分支机构通常是总公司异地经营为减少管理成本而设立的营业分部，是特殊的企业组织形式。分支机构作为总公司的一部分，与总公司属于同一个法律主体。本文将总分支机构涉及的增值税、消费税、企业所得税、印花税等常见问题汇总如下，供实务中参考。
1、“营改增”后，总分机构提供应税服务，增值税如何汇总缴纳？
答：《财政部、国家税务总局关于重新印发<总分机构试点纳税人增值税计算缴纳暂行办法>的通知》（财税[2013]74号）规定，经财政部和国家税务总局批准的总机构试点纳税人及其分支机构可以汇总缴纳增值税。总机构汇总计算总机构及其分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务的应交增值税，抵减分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务已缴纳的增值税税款（包括预缴和补缴的增值税税款）后，在总机构所在地解缴入库。其中，总机构汇总计算的应交增值税=总分机构发生《应税服务范围注释》所列业务的应税销售额×适用税率-总分机构因发生《应税服务范围注释》所列业务而购进货物或者接受加工修理修配劳务和应税服务所支付或者负担的增值税税额；分支机构预缴的增值税＝分支机构提供《应税服务范围注释》所列业务应征的增值税销售额×预征率。预征率由财政部和国家税务总局规定，并适时予以调整。
每年的第一个纳税申报期结束后，对上一年度总分机构汇总纳税情况进行清算。总机构和分支机构年度清算应交增值税，按照各自销售收入占比和总机构汇总的上一年度应交增值税税额计算。分支机构预缴的增值税超过其年度清算应交增值税的，通过暂停以后纳税申报期预缴增值税的方式予以解决。分支机构预缴的增值税小于其年度清算应交增值税的，差额部分在以后纳税申报期由分支机构在预缴增值税时一并就地补缴入库。
2、总分机构提供应税服务的同时，另有销售货物业务的，增值税如何汇总缴纳？
答：经批准汇总缴纳增值税的试点企业，对于营改增应税服务部分的增值税，按上问汇总计算并缴纳。对于总分机构销售货物应缴纳的增值税，按照增值税暂行条例及相关规定就地申报缴纳。
3、总分机构业务范围涉及销售货物、提供加工修理、修配劳务的，其增值税又如何汇总缴纳？
答：根据《增值税暂行条例》第二十二条第（一）项规定，固定业户应当向其机构所在地的主管税务机关申报纳税。总机构和分支机构不在同一县（市）的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税；经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。《财政部、国家税务总局关于固定业户总分支机构增值税汇总纳税有关政策的通知》（财税[2012]9号）进一步明确，固定业户的总分支机构不在同一县（市），但在同一省（区、市）范围内的，经省（区、市）财政厅（局）、国家税务局审批同意，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报缴纳增值税。此时，分支机构不需就地预缴，直接由总机构汇总缴纳，分支机构销售及采购货物时，仍以自己的名义开具或取得增值税专用发票。
问：如何理解《财政部、国家税务总局关于固定业户总分支机构增值税汇总纳税有关政策的通知》（财税[2012]9号）规定中“固定业户”的含义？
答：有关固定业户的界定税法没有明确。根据《税收征收管理法》及其实施细则有关税务登记的相关规定，对于向税务机关申报办理了税务登记的企业，企业在外地设立的分支机构和从事生产、经营的场所，个体工商户和从事生产、经营的事业单位应界定为固定业户；对未按照规定办理税务登记的从事生产、经营的纳税人以及临时从事经营的纳税人（即没有向税务机关申报办理税务登记、尚未纳入税务机关管理的）不属于固定业户。判断的标准在于是否向税务机关申报办理了税务登记。
《财政部、国家税务总局关于固定业户总分支机构增值税汇总纳税有关政策的通知》（财税[2012]9号）是对《增值税暂行条例》第二十二条第一项“总机构和分支机构不在同一县（市）的，经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。”的进一步明确。主要是明确固定业户的总分支机构不在同一县（市），但在同一省（区、市）范围内申请由总机构汇总缴纳增值税的审批权是省（区、市）财政厅（局）、国家税务局。》》
4、如何理解不在同一县（市）的总分机构之间商品调拨用于销售需要视同销售缴纳增值税？
答：《增值税暂行条例实施细则》第四条规定，设有两个以上机构并实行统一核算的纳税人，将货物从一个机构移送其他机构用于销售需视同销售，但相关机构设在同一县（市）的除外。因此，不在同一县市的总分公司之间调拨商品用于销售应当在发货的当天开具专用发票，缴纳增值税。如果总分机构之间的商品调拨不是用于销售，则不需缴纳增值税。
《国家税务总局关于企业所属机构间移送货物征收增值税问题的通知》（国税发[1998]137号）解释：所谓“用于销售”，是指受货机构发生以下情形之一的经营行为：
（1）向购货方开具发票；
（2）向购货方收取货款。受货机构的货物移送行为有上述两项情形之一的，应当向所在地税务机关缴纳增值税；未发生上述两项情形的，则应由总机构统一缴纳增值税。如果受货机构只就部分货物向购买方开具发票或收取货款，则应当区别不同情况计算并分别向总机构所在地或分支机构所在地缴纳税款。
《国家税务总局关于纳税人以资金结算网络方式收取货款增值税纳税地点问题的通知》（国税函[2002]802号）补充规定，纳税人以总机构的名义在各地开立账户，通过资金结算网络在各地向购货方收取销货款，由总机构直接向购货方开具发票的行为，不具备《国家税务总局关于企业所属机构间移送货物征收增值税问题的通知》规定的受货机构向购货方开具发票、向购货方收取货款两种情形之一，其取得的应税收入应当在总机构所在地缴纳增值税。
需要注意的是，如果将分支机构仅作为货物的存放地，由总机构给客户开票并收款，则总机构发货至异地仓库时，不征增值税，而应由总公司开票时缴纳增值税。
5、对于较常见的连锁经营企业，如果以总分机构形式存在，是否可以汇总纳税？
答：对跨地区经营的直营连锁企业，即连锁店的门店均由总部全资或控股开设，在总部领导下统一经营的连锁企业，凡按照《国内贸易部关于印发〈连锁店经营管理规范意见〉的通知》（内贸政体法字[1997]第24号）的要求，采取微机联网，实行统一采购配送商品，统一核算，统一规范化管理和经营，并符合《财政部、国家税务总局关于连锁经营企业增值税纳税地点问题的通知》（财税字[1997]97号）相关条件的，可对总店和分店实行由总店向其所在地主管税务机关统一申报缴纳增值税。
但对于自愿连锁企业、即连锁店的门店均为独立法人，各自的资产所有权不变的连锁企业和特许连锁企业，即连锁店的门店同总部签订合同，取得使用总部商标、商号、经营技术及销售总部开发商品的特许权的连锁企业，其纳税地点不变，仍由各独立核算门店分别向所在地主管税务机关申报缴纳增值税。
6、总分支机构企业所得税汇总纳税的政策依据是什么？
答：企业所得税以法人为单位统一计算。居民企业在中国境内跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市）设立不具有法人资格分支机构的，该居民企业所得税实行汇总纳税办法，具体操作办法按照《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）的有关规定执行。
居民企业在中国境内没有跨地区设立不具有法人资格分支机构，仅在同一省、自治区、直辖市和计划单列市（以下称同一地区）内设立不具有法人资格分支机构的，其企业所得税征收管理办法，由各省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局、地方税务局参照本办法联合制定。
居民企业在中国境内既跨地区设立不具有法人资格分支机构，又在同一地区内设立不具有法人资格分支机构的，其企业所得税征收管理实行按《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》执地。
7、汇总纳税的跨省市总分机构如何分摊计算缴纳企业所得税？
答：总机构分摊税款=汇总纳税企业当期应纳所得税额×50％
所有分支机构分摊税款总额=汇总纳税企业当期应纳所得税额×50％
某分支机构分摊税款=所有分支机构分摊税款总额×该分支机构分摊比例
某分支机构分摊比例=（该分支机构营业收入／各分支机构营业收入之和）×0.35（该分支机构职工薪酬／各分支机构职工薪酬之和）×0.35（该分支机构资产总额／各分支机构资产总额之和）×0.30
上式中资产总额包含无形资产。
