根据上述规定，母公司长期股权投资收益2900万元，属于免税所得，无需缴纳企业所得税，母公司处置该项投资的净收益为2900万元。

方案2：股权转让
根据《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函〔2010〕79号）第三条规定，转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。

母公司投资收益＝股权转让所得＝5000－2000＝3000（万元）（不考虑印花税）。

母公司股权转让所得应纳税＝3000×25%＝750（万元）

母公司处置该项投资的净收益＝5000－2000－750＝2250（万元）

注意事项：《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函〔2010〕70号）第三条关于“股权转让所得确认和计算问题”规定，企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。

方案3：先分配后转让股权
企业所得税法第二十六条规定，符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益为免税收入。子公司未分配利润2500万元先分配，母公司收到该项投资分红属于免税所得，免缴企业所得税。

应缴纳企业所得税＝[5000－2500（未分配利润）－2000]×25%＝125（万元）

母公司处置该项投资的净收益＝5000－2000－125＝2875（万元）

注意事项：企业所得税法实施条例对“符合条件”进行了解释说明：“符合条件”是指居民企业直接投资于其他居民企业取得的投资收益，不包括连续持有居民企业公开发行并上市流通的股票不足12个月取得的投资收益。

结论
方案2未对子公司未分配进行处理，导致子公司未分配利润2500万元以股权转让所得的形式体现在母公司的投资收益中，不能作为免税所得，因此母公司要缴纳相应的企业所得税。方案3的处理进行了优化，但盈余公积500万元还是以股权转让所得的形式体现在母公司的投资收益中，不能作为免税所得。通过3种方案的比较，我们应注意到，股权转让后，新股东（法人）对子公司盈余公积和未分配利润通过相应的处理，仍然可以作为免税所得进行税务处理，把新老股东（法人）看成一个整体来说属于时间性差异。

通过以上3种方案量化计算看出，企业直接办理注销登记，母公司处置该项投资的净收益为2900万元；企业实行股权转让，母公司处置该项投资的净收益为2250万元；企业先进行利润分配，再转让股权，母公司处置该项投资的净收益为2875万元。3种方案母公司处置该项投资的净收益各不相同，企业可以根据自身的实际情况，作出适合自己的选择：若子公司无存在价值和转让可能的情况下，只有选择直接注销；若子公司尚有持续经营价值时，存在股权转让的情况下，可以通过上述方案2和方案3分析计算，决定相应的股权转让价格。