在“营改增”前，根据营业税暂行条例的规定，外国企业向我国企业转让技术和商标，属于转让无形资产，应就其全部收入缴纳5%的营业税。那么境内支付方在扣缴非居民企业的所得税时，是否可以从非居民企业的全部收入中扣除营业税呢?不可以。相关法规一再重申此事。企业所得税法第十九条规定：非居民企业特许权使用费所得以收入全额为应纳税所得额。企业所得税法实施条例第一百零三条进一步明确：税法第十九条所称收入全额，是指非居民企业向支付人收取的全部价款和价外费用。

《财政部、国家税务总局关于非居民企业征收企业所得税有关问题的通知》(财税[2008]130号)也明确规定：对非居民企业取得税法第三条第三款规定所得计征企业所得税时，不得扣除上述条款规定以外的其他税费支出。所以，境内支付方在扣缴非居民企业因取得包括技术转让所得、商标著作权转让所得在内的特许权使用费所得税时，是不允许扣除营业税的。

“营改增”后，境外单位取得的技术转让收入和商标著作权收入由被扣缴营业税改为被扣缴增值税，再被扣缴所得税时，增值税是否可以从全部收入中扣除?

一种意见认为，应扣除增值税。其理由是增值税与营业税不同，增值税属于价外税，而营业税属于价内税，因此对境外单位征收企业所得税，计税依据不应包括增值税。笔者认为，这种意见仅是一种理论分析，缺乏过硬的法律依据。

另一种意见认为，在扣缴所得税时，不应扣除增值税。其依据是《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点实施办法》的有关规定。该实施办法第十七条规定，境外单位或者个人在境内提供应税服务，在境内未设有经营机构的，扣缴义务人按照下列公式计算应扣缴税额：
应扣缴税额=接受方支付的价款÷(1 税率)×税率

公式中的表述是“价款”，这个“价款”是含增值税的，而企业所得税有关法规就此问题的规定都是全部价款和价外费用，不得作任何扣除。如果按照不含税价计算扣缴所得税，就相当于从“价款”中扣掉了增值税。

尽管将增值税并入企业所得税的计税依据会导致重复征税，但是在“营改增”前，由于营业税不得扣除，实际也将营业税并入了企业所得税的计税依据了。由于“营改增”前的计税依据中含营业税，如果“营改增”后，将非居民企业所得税计税依据改为不含增值税的价款，计税依据会变小，将少征企业所得税。

从企业所得税法对非居民企业的规定看，对非居民企业所得税的规定与居民企业还是有一定区别的，不宜根据企业所得税的一般原理分析，就得出按照不含增值税的价款扣缴企业所得税的结论。

当然，具体应该按照哪种方法处理，需要有关部门予以明确。对于纳税人而言，在主管部门明确规定可以按照不含增值税的价款扣缴所得税前，扣缴义务人按照含增值税的价款扣缴企业所得税比较保险。

此外，如果双方合同约定，所有税款由中方承担，中方在计算扣缴所得税时，还应将外方的不含税收入还原成含税收入，不得直接根据不含税收入计算应扣缴的所得税。