基于拆迁房屋行为的特殊性，在营业税计税依据的确定上，区分以下两种情形：
1.对偿还面积与拆迁建筑面积相等的部分，由当地税务机关按同类住宅房屋的成本价核定计征营业税，对最终转让时未作价结算的住宅区配套公共设施（如居委会用房、车棚、托儿所等），凡转让收入已包含在住宅房屋转让价格中并已征收营业税的，不再征收营业税。这里要注意，如何确定回迁房的成本价，有的地方认为被拆迁房产原已包含地价，开发商不需对补偿房产的成本价再计算土地成本；有的地方则认为应包括土地成本。一般来讲，回迁房的成本和正常销售的商品房一样，应包括土地成本，只不过这里的地价是交换来的。

2.对超出拆迁建筑面积的部分，房地产商以取得拆迁户的实际补差款，或者按营业税暂行条例实施细则第二十条规定的顺序确定计税营业额。一是可以按纳税人最近时期发生同类应税行为的平均价格核定；二是可以按其他纳税人最近时期发生同类应税行为的平均价格核定；三是按下列公式核定：营业额＝营业成本或者工程成本×（1 成本利润率）÷（1-营业税税率）。

这里需要注意的是，房地产开发企业在办理拆迁补偿房产时，营业税的纳税义务发生时间目前没有明确规定，一般认为拆迁补偿的纳税义务发生时间应该为补偿房产竣工并与被拆迁户办理交接手续时。

企业所得税的处理：根据企业所得税法第二十五条的规定，企业发生非货币性资产交换，以及将货物、财产、劳务用于捐赠、偿债、赞助、集资、广告、样品、职工福利或者利润分配等用途的，应当视同销售货物、转让财产或者提供劳务。根据《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》（国税发〔2009〕31号）第七条的规定，企业将开发产品用于捐赠、赞助、职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他企事业单位和个人的非货币性资产等行为，应视同销售，于开发产品所有权或使用权转移，或于实际取得利益权利时确认收入（或利润）的实现。所以，对于房地产开发企业将房屋进行产权调换的。在企业所得税上应作为视同销售处理。其确认收入（或利润）的方法和顺序为：
1.按本企业近期或本年度最近月份同类开发产品市场销售价格确定。
2.由主管税务机关参照当地同类开发产品市场公允价值确定。
3.按开发产品的成本利润率确定。开发产品的成本利润率不得低于15%，具体比例由主管税务机关确定。

关于计税成本的确定，根据《企业债务重组业务所得税处理办法》（国家税务总局令第六号）第四条的规定，债务人（企业）以非现金资产清偿债务，除企业改组或者清算另有规定外，应当分解为按公允价值转让非现金资产，再以与非现金资产公允价值相当的金额偿还债务两项经济业务进行所得税处理，债务人（企业）应当确认有关资产的转让所得（或损失）；债权人（企业）取得的非现金资产，应当按照该有关资产的公允价值（包括与转让资产有关的税费）确定其计税成本，据以计算可以在企业所得税前扣除的固定资产折旧费用、无形资产摊销费用或者结转商品销售成本等。据此，房地产企业用自建商品房抵偿应付拆迁补偿款的行为，应当分解为按公允价值转让非现金资产，再以与非现金资产公允价值相当的金额偿还债务两项经济业务进行企业所得税处理。

土地增值税的处理：根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函〔2010〕220号）的规定，房地产企业用建造的本项目房地产安置回迁户的，安置用房视同销售处理，按《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）第三条第（一）款规定确认收入，即房地产开发企业将开发产品用于职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等，发生所有权转移时应视同销售房地产,其收入按下列方法和顺序确认：
1.按本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确定。
2.由主管税务机关参照当地当年、同类房地产的市场价格或评估价值确定。

同时，将此确认为房地产开发项目的拆迁补偿费。

所以，拆迁安置用房一样要计算缴纳土地增值税，实务中一般实行预征，最终按项目进行清算。需要说明的是，房地产开发企业支付给回迁户的补差价款，计入拆迁补偿费；回迁户支付给房地产开发企业的补差价款，应抵减本项目拆迁补偿费。

房地产企业拆迁还房会计处理
一般来讲，如果被拆迁户选择货币补偿方式，该项支出作为拆迁补偿费，计入开发成本中的土地成本。如果以非货币性形式支付的拆迁补偿支出、安置及动迁支出、回迁房建造支出，适用《企业会计准则第7号——非货币性资产交换》的规定，回迁房的非货币性资产交换，预计未来能带来更多现金流，一般情况下是具有商业实质，且公允价值能够可靠计量。也就是说，如果被拆迁户选择拆迁还房，要按公允价值或同期同类房屋市场价格计算的价格确认“开发成本——土地成本”中的“拆迁补偿费支出”。
1.在开发产品完工时，根据安置时的同期同类价格，视同销售的会计处理：
借：开发成本——土地成本——拆迁补偿费
贷：应付账款——拆迁补偿费

借：应付账款——拆迁补偿费
贷：主营业务收入——拆迁补偿费

2.房地产企业开具销售不动产发票，业主向房地产企业出具拆迁补偿费收据，结转成本的会计处理：
借：主营业务成本——土地征用费及拆迁补偿费
贷：开发产品

例如，A房地产公司2009年6月开发某城中村改造项目，该项目可供销售建筑面积30000平方米，用于安置回迁户村民的住宅建筑面积为8000平方米，其中等面积部分6000平方米。该项目于2012年6月完工，除回迁楼外，其余商品房尚未完全销售完毕。2012年8月与被拆迁户办理了交接手续。该公司同期同类房地产的建造成本为4000元/平方米（含地价）,市场销售价格为6000元/平方米。

营业税的处理：A房地产公司于2012年8月开始与被拆迁户办理交接手续时，确认缴纳营业税。等面积部分营业税计税依据是2400万元（6000×4000），缴纳销售不动产营业税2400×5%＝120（万元）。超面积部分的营业税计税依据为1200万元（2000×6000），缴纳营业税1200×5%＝60（万元）。

企业所得税的处理：A房地产公司于2012年8月开始与被拆迁户办理交接手续时，就要确认视同销售所得＝8000×6000－8000×4000＝1600（万元），缴纳企业所得税1600×25%＝400（万元）。需要注意的是，这里不能按预计毛利率计算缴税，而是要确认视同销售所得计算缴纳。

土地增值税的处理：与企业所得税不同的是，在与被拆迁户办理交接手续时，不需要立即进行土地增值税清算，只需要预征。假定预征率为2%，则A房地产公司要预缴土地增值税8000×6000×2%＝96（万元）。回迁房最后是否做土地增值税清算，要看楼盘的销售情况，由于该项目尚未完全销售完毕，因此，土地增值税不用必须进行清算。

会计处理如下：
1.开发产品完工时，根据安置时的同期同类价格，视同销售时的会计处理（单位：万元，下同）：
借：开发成本——土地成本——拆迁补偿费4800
贷：应付账款——拆迁补偿费4800

借：应付账款——拆迁补偿费4800
贷：主营业务收入4800。

2.房地产企业开具销售不动产发票4800万元，业主向房地产企业出具拆迁补偿费收据4800万元，结转成本的会计处理：
借：主营业务成本——土地征用费及拆迁补偿费3200
贷：开发产品3200。