2011年以前，上述问题是按照《国家税务总局关于非货币性资产评估增值暂不征收个人所得税的批复》（国税函[2005]319号）处理的。国税函[2005]319号文件规定：考虑到个人所得税的特点和目前个人所得税征收管理的实际情况，对个人将非货币性资产进行评估后投资于企业，其评估增值取得的所得在投资取得企业股权时，暂不征收个人所得税。在投资收回、转让或清算股权时如有所得，再按规定征收个人所得税，其“财产原值”为资产评估前的价值。但国家税务总局在2011年发布《国家税务总局关于个人以股权参与上市公司定向增发征收个人所得税问题的批复》（国税函[2011]89号）规定：南京浦东建设发展有限公司自然人以其所持该公司股权评估增值后，参与苏宁环球股份有限公司定向增发股票，属于股权转让行为，其取得所得，应按照“财产转让所得”项目缴纳个人所得税。国税函[2011]89号文件的发布，宣告自然人以评估增值的股权参与上市公司定向增发“免税时代”的终结。国家税务总局在2011年第2号公告中亦将国税函[2011]89号文件全文废止。
苏宁环球的自然人股东，将其持有的84%的南京浦东建设发展有限公司的股份评估增值后，参与苏宁环球定向增发股票，即通过上市公司股票的流通市价，实现了相关资产的重新定价，使其资产价值得到了再次飞跃，其自然人股东负有缴纳税款的义务也合情合理。但是，如果自然人股东在企业重组中符合财税[2009]59号文件和国家税务总局公告2010年第4号中特殊性税务处理的原则规定，没有取得非股权支付的对价，让其负有缴纳个人所得税的义务，确有点不合情理。况且，国家税务总局公告2010年第4号规定：同一重组业务的当事各方应采取一致税务处理原则，即统一按一般性或特殊性税务处理。重组企业既有自然人股东，又有法人股东，如果自然人股东有纳税义务，而法人股东没有当期的纳税义务，岂不是对重组业务有了实质性的障碍？
目前，财政部和国家税务总局对自然人涉及重组并购业务是否负有纳税义务，没有明确的规定，实务界对此问题亦有不同的理解。
认为要征税的理由是：个人所得税法相关法律法规没有对上述所得免税的规定。由于没有法律层面的明确免税规定，在前述苏宁环球公司定向增发的案例中，征收依据就是个人所得税法及其实施条例等规定。因此，在企业重组并购业务中对自然人股东豁免纳税义务于法无据。我们可以从《大连市地方税务局关于加强企业注销和重组自然人股东个人所得税管理的通知》（大地税函[2009]212号）来分析和解读部分基层税务当局的征管思路。该文件规定，企业在合并或分立时，如果根据财税[2009]59号文选择特殊性税务处理的，应纳税所得额=〔企业期末留存收益 企业期末资本公积 （被转让资产的公允价值-被转让资产的计税基础）×（非股权支付金额÷被转让资产的公允价值）〕×股东所占股份比例。
认为不征税的理由是：个人所得税是按照“收付实现制”征税的。如果自然人股东在重组业务中是股权支付行为，即以持有的股权为对价参与重组，没有变现还要负有纳税义务，合理吗？举一个极端的例子，自然人股东以仅有的个人资产（股权形式）并购另一家企业，而被并购企业短期不可能获益，该自然人股东也无法将被并购企业的股权转让变现。如果判定该自然人股东负有纳税义务，税务当局能够征到税款吗？即使法律认为自然人股东负有纳税义务，从税收的必要资金原则考虑，至少也应当采取递延纳税义务的方法，等自然人投资收回、转让或清算股权时如有所得，再按规定征收个人所得税。
笔者认为，在重组业务中，由于财税[2009]59号文件适用范围的限制，自然人无法适用于相关税收处理的规定。但自然人股东是否有纳税义务，需要分情况讨论。在股权收购、资产收购中如果自然人股东以股权形式支付对价，则因其股权公允价值的因素，税务当局按照“财产转让所得”项目缴纳个人所得税。虽然国税函[2011]89号文件仅针对上市公司，但股权出资操作可以被税务机关理解为股权转让，因此即便国税函[2011]89号文件不适用于非上市公司，按照个人所得税法及其实施条例等的规定，对于转让收入税务机关要求缴纳个人所得税似乎也有道理。企业合并，无论是新设合并还是吸收合并的，被合并企业及其股东都应按清算进行所得税处理，税务当局可以按照“财产转让所得”项目缴纳个人所得税。企业分立的，如果原股东和持股比例没有变化，由于既没有清算，亦没有财产转让行为，自然人没有纳税义务；如果分立时股东和持股比例有变化，则存在被税务机关征税的风险。
建议
在税务机关不断加强股权转让所得征收个人所得税管理的大背景下，自然人股东需要审慎考虑重组业务涉及的纳税义务。纳税人最好在重组业务决策前，在专业服务机构的协助下，事先与主管税务机关充分沟通，以规避因不确定性而带来的涉税风险。我们也希望，财政部和国家税务总局能够全面地考虑重组并购业务中法人股东和自然人股东在所得税纳税义务上的协调一致性，尽早地对自然人参与企业重组，特别是符合特殊性税务处理条件的重组予以相同的递延纳税的待遇。
