随着“营改增”试点范围逐步扩大，“营改增”行业税收管理中存在的问题也日渐显现。这些矛盾和问题的存在，使国税机关的税收执法面临风险和挑战。
 
“营改增”税收管理中存在的问题
 
纳税主体不明确。实际工作中，由于纳税人经营模式的多元化等原因，存在纳税主体不明确的问题。如目前交通运输业采取的挂靠经营方式，挂靠车辆大都在注册登记地以外从事运输业务，现行税制对挂靠车辆的纳税主体及纳税地点等还不明确。再如，工程监理企业成立的跨地区分公司，由于没有相应等级资质条件，在异地承接业务时，大都使用总公司的资质证明，以总公司的名义签订业务合同，结算时从总公司出具发票，款项也直接汇到总公司账户，但业务的承揽和施工作业，实际上是以分公司来实施的。由于发票是总公司开具的、款项直接汇到总公司，导致分公司所在地无税款申报，长期增值税零负申报。由于总分机构的业务划分不清，使纳税主体无法确定，产生了财政利益在总分机构之间转移，给分公司所在地的税务管理带来不便，也不利于税收的日常监控。
 
一般纳税人资格认定核查项目流于形式，给审批人员带来执法风险。按照《增值税一般纳税人资格认定管理办法》规定，新办纳税人申请认定一般纳税人，只要符合“有固定的生产经营场所”、“能够按照国家统一的会计制度规定设置账簿”的两个认定条件，主管税务机关就应审批为一般纳税人资格。而“固定的生产经营场所”规定比较原则笼统，操作性不强。从近年来一些地方出现的交通运输业企业虚开专用发票犯罪案件来看，大都是简单租赁几间办公用房、虚假骗取资格认定后，领取发票进行虚开。在会计账目的核查上，由于新企业在正式经营之前，没有实质性业务发生，账册中仅仅反映注资信息，税务人员核查看到的仅是企业的空账本，无从掌握企业的会计核算是否准确，核查流于形式，实际意义不大，还徒增审批人员的审批风险。