（二）一般纳税人应通过增值税防伪税控系统（以下简称防伪税控系统）使用专用发票。使用，包括领购、开具、缴销、认证纸质专用发票及其相应的数据电文。
（三）专用发票由基本联次或者基本联次附加其他联次构成，基本联次为三联：发票联、抵扣联和记账联。发票联，作为购买方核算采购成本和增值税进项税额的记账凭证；抵扣联，作为购买方报送主管税务机关认证和留存备查的凭证；记账联，作为销售方核算销售收入和增值税销项税额的记账凭证。其他联次用途，由一般纳税人自行确定。
（四）专用发票实行最高开票限额管理。最高开票限额，是指单份专用发票开具的销售额合计数不得达到的上限额度。
最高开票限额由一般纳税人申请，税务机关依法审批。
（五）一般纳税人凭《发票领购簿》、IC卡和经办人身份证明领购专用发票。
（六）一般纳税人销售货物或者提供应税劳务，应向购买方开具专用发票。
商业企业一般纳税人零售的烟、酒、食品、服装、鞋帽（不包括劳保专用部分）、化妆品等消费品不得开具专用发票。
增值税小规模纳税人（以下简称小规模纳税人）需要开具专用发票的，可向主管税务机关申请代开。
销售免税货物不得开具专用发票，法律、法规及国家税务总局另有规定的除外。
（七）专用发票应按下列要求开具：
1、项目齐全，与实际交易相符；
2、字迹清楚，不得压线、错格；
3、发票联和抵扣联加盖发票专用章；
4、按照增值税纳税义务的发生时间开具。
对不符合上列要求的专用发票，购买方有权拒收。
（八）一般纳税人销售货物或者提供应税劳务可汇总开具专用发票。汇总开具专用发票的，同时使用防伪税控系统开具《销售货物或者提供应税劳务清单》，并加盖发票专用章。
（九）一般纳税人在开具专用发票当月，发生销货退回、开票有误等情形，收到退回的发票联、抵扣联符合作废条件的，按作废处理；开具时发现有误的，可即时作废。
作废专用发票须在防伪税控系统中将相应的数据电文按“作废”处理，在纸质专用发票（含未打印的专用发票）各联次上注明“作废”字样，全联次留存。
（十）一般纳税人取得专用发票后，发生销货退回、开票有误等情形但不符合作废条件的，或者因销货部分退回及发生销售折让的，购买方应向主管税务机关填报《开具红字增值税专用发票申请单》。
《申请单》所对应的蓝字专用发票应经税务机关认证。
经认证结果为“认证相符”并且已经抵扣增值税进项税额的，一般纳税人在填报《申请单》时不填写相对应的蓝字专用发票信息。
经认证结果为“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”的，一般纳税人在填报《申请单》时应填写相对应的蓝字专用发票信息。
（十一）《申请单》一式两联：第一联由购买方留存；第二联由购买方主管税务机关留存。
《申请单》应加盖一般纳税人发票专用章。
（十二）主管税务机关对一般纳税人填报的《申请单》进行审核后，出具《开具红字增值税专用发票通知单》。《通知单》应与《申请单》一一对应。
（十三）《通知单》一式三联：第一联由购买方主管税务机关留存；第二联由购买方送交销售方留存；第三联由购买方留存。
《通知单》应加盖主管税务机关印章。
《通知单》应按月依次装订成册，并比照专用发票保管规定管理。
（十四）购买方必须暂依《通知单》所列增值税税额从当期进项税额中转出，未抵扣增值税进项税额的可列入当期进项税额，待取得销售方开具的红字专用发票后，与留存的知单》一并作为记账凭证。属于本规定第十四条第四款所列情形的，不作进项税额转出。
（十五）销售方凭购买方提供的《通知单》开具红字专用发票，在防伪税控系统中以销项负数开具。
红字专用发票应与《通知单》一一对应。
（十六）同时具有下列情形的，为本规定所称作废条件：
1、收到退回的发票联、抵扣联时间未超过销售方开票当月；
2、销售方未抄税并且未记账；
3、购买方未认证或者认证结果为“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”。
抄税，是报税前用IC卡或者IC卡和软盘抄取开票数据电文。
二、增值税专用发票代开管理
（一）增值税纳税人是指已办理税务登记的小规模纳税人（包括个体经营者）以及国家税务总局确定的其他可予代开增值税专用发票的纳税人。
（二）增值税纳税人申请代开专用发票时，应填写《代开增值税专用发票缴纳税款申报单》，连同税务登记证副本，到主管税务机关税款征收岗位按专用发票上注明的税额全额申报缴纳税款，同时缴纳专用发票工本费（除小型微型纳税人外）。
（三）增值税纳税人应在代开专用发票的备注栏上，加盖本单位的发票专用章。
（四）小规模纳税人需申请代开增值税专用发票的，按上述规定办理。其中，涉及小规模纳税人（指个体工商户和其他个人）起征点调整后规定如下：
小规模纳税人（指个体工商户和其他个人），其销售额、营业额未达到国务院财政、税务主管部门规定的增值税起征点的，属于免征增值税范围，但适用免税规定的，不得开具增值税专用发票，只能申请代开《税务机关代开统一发票》。但小规模纳税人（指个体工商户和其他个人）依照《中华人民共和国增值税暂行条例》的规定可以选择放弃免税，缴纳增值税，在向主管税务机关申请代开时，依照税收法律、行政法规规定应当缴纳税款的，税务机关应当先征收税款，再开具增值税专用发票。
（五）货物运输业小规模纳税人申请代开货物运输业增值税专用发票的比照上述代开增值税专用发票规定办理。
三、营业税改征增值税有关专用发票管理
（一）自2012年1月1日起，试点地区增值税一般纳税人（以下简称一般纳税人）从事增值税应税行为（提供货物运输服务除外）统一使用增值税专用发票（以下简称专用发票）和增值税普通发票，一般纳税人提供货物运输服务统一使用货物运输业增值税专用发票（以下简称货运专用发票）和普通发票。
小规模纳税人提供货物运输服务，接受方索取货运专用发票的，可向主管税务机关申请代开货运专用发票。代开货运专用发票按照代开专用发票的有关规定执行。
（二）2012年1月1日以后试点地区纳税人不得开具公路、内河货物运输业统一发票。包括不得开具红字公路、内河货物运输业统一发票。
（三）试点纳税人2011年12月31日前提供改征增值税的营业税应税服务并开具发票后，如发生服务中止、折让、开票有误等，且不符合发票作废条件的，应开具红字普通发票，不得开具红字专用发票。对于需重新开具的，应开具普通发票，不得开具专用发票（包括货运专用发票）。其中，红字普通发票不包括增值税普通发票。
（四）为保障改革试点平稳过渡，上海市试点纳税人发生增值税应税行为，需要开具除专用发票（包括货运专用发票）和增值税普通发票以外发票的，在2012年3月31日前可继续使用上海市地税局监制的普通发票。
上述可继续使用的普通发票不适用增值税一般纳税人；但对认定为货运一般纳税人开具给个人的，可继续使用普通发票。
（五）一般纳税人提供应税货物运输服务使用货运专用发票，提供其他应税项目、免税项目或非增值税应税项目不得使用货运专用发票。
（六）货运专用发票中“承运人及纳税识别号”栏内容为提供货物运输服务，开具货运专用发票的一般纳税人信息；“实际受票方及纳税人识别号”栏内容为实际负担运输费用，抵扣进项税额的一般纳税人信息；“费用项目及金额”栏内容为应税货物运输服务明细项目不含增值税额的销售额；“合计金额”栏内容为应税货物运输服务项目不含增值税额的销售额合计；“税率”栏内容为增值税税率；“税额”栏为按照应税货物运输服务项目不含增值税额的销售额和增值税税率计算的增值税额；“价税合计（大写）（小写）”栏内容为不含增值税额的销售额和增值税额的合计；“机器编号”栏内容为货物运输业增值税专用发票税控系统税控盘编号。
（七）一般纳税人提供货物运输服务，开具货运专用发票后，发生应税服务中止、折让、开票有误以及发票抵扣联、发票联均无法认证等情形，且不符合发票作废条件的，需要开具红字货运专用发票的，实际受票方或承运人应向主管税务机关填报《开具红字货物运输业增值税专用发票申请单》，经主管税务机关审核后，出具《开具红字货物运输业增值税专用发票通知单》。承运方凭《通知单》在货物运输业增值税专用发票税控系统中以销项负数开具红字货运专用发票。《通知单》暂不通过系统开具和管理，其他事项按照现行红字专用发票有关规定执行。
