附则（共两条）。包括授权条款、施行时间、废除文件和新旧衔接条款。
——摘自国家税务总局关于《印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法〉的公告》的解读

2、汇总纳税的分支机构是否需要进行年终汇算清缴？
答：《办法》第十条规定，汇总纳税企业应当自年度终了之日起5个月内，由总机构汇总计算企业年度应纳所得税额，扣除总机构和各分支机构已预缴的税款，计算出应缴应退税款，按照本办法规定的税款分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税应缴应退税款，分别由总机构和分支机构就地办理税款缴库或退库。
汇总纳税企业在纳税年度内预缴企业所得税税款少于全年应缴企业所得税税款的，应在汇算清缴期内由总、分机构分别结清应缴的企业所得税税款；预缴税款超过应缴税款的，主管税务机关应及时按有关规定分别办理退税，或者经总、分机构同意后分别抵缴其下一年度应缴企业所得税税款。

因此，与旧政策不同，汇总纳税的分支机构需要按规定进行年终汇算清缴。

3、新政策中对分支机构计算分配比例的三项因素是否有新规定？
答：《办法》第十七条前三款规定，本办法所称分支机构营业收入，是指分支机构销售商品、提供劳务、让渡资产使用权等日常经营活动实现的全部收入。其中，生产经营企业分支机构营业收入是指生产经营企业分支机构销售商品、提供劳务、让渡资产使用权等取得的全部收入。金融企业分支机构营业收入是指金融企业分支机构取得的利息、手续费、佣金等全部收入。保险企业分支机构营业收入是指保险企业分支机构取得的保费等全部收入。
本办法所称分支机构职工薪酬，是指分支机构为获得职工提供的服务而给予各种形式的报酬以及其他相关支出。
本办法所称分支机构资产总额，是指分支机构在经营活动中实际使用的应归属于该分支机构的资产合计额。

因此，自2013年开始，企业应按照上述对三项因素的新规定对分配比例进行计算。

4、汇总纳税企业当年的分配比例是按照什么时点的三项因素进行计算的？需要分段计算么？
答：《办法》第十七条第四款、第五款规定，本办法所称上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额，是指分支机构上年度全年的营业收入、职工薪酬数据和上年度12月31日的资产总额数据，是依照国家统一会计制度的规定核算的数据。
一个纳税年度内，总机构首次计算分摊税款时采用的分支机构营业收入、职工薪酬和资产总额数据，与此后经过中国注册会计师审计确认的数据不一致的，不作调整。

因此，自2013年开始，汇总纳税企业当年度的分配比例不需要分段计算，均采用上年度全年的营业收入、职工薪酬数据和12月31日的资产总额数据。

5、新成立的分支机构，没有上年度的三因素数据，如何参与分配？
答：《办法》第五条第三款规定，新设立的二级分支机构，设立当年不就地分摊缴纳企业所得税。

因此，当年新设立的分支机构应于设立次年开始参与计算分配比例。
 
6、企业如果出现了分配比例计算有误，导致季度预缴的时候各分配机构分别存在多缴和少缴的情况，怎么处理？
答：《办法》第二十条规定，汇总纳税企业未按照规定准确计算分摊税款，造成总机构与分支机构之间同时存在一方（或几方）多缴另一方（或几方）少缴税款的，其总机构或分支机构分摊缴纳的企业所得税低于按本办法规定计算分摊的数额的，应在下一税款缴纳期内，由总机构将按本办法规定计算分摊的税款差额分摊到总机构或分支机构补缴；其总机构或分支机构就地缴纳的企业所得税高于按本办法规定计算分摊的数额的，应在下一税款缴纳期内，由总机构将按本办法规定计算分摊的税款差额从总机构或分支机构的分摊税款中扣减。

因此，存在因分配比例计算有误导致季度预缴税款不准确的，可按上述规定在下一税款缴纳期进行调整。

7、汇总纳税企业发生财产损失，需要税前扣除，是否有特殊规定？
答：《办法》第二十五条规定，汇总纳税企业发生的资产损失，应按以下规定申报扣除：
（一）总机构及二级分支机构发生的资产损失，除应按专项申报和清单申报的有关规定各自向所在地主管税务机关申报外，二级分支机构还应同时上报总机构；三级及以下分支机构发生的资产损失不需向所在地主管税务机关申报，应并入二级分支机构，由二级分支机构统一申报。
（二）总机构对各分支机构上报的资产损失，除税务机关另有规定外，应以清单申报的形式向所在地主管税务机关申报。
（三）总机构将分支机构所属资产捆绑打包转让所发生的资产损失，由总机构向所在地主管税务机关专项申报。

二级分支机构所在地主管税务机关应对二级分支机构申报扣除的资产损失强化后续管理。

因此，汇总纳税企业发生财产损失税前扣除时，总分机构均应按上述规定进行申报。

8、小型微利企业，税款很少，总分支机构分配缴税很麻烦，可不可以不分配？
答：《办法》第五条第二款规定，上年度认定为小型微利企业的，其二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税。
 
9、新政策规定当年注销的分支机构是否参与分配税款？
答：《办法》第五条第四款规定，当年撤销的二级分支机构，自办理注销税务登记之日所属企业所得税预缴期间起，不就地分摊缴纳企业所得税。
第十五条第三款规定，分支机构分摊比例按上述方法一经确定后，除出现本办法第五条第（四）项和第十六条第二、三款情形外，当年不作调整。

因此，当年有注销分支机构的情况，与旧政策规定不同，注销的分支机构应自办理注销税务登记之日起不就地分摊缴纳企业所得税，并且调整总分公司的分配比例，此分支机构也不再参与分配比例的计算。
 
10、新政策下发后，总分机构应该在什么时候备案分配表？
答：《办法》第九条第一款规定，汇总纳税企业预缴申报时，总机构除报送企业所得税预缴申报表和企业当期财务报表外，还应报送汇总纳税企业分支机构所得税分配表和各分支机构上一年度的年度财务报表（或年度财务状况和营业收支情况）；分支机构除报送企业所得税预缴申报表（只填列部分项目）外，还应报送经总机构所在地主管税务机关受理的汇总纳税企业分支机构所得税分配表。

因此，企业应在预缴申报同时报送汇总纳税企业分支机构所得税分配表，不需另行备案。

11、企业在季度申报时需要报送上一年度的财务报表，年报时也需要报送，这不是重复报送吗？
答：《办法》第九条第二款规定，在一个纳税年度内，各分支机构上一年度的年度财务报表（或年度财务状况和营业收支情况）原则上只需要报送一次。
因此，汇总纳税企业在首次执行《办法》时需要在季度申报时报送上一年度的财务报表，以后在年终汇算清缴时报送当年的财务报表即可。

12、新成立的分支机构，是否可以申请核定征收企业所得税？
答：《办法》第三十一条规定，汇总纳税企业不得核定征收企业所得税。
因此，分支机构应该按规定汇总纳税计算缴纳企业所得税，不得核定征收企业所得税，应按规定汇总纳税。

13、新政策下发后，企业在2013年初进行2012年度汇算清缴时是否要按新政策规定执行？
答：《办法》第三十三条规定，本办法自2013年1月1日起施行。
因此，汇总纳税企业2012年度企业所得税汇算清缴时仍适用国税发[2008]28号文件，不适用本《办法》。