2008年1月23日，国家税务总局印发了关于《中华人民共和国企业所得税月（季）度预缴纳税申报表》（国税函[2008]44号），以下简称44号文件版本申报表。
新企业所得税法实施后，考虑到减少纳税遵从成本，简便税收程序的需要，其基本出发点是既然年度要做汇算清缴，季度暂且按照利润总额纳税，不做任何调增调减，汇算清缴后再多退少补，以减少程序成本，因此该版本申报表第4行“利润总额”就成为季度预缴申报表的关键。以上减少纳税遵从成本的理念，是先进的，但在2008年1季度申报过程中发现了一些不合理因素，例如：
案例一：免税收入与以前年度亏损
M公司2007年汇算清缴应纳税所得额亏损1000万元，2008年1季度利润总额为2000万元，其中符合免税条件的股息红利所得1000万元，该企业按照44号文件版本申报表，申报表第4行填报2000万元，第5行税率25%，计算出M公司2008年第1季度应该预缴500万元企业所得税。假设M公司后三个季度没有任何经营，2008年度汇算清缴，由于免税收入调减1000万元，弥补以前年度亏损1000万元，因此应纳税所得额为0，由于第1季度已经预缴企业所得税500万元，因此应退税500万元。
以上案例中，虽然M公司最终没有缴税，但一是500万元资金要等到汇算清缴后方能退税，在高利率时代1年多的利息，即使按照6%的利率计算，M公司仍然付出了高达30万元的利息机会成本；二是，《企业所得税汇算清缴管理办法》（国税发[2009]79号）第11条规定，纳税人季度多缴税款的，应当退税，但征得纳税人同意后，也可抵税。在目前税务机关强势的现实情况下，缴税是那么的容易，而退税何其难也！
因此，44号文件版本预缴申报表，虽然考虑减少纳税遵从成本，季度预缴尽量不做纳税调整的理念是先进的，但由于以前年度亏损因素、免税收入因素，尤其是免税收入中的股息红利因素，对季度纳税影响巨大，如果不考虑实际情况，对纳税申报表做适度调整，主要收入是股息红利的集团公司母公司将难以承受之重。
44号文件版本申报表的另一缺陷是没有考虑房地产企业的特殊情况，根据国税函[2008]299号文件的规定，房地产企业的未完工收入要按照规定的计税利润率计入利润总额缴税，但申报表并未相应设置，因此地产企业无法适用该版本申报表。例如：
案例二：房地产企业预计毛利
M房地产公司2008年1季度未完工收入1亿元，预计利润率为15%，发生期间费用500万元，由于未完工收入根据会计制度不构成利润总额的组成项目，因此当期利润总额为-500万元。纳税申报表和税收政策有矛盾，应该加以解决。
国税函[2008]635号文件版本申报表
考虑到以前年度亏损、免税收入（不征税收入）、房地产企业的预计毛利三个重要因素，国家税务总局2008年6月30日下发了《国家税务总局关于填报企业所得税月（季）度预缴纳税申报表有关问题的通知》（国税函[2008]635号文件（以下简称635号文件申报表），自2008年第3季度开始实施。该文件创造了“实际利润额”的概念，将季度申报表第4行由“利润总额”修改为“实际利润额”，规定“实际利润额”填报按会计制度核算的利润总额减除以前年度待弥补亏损以及不征税收入、免税收入后的余额。房地产开发企业本期取得预售收入按规定计算出的预计利润额计入本行。
即：635号文件既坚持了以利润总额作为申报主体，不做过多得纳税调整，以减少纳税人负担，又对特殊项目进行适度调整。
如果按635号文件的填报口径，案例1中M公司实际利润额＝利润总额－以前年度亏损－免税收入＝2000－1000－1000＝0，因此当季度无需预缴税款，解决了企业的实际问题。
如果按635号文件的填报口径，案例2中的M公司实际利润额=利润总额+未完工收入计算的预计利润＝－500＋1500＝1000（万元），申报表同政策规定相符合。
635号文件是相对完善的预缴申报表，但是在执行过程中遇到了两大问题，一是，由于635号文件规定的“实际利润额”口径需要在表下计算，而不是将调增项目直接在申报表体现，出现了部分基层税务机关执行政策不到位的现象，影响了纳税人的合法权益；二是，建筑企业等特殊行业新税收政策的颁布，申报表无法容纳。因此635颁布申报表需要与时俱进，国家税务总局2011年第64号公告随之应运而生。
2011年64号公告版本申报表
64号公告版本申报表，汲取了前两个版本实施过程中的经验，将实际利润额的计算过程列示到申报表，并规范填报，内容非常丰富，其主要内容有：
（一）第4行“利润总额”作为计算季度缴税的主要基础，列示在申报表第4行，继续坚持季度申报以利润总额为核心的理念，同时对其进行四项调整，从而计算出第14行“实际利润额”，作为缴税的依据。按照申报表得出基本申报公式：
实际利润额＝利润总额＋特定业务计算的应纳税所得额－免税收入－不征税收入－以前年度亏损
（二）第5行“特定业务计算的应纳税所得额”。该行次填报房地产企业的预计毛利，同时为未来特殊项目填报预留空间，因此不直接表述为“房地产企业计算的应纳税所得额”。本行次虽然解决了将预计毛利明示申报表的目的，但是实践中仍存在两个问题，本次申报表修订未解决：
案例三：房地产企业营业税金及附加
某房地产企业2011年1季度取得未完工收入1亿元，当地的预计计税毛利率为15%，缴纳营业税金及附加、预缴土地增值税共760万元，本季度发生期间费用500万元。
1、由于缴纳的营业税金及附加、预缴的土地增值税，根据会计制度规定，不计入“主营业务税金及附加”会计科目，而是计入“应缴税费”科目，因此不构成利润总额的组成部分，该企业当年利润总额为-500万元，而不是-1260万元。
2、根据现行申报表，该企业1季度实际利润额＝1500－500＝1000（万元）
如果严格按照填报说明，房地产企业未完工收入对应的税金及附加无法在利润总额中扣减，只能等到年末在汇算清缴时扣除，对纳税人时间性利益影响较大，因此北京等地税务局允许企业变通填列进行扣减。该问题在635号文件申报表中即存在，64号公告申报表仍未解决该问题。
案例四：房地产企业毛利结转
某房地产企业2011年未完工收入为1亿元，已经按照15%的预计计税毛利率计入2011年度应纳税所得额，2012年1季度该项目完工且在会计上结转了收入，经过计算项目毛利润4000万元，即项目毛利率为40%，同时将应缴税费760万元结转为“主营业务税金及附加”科目。
1、利润总额＝4000－760＝3240（万元）
2、实际利润额＝3240万元
如果按照现行申报表，在季度申报时，去年已经纳入应纳税所得额缴税的1500元毛利未扣减，在去年汇算清缴中已经调减的760万元税金也未调增。纳税人有740万元毛利属于暂时性重复纳税，只有等到汇算清缴时方能扣减，明显不合理，但64号公告申报表未预留毛利调减行次，该问题如何解决，尚有待进一步明确。
（三）第六行“免税收入”。主要包括国债利息收入和符合条件的股息红利所得。
案例五：国债利息
某公司2012年1月持有到期付息国债1000万元，国债年利率6%，2012年1季度记账，借：应收利息15万，贷：财务费用15万。该项国债利息是否允许扣减呢？假设第2季度末，将持有的国债转让，转让价格为1040万元，包括应收利息30万元，国债转让利得10万元，应收利息30万元是否允许作为免税收入扣减？
国家税务总局2011年第36号公告中，明确规定国债采取净价交易的，持有期间利息允许作为免税收入扣除，因此上例中第1季度季度申报表第5行免税收入填报15万元，进行扣减；第2季度同第1季度填报，即免税收入15万元，最终只有10万元利得计入了实际利润额。
案例六：权益法下的损益调整
A公司持有M公司40%股份，采取权益法核算，2012年5月，M公司年报确定2011年度利润总额为1000万元，A公司记账，借：长期股权投资——损益调整400万元，贷：投资收益400万元。
《企业所得税》规定，被投资企业董事会作出利润分配决定的当天作为股息红利所得确定日期。因此，A公司确认的400万元投资收益不属于企业所得税的收入。会计确认收益400万元，税收不确认收入，因此该400万元属于会计与税收的差异，年度纳税申报表附表三第7行就此项纳税调减项目进行调整。
因此，第一，该400万元不属于税法收入，不应填报在预缴申报表第6行；第二，400万元属于会计与税收的差异，应该在年末汇缴时调减，季度预缴申报未涉及该项调减项目；第三，虽然细究政策，该400万元不能在季度申报时扣减，但其对企业的影响如同免税收入类似，应该加以解决。
（四）第7行“不征税收入”
案例七：不征税收入
某公司2012年5月取得了当地财政部门拨付的1000万元现金，要求进行技术改造，该财政性资金符合财税[2011]70号文件规定的不征收收入条件，则季度预缴申报表填报1000万元，减少实际利润额。
免税收入同不征税收入有根本的区别，不征税收入本质上是递延纳税。
（五）第14行“特定业务预缴（征）所得税额”。该行次主要是针对国税函[2010]156号文件规定建筑企业跨地区项目部按照2‰预缴企业所得税政策，同时为未来类似政策预留空间。
案例八：建筑企业跨地区项目部预缴
某建筑企业总机构在北京市，其在石家庄市成立一项目部，该项目部2012年1季度取得营业收入1亿元。
根据国税函[2010]156号文件规定，建筑企业总机构直接管理的跨地区设立的项目部，应按项目实际经营收入的0.2%按月或按季由总机构向项目所在地预分企业所得税，并由项目部向所在地主管税务机关预缴。因此，该企业1季度应缴预缴企业所得税20万元，填入季度申报表第14行。
