项目部所属机构不同，纳税办法有别
建筑企业的一个重要特点是跨地区施工现象很普遍，很多企业的产值绝大部分由各地项目部创造，如果按照国税函[2009]221号文件要求在项目部所在地纳税，对总机构所在地的税收利益将有很大影响，因此有必要对建筑企业的所得税管理作出特别规定。基于此，《国家税务总局关于建筑企业所得税有关问题的通知》（国税函[2010]39号）明确，建筑企业跨地区设立的不符合二级分支机构条件的项目经理部，应汇总到总机构或二级分支机构统一计算。但这一规定又必然影响项目部所在地的税收利益，为此，国家税务总局再次下发《关于跨地区经营建筑企业所得税征收管理问题的通知》（国税函[2010]156号），对项目部区分不同情况规定了不同征税办法，即总机构直接管理的跨地区项目部，按项目实际经营收入的0.2%按月或按季度由总机构向项目所在地预分企业所得税，二级或二级以下分支机构直接管理的项目部仍按国税函[2010]39号文件执行。因此，只有总机构跨地区设立的项目部才需在当地预分所得税，而各级分支机构设立的项目部应汇总到所属分支机构统一计算纳税。

　　机构设置不同，汇算清缴办法有别
由于国税函[2010]156号文件对项目部规定了不同的征税办法，会对总机构的汇算清缴产生不同要求。但如果总机构只设分支机构，其汇总纳税办法与其他企业并无区别。

　　如果总机构只设跨地区项目部，则应扣除已由项目部预缴的企业所得税后，按照其余额就地缴纳。如某建筑企业在各省直接设立项目部，无分支机构。2011年截至11月份累计收入2000万元，其中各项目部收入1500万元，累计应纳税所得额为100万元，则企业需向各项目部所在地预分所得税=1500×0.2%＝3（万元），在总机构就地预缴企业所得税=100×25%－3＝22（万元）。

　　如果总机构既有直接管理的跨地区项目部，又有跨地区二级分支机构的，则应先扣除已由项目部预缴的企业所得税，再按照有关规定计算总、分支机构应缴纳的税款。如某建筑企业在A、B省分别设有分支机构，同时又在C、D省直接设立项目部，其他条件同上，则该企业需向C、D省项目部所在地预分所得税3万元，其余22万元应按有关汇总纳税办法，在总机构及A、B省分支机构间分配预缴。

　　这里应注意，企业向总机构直接管理的跨地区项目部所在地预分所得税，很可能会出现总机构年终汇算清缴时，汇总计算的应纳所得税小于已预缴的税款。如某企业2011年度在各项目部已预分税款5万元，而汇算清缴时应纳所得税3万元，小于在各项目部已预分税款2万元。对此，国税函[2010]156号文件明确，应由总机构主管税务机关办理退税或抵扣以后年度的应缴所得税，而不是由各项目部所在地税务部门多退少补。但如果是因各项目部所在地税务部门未按规定标准预征税款，则应要求其对多征部分及时返还给企业。

　　跨地区项目部所得税的管理
根据国税函[2010]156号文件规定，无论是总机构还是分支机构直接管理的跨地区项目部，均应向项目所在地主管税务机关出具总机构所在地主管税务机关开具的外出经营活动税收管理证明，未提供上述证明的，项目部所在地主管税务机关应督促其限期补办。不能提供上述证明的，应作为独立纳税人就地缴纳企业所得税，且总机构在汇算清缴时不能扣除该已缴税款。需注意的是，根据《税务登记管理办法》，纳税人到外县（市）临时从事生产经营活动的，应当在外出生产经营以前，持税务登记证向主管税务机关申请开具外出经营活动税收管理证明。也就是说，分支机构在异地设立项目部，同时还应向分支机构所在地主管税务机关申请开具外出经营活动税收管理证明。