条本办法所称代开货运专用发票是指，纳税人提供货物运输服务，接受方索取货运专用发票的，主管国税机关按规定为其代开的行为。
第四条主管国税机关应在办税服务厅设立代开货运专用发票岗和税款征收岗，负责代开货运专用发票和税款征收工作。
第五条代开货运专用发票统一使用货物运输业增值税专用发票税控系统开具。
第六条纳税人申请代开货运专用发票时，应填写《代开货物运输业增值税专用发票及缴纳税款申报单》(式样见附件，以下简称《申报单》)，连同下列资料，到主管国税机关办理代开手续。
(一)《税务登记证》副本或《临时税务登记证》副本及复印件，经办人合法身份证件及复印件；
(二)承包、承租车辆、船舶营运的，应提供承包、承租合同及出包、出租方车辆、船舶及营运资质的有效证明复印件；
(三)承运人自有车辆、船舶及营运资质的有效证明复印件；
(四)承运人同货主签订的承运货物合同或者托运单、完工单等其它有效证明。
上述资料中的2、3项仅在第一次申请代开货运专用发票时提供。
本条所称的车辆、船舶的有效证明，是指《中华人民共和国机动车行驶证》和《船舶所有权登记证》；
本条所称的运输单位营运资质的有效证明，是指《道路运输经营许可证》、《船舶营业运输证》。
第七条主管国税机关办税服务厅接到《申报单》后，按以下程序代开货运专用发票。
(一)资料审核
代开货运专用发票岗对以下事项进行审核：
1.《税务登记证》或《临时税务登记证》中所登记的纳税人，是否属于本辖区内的纳税人；
2.《税务登记证》或《临时税务登记证》中所登记的纳税人，是否与车辆、船舶及营运资质的有效证明一致。如不一致的，应提供车辆、船舶承包、承租合同；
3.对持《临时税务登记证》申请代开的纳税人，应查看承运人同货主签订的承运货物合同或者托运单、完工单等其它有效证明，确认起运地或者到达地为本辖区；
4.申请代开资料是否齐全，与《申报单》填写内容是否一致；
5.《申报单》填写、计算是否完整正确。
审核无误后，将《申报单》传递至税款征收岗。
(二)征收税款
税款征收岗应在CTAIS中，按照《申报单》上注明的税额征收税款，开具税收完税凭证，同时在《申报单》上填写税收完税凭证号码和填开日期，签署经办人姓名。
纳税人缴纳税款后，凭《申报单》和税收完税凭证及《税务登记证》副本或《临时税务登记证》副本，到代开货运专用发票岗申请代开货运专用发票。
(三)代开货运专用发票
代开货运专用发票岗确认《申报单》和税收完税凭证上的金额、税额相符后，按照《申报单》、完税凭证和专用发票一一对应即“一单一证一票”原则，依次逐栏为纳税人代开货运专用发票，同时应在《申报单》上填写代开货运专用发票代码、号码及填开日期，并签署经办人姓名。
第八条主管国税机关应在代开货运专用发票上加盖统一样式的“代开发票专用章”；小规模纳税人应在代开货运专用发票的备注栏上，加盖本单位的发票专用章，临时户纳税人可不加盖发票专用章。
第九条代开货运专用发票遇有填写错误、服务中止或折让等情形的，按照增值税专用发票有关规定处理。
主管国税机关代开货运专用发票时填写有误的，应及时在货运专用发票防伪税控代开票系统中作废，重新开具。代开货运专用发票后发生退票的，主管国税机关按照增值税一般纳税人作废或开具负数专用发票的有关规定进行处理。对需要重新开票的，主管国税机关应同时进行新开票税额与原开票税额的清算，多退少补；对无需重新开票的，按有关规定退还纳税人已缴的税款或抵减下期申报税款。
第十条为纳税人代开的货运专用发票应统一使用六联货运专用发票，第五联代开货运专用发票岗位留存，以备发票的扫描补录，第六联交税款征收岗位，用于代开货运专用发票税额与征收税款的定期核对，其他联次交纳税人。
第十一条代开货运专用发票岗经批准后，到增值税专用发票发售窗口领取货运专用发票，并将相应发票的电子信息读入货运专用发票税控代开票系统。
第十二条代开货运专用发票岗应在每月纳税申报期的第一个工作日，将上月所开具的代开货运专用发票数据抄取、传递到货运税控报税系统。代开货运专用发票的金税盘等专用设备发生故障的，主管国税机关应使用留存的专用发票第五联进行扫描补录。
第十三条代开货运专用发票岗应妥善保管代开货运专用发票数据，及时备份。
第十四条主管国税机关应按月对代开货运专用发票进行汇总统计，对代开货运专用发票数据通过增值税计算机稽核系统比对后属于滞留、缺联、失控、作废等情况，应及时分析，查明原因，按规定处理，确保代开货运专用发票存根联数据采集的完整性和准确性。
第十五条主管国税机关对纳税人申请代开货运专用发票所对应的自备(含租赁)车辆应建立代开发票纳税人自备车辆电子登记簿。
第十六条市州级国税机关应根据掌握的本地区纳税人自备运输工具核定载质量(车)或净吨位(船)、业务饱和度和每吨车(船)月平均营业收入等指标，计算区域内交通运输月度营运收入预警值的均值和高值，并以此确定纳税人的月度开票限额预警值的均值和高值，定期予以发布。
第十七条主管国税机关可根据市州局发布的预警值，结合本区域实际情况，发布本地区货物运输行业营运收入和开票限额预警值，幅度控制在市州局发布预警值的20%以内。
第十八条主管国税机关要运用预警值指标加强对纳税人的管理。不定期对申请代开货运专用发票的纳税人是否具备运输工具、实际运输能力等情况进行核查；将其实际运输能力与代开发票金额情况进行比对，对纳税人申请代开货运专用发票累计金额超过预警值的，需进行实地核查，核查未发现问题的，可申请代开货运专用发票。
第十九条本办法自2012年12月1日起施行。
