国际货运代理服务有差额征税和免征增值税两种优惠方式，不同的方式有不同的操作规程和要求，如何选择，纳税人要细思量。
差额征税操作方法
政策规定。《财政部、国家税务总局关于将铁路运输和邮政业纳入营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2013〕106号）附件2第一项第四款关于销售额的第6点规定，试点纳税人中的一般纳税人提供国际货物运输代理服务，以其取得的全部价款和价外费用，扣除支付给国际运输企业的国际运输费用后的余额为销售额。
费用扣除。对于小规模纳税人，附件2第一项第四款第5点规定，试点纳税人提供知识产权代理服务、货物运输代理服务和代理报关服务，以其取得的全部价款和价外费用，扣除向委托方收取并代为支付的政府性基金或者行政事业性收费（不得开具增值税专用发票）后的余额为销售额。为此，小规模纳税人提供的国际货运代理服务，虽然不能选择差额征税，但可以扣除向委托方收取并代为支付的政府性基金或者行政事业性收费。对于一般纳税人提供的国际货物运输代理服务，可选择差额征税，一般纳税人就扣除向委托方收取并代为支付的政府性基金或者行政事业性收费、支付给国际运输企业的国际运输费用的差额征税。
凭证要求。试点纳税人从全部价款和价外费用中扣除价款，应当取得符合法律、行政法规和国家税务总局规定的有效凭证。否则，不得扣除。1.支付给境内单位或者个人的款项，以发票为合法有效凭证。2.支付给境外单位或者个人的款项，以该单位或者个人的签收单据为合法有效凭证，税务机关对签收单据有疑义的，可以要求其提供境外公证机构的确认证明。3.缴纳的税款，以完税凭证为合法有效凭证。4.融资性售后回租服务中向承租方收取的有形动产价款本金，以承租方开具的发票为合法有效凭证。5.扣除政府性基金或者行政事业性收费，以省级以上财政部门印制的财政票据为合法有效凭证。6.国家税务总局规定的其他凭证。
备案要求。享受差额征税纳税人应向主管税务机关备案并报送相关资料。“差额部分”不得开具增值税专用发票，可以开具普通发票。
实务操作。例如，A公司是一般纳税人，主要从事国际货运代理服务，2014年9月从委托方处取得收入1万元，支付给国际运输企业的运输费用6000元（已取得国际运输企业开具的运输费用发票），实际收入为4000元，且差额征税事项已在主管国税机关备案（假设应税服务扣除项目期初余额为0），则A公司在10月征期内该如何纳税申报？
1.填报《增值税纳税申报表附表三（应税服务扣除项目明细）》“6%税率的应税服务”栏：“本期应税服务价税合计额（免税销售额）”列填写10000元；“应税服务扣除项目-期初余额”列填写0；“应税服务扣除项目-本期发生额”列填写6000元；“应税服务扣除项目-本期应扣除金额”列填写6000元；“应税服务扣除项目-本期实际扣除金额”列填写6000元。
2.填报《增值税纳税申报表附表一（本期销售情况明细）》“一般计税方法征税-全部征税项目-6%税率”（5栏）：“应税服务扣除项目本期实际扣除金额”（12列）填写6000元；“扣除后-含税（免税）销售额”（13列）填写4000元；“扣除后-销项（应纳）税额”（14列）填写226.41元（4000÷1.06×0.06）。
免税操作方法
政策规定。附件3第一条第十四款规定，试点纳税人提供的国际货物运输代理服务（直接为委托人办理）免征增值税。
《国家税务总局关于国际货物运输代理服务有关增值税问题的公告》（国家税务总局公告2014年第42号）明确，试点纳税人通过其他代理人，间接为委托人办理国际货物运输代理服务，可以按照财税106号文附件3第一条第（十四）项免征增值税。意味着，只要货代企业接受委托的标的物属于进（出）口货物，无论是直接还是间接服务，均可适用免税政策。
这里要注意，免税不是简单的免销项税额，而是免应纳税额。国际货代业务需先按照差额征税的有关规定正确计算销售额、销项税额和进项税额，然后在此基础上确定免税额。
有关条件。1.试点纳税人提供国际货物运输代理服务，向委托方收取的全部国际货物运输代理服务收入，以及向国际运输承运人支付的国际运输费用，必须通过金融机构进行结算。
2.试点纳税人为大陆与香港、澳门、台湾地区之间的货物运输提供的货物运输代理服务参照国际货物运输代理服务有关规定执行。
3.委托方索取发票的，试点纳税人应当就国际货物运输代理服务收入向委托方全额开具增值税普通发票。
备案要求。符合免税条件的纳税人，需到主管税务机关免税备案。同时提供以下资料：《备案类减免税登记表》；与委托方签订货物运输代理合同的原件和复印件；与国际货物运输企业签订货物运输合同的原件和复印件；向国际货物运输企业支付的国际货物运输费用取得的单证或发票；支付国际货物运输费用的金融机构结算的单据；主管税务机关要求提供的其他资料。
实务操作。1.一般纳税人和小规模纳税人都可以享受免税政策；2.享受免税政策的国际货代服务不能开具增值税专用发票，如委托方索取发票的，纳税人应当就国际货物运输代理服务收入向委托方全额开具增值税普通发票；3.试点纳税人用于免征增值税项目的进项税额不得抵扣；4.免税的申报填写：《增值税纳税申报表附列资料（一）》18行。
如何选择
财税〔2013〕106号文件第四十四条规定，纳税人提供应税服务适用免税、减税规定的，可以放弃免税、减税，按规定缴纳增值税。放弃免税、减税后，36个月内不得再申请免税、减税。国际货代业务不得因服务对象的不同而选择不同的税收待遇，一旦选择免税待遇，均适用免税政策；放弃免税待遇，则均不适用免税政策。 |
