高新技术企业在中国境外取得的所得如何确定呢？《企业所得税法实施条例》第七条规定，企业应按照以下原则确定在境外取得的所得（境外税前所得）：
（一）销售货物所得，按照交易活动发生地确定；
（二）提供劳务所得，按照劳务发生地确定；
（三）转让财产所得，不动产转让所得按照不动产所在地确定，动产转让所得按照转让动产的企业或者机构、场所所在地确定，权益性投资资产转让所得按照被投资企业所在地确定；
（四）股息、红利等权益性投资所得，按照分配所得的企业所在地确定；
（五）利息所得、租金所得、特许权使用费所得，按照负担、支付所得的企业或者机构、场所所在地确定，或者按照负担、支付所得的个人的住所地确定；
（六）其他所得，由国务院财政、税务主管部门确定。
《企业所得税法》第二十三条规定，企业取得的所得已在境外缴纳的所得税税额，可以从其当期应纳税额中抵免，抵免限额为该项所得依照本法规定计算的应纳税额；超过抵免限额的部分，可以在以后5个年度内，用每年度抵免限额抵免当年应抵税额后的余额进行抵补。那么，抵免限额该如何计算呢？《企业所得税法实施条例》第七十八条规定，抵免限额应当分国（地区）不分项计算，计算公式为：抵免限额＝中国境内、境外所得依照《企业所得税法》及其实施条例的规定计算的应纳税总额×来源于某国（地区）的应纳税所得额÷（中国境内、境外应纳税所得总额）。同时，财税[2011]47号文件对高新技术企业计算境外抵免限额也有规定，即：高新技术企业在计算境外抵免限额时，可按照15%的优惠税率计算境内外应纳税总额。其境外抵免限额应根据《财政部、国家税务总局关于企业境外所得税收抵免有关问题的通知》（财税[2009]125号）来执行。财税[2009]125号文件明确，可抵免境外所得税税额，是指企业来源于中国境外的所得依照中国境外税收法律以及相关规定应当缴纳并已实际缴纳的企业所得税性质的税款。
但不包括：
（一）按照境外所得税法律及相关规定属于错缴或错征的境外所得税税款；
（二）按照税收协定规定不应征收的境外所得税税款；
（三）因少缴或迟缴境外所得税而追加的利息、滞纳金或罚款；
（四）境外所得税纳税人或者其利害关系人从境外征税主体得到实际返还或补偿的境外所得税税款；
（五）按照我国企业所得税法及其实施条例规定，已经免征我国企业所得税的境外所得负担的境外所得税税款；
（六）按照国务院财政、税务主管部门有关规定已经从企业境外应纳税所得额中扣除的境外所得税税款。
例如，A公司在B国设有分公司，2010年来源于境内的应纳税所得额为400万元，来源于B国分公司的应纳税所得额为200万元，境外所得已在当地缴纳了40万元所得税。那么，A公司2010年来源于境内、境外所得按规定计算的应纳所得税总额=（400+200）×15%=90（万元），因此境外所得税抵免限额=90×200÷（400+200）=30（万元）。由于境外所得在当地缴纳的所得税40万元大于抵免限额30万元，因此A公司2010年实际需缴纳的企业所得税=90-30=60（万元）。
