纳税人汇算清缴的申报程序分为准备阶段、申报阶段和结清税款阶段。
准备阶段。纳税人需报经税务机关审批、审核或事先备案、事先申报的事项，应按有关程序、时限和要求报送材料等规定，在办理企业所得税年度纳税申报前及时办理。

　　纳税人可从上海税务网站（网址：www.tax.sh.gov.cn）“办税服务-下载中心”栏目内下载《2011年度企业所得税汇算清缴客户端》，按照企业所得税法及其实施条例的有关规定，如实填报《企业所得税年度纳税申报表》和《居民纳税人财务会计报告》，正确计算应纳税所得额和应纳所得税税额，并对纳税申报的真实性、准确性和完整性负法律责任。

　　纳税人可以从上海税务网站《企业所得税汇算清缴专栏》获得相关税收政策、业务流程、纳税申报表讲解等相关信息；还可以自行下载《企业所得税年度纳税申报表》电子版本，按需填报。

　　申报阶段。纳税人完成《2011年度企业所得税汇算清缴客户端》的数据输入并确认无误后，通过网上电子申报企业端软件（eTax＠SH）上传数据，自行完成企业所得税年度纳税申报，并根据主管税务机关的安排，在规定期限内，向主管税务机关报送下列纸质纳税申报资料：（1）《企业所得税年度纳税申报表》。对于当年发生的税前可弥补的亏损额超过500万元（含）的（即，企业所得税年度纳税申报表[A类]主表第23行“纳税调整后所得”为负数），应附送具有法定资质的中介机构的经济鉴定证明。（2）年度财务会计报告。经中介机构审计的，还需提供相应的审计报告。（3）委托中介机构代理纳税申报的，应出具双方签订的代理合同，并附送中介机构出具的包括纳税调整项目、原因、依据、计算过程、调整金额等内容的报告。（4）发生的涉税事项属于事先备案类的，应附送事先备案涉税事项结果通知书；属于事后报送资料类的，应附送相关资料。（5）对于跨地区经营的总机构，应附送跨地区设立的分支机构资产情况、经营情况、预缴税款情况及其缴款书复印件（盖章注明与原件一致）；跨地区发生建筑劳务的本市总机构企业，其直接管理的项目部，在劳务发生地按劳务收入的0.2%就地预缴企业所得税的，应附送缴款书复印件（盖章注明与原件一致）、外出经营证明等相关资料。（6）主管税务机关要求报送的其它资料。

　　纳税人在办理年度纳税申报时还应注意以下事项：
（1）实行跨地区经营汇总缴纳企业所得税的，由统一计算应纳税所得额和应纳所得税额的总机构，按照有关规定，在汇算清缴期间内向所在地主管税务机关办理企业所得税年度纳税申报，进行汇算清缴。其分支机构不进行汇算清缴，但应将分支机构的营业收支等情况在报总机构统一汇算清缴前报送分支机构所在地主管税务机关。总机构应将分支机构及其所属机构的营业收支纳入总机构汇算清缴情况报送各分支机构所在地主管税务机关。

　　（2）对于跨地区经营总机构（含跨地区发生建筑劳务的总机构）还应填报《2011年度企业所得税汇算清缴客户端》中的《本市总机构所属外地分支机构就地预缴企业所得税情况表》、《本市建筑企业直接管理的跨地区经营项目部就地预缴企业所得税情况表》（表样见附件3）。

　　（3）对于高新技术企业、软件企业、技术先进型服务企业，还应分别填报《2011年度企业所得税汇算清缴客户端》中的《高新技术产品（服务）收入情况表》、《高新技术企业研究开发费比例计算表》、《高新技术企业年度研究开发费用结构明细表》、《软件企业年检有关指标情况表》、《技术先进型服务业务收入总额、离岸服务外包业务收入总额占本企业当年收入总额比例情况表》（表样见附件3）。

　　（4）纳税人在规定申报期内，发现申报有误的，可在申报期内重新办理申报。

　　（5）纳税人因不可抗力，无法在申报期内办理年度纳税申报或备齐年度纳税申报资料的，可按照征管法的规定，办理延期纳税申报。

　　结清税款阶段。纳税人年度纳税申报资料经主管税务机关受理后，纳税人已预缴的税款少于全年应缴税款的，应在2012年5月31日前结清补缴的企业所得税税款；预缴税款超过应纳税款的，主管税务机关应及时按有关规定办理退税。纳税人因有特殊困难，无法在汇算清缴期间补缴税款的，可按征管法的有关规定，办理延期缴纳税款手续。纳税人不按规定期限办理申报、拒不申报，不按规定期限结清税款的，主管税务机关将依照税收征管法及其实施细则的有关规定予以处理。