在财务税收管理方面，实行主要业务集中管理，财务统一核算，垂直管理的财务会计管理体制。执行《工业企业会计制度》，以权责发生制为记账基础，各卷烟厂会计机构主要负责对本单位卷烟生产成本、生产费用、固定资产管理、负责所在地应分配的增值税、消费税、城建税、教育费附加在当地税务机关的申报、解缴入库。

2004年联合重组后，该公司在业务上实现了卷烟生产调度、卷烟销售、烟叶和主要卷烟材料采购的集中统一管理，在财务上全省卷烟工业实现了统一核算，企业所得税实行统一核算、集中申报和缴纳。

该公司2006年度销售2110451箱，实现销售收入1210977万元，净利润76901万元，入库税费总计686860万元，其中，增值税142458元、消费税452535万元、企业所得税30947万元。2007年度销售2208165箱，实现销售收入1389852万元，净利润117422万元，入库税费总计760436万元，其中，增值税157248元、消费税496260万元、企业所得税36037万元。

2.评估分析
根据企业两个年度的企业所得税汇算清缴申报情况及日常管理信息，2009年主管税务机关对该公司的2006年~2007年企业所得税进行专项评估。
评估人员主要分析了两个年度企业所得税的税收负担率：
2006年度税收负担率=缴纳的企业所得税30947万元÷净利润76091万元×100%=40.67%
2007年度税收负担率=缴纳的企业所得税36037万元÷净利润117422万元×100%=30.69%
两个年度的企业所得税税收负担率差异较大，评估人员把重点放在了某成本费用等扣除项目是否符合规定方面。

3.税务约谈
评估人员向企业发出了《纳税评估约谈说明建议书》，指出异常涉税指标，并要求企业对评估初步确认的问题进行自查，并做出合理的解释。企业非常重视，立即组织了对2006年、2007年纳税情况的税收自查。经过自查，该公司补申报缴纳企业所得税2972万元。但评估人员对企业自查情况进行分析后，决定到企业进行实地核查。

4.实地核查
评估人员通过实地核查发现该企业存在下列问题：
（1）列支与企业生产经营无关的费用未作纳税调整
①A卷烟厂2006年6月，在“管理费用——劳动保险费”科目中列支生活服务公司（生活服务公司是独立核算的法人）解除合同工一次性经济补偿费227311.00元。
②C卷烟厂2007年12月在“营业外支出”中列支下属关联企业麻布厂劳服公司人员安置费765499.00元。

（2）多计成本未作纳税调整
该公司本部2006年6月，因串牌多列成本2052749.40元未调增应纳税所得额，违反了《企业所得税税前扣除办法》（国税发【2000】84号）第四条第（八）项的规定，应调增应纳税所得额2052749.40元。

（3）修建固定资产计入当期费用未作资本化未作纳税调整
①D卷烟厂2006年12月修建厂区围墙直接记入当期损益，违反了《中华人民共和国企业所得税暂行条例实施细则》第二十九条的规定，应调增应纳税所得额58807.5元。
②A卷烟厂2006年12月在“制造费用—设备维修—设备大、中修费”科目列支FK机大修理所领用的备品备件75113.55元，违反了《企业所得税税前扣除办法》（国税发【2000】84号）第三十一条的规定，应调增应纳税所得额75113.55元。

（4）费用重复列支
D卷烟厂2006年12月在当期损益中列支属于福利费性质的支出71056.10元，违反了《企业所得税税前扣除办法》（国税发【2000】84号）第四条第（三）项及企业会计制度“应付福利费”的相关规定，造成费用重复列支，应调增应纳税所得额71056.10元。

（5）发放劳保用品款（补贴）未作工资性支出
该公司本部2007年12月在“管理费用”中列支车队2007年度劳保用品款14400元，违反了《企业所得税税前扣除办法》（国税发【2000】84号）第五十四条的规定，应调增应纳税所得额14400元。

5.评估处理
根据实地核查情况，该公司应调增应纳税所得额3037625.55元（其中，2006年2485037.55元，2007年552588.00元），根据《中华人民共和国企业所得税暂行条例》第三条的规定，应缴纳企业所得税1002416.43元（其中，2006年820062.39元，2007年182354.04元）。