二、关于多个房地产项目共同成本费用的扣除方法问题
属于多个房地产项目共同的土地成本，地方税务机关应按清算项目的占地面积占多个项目总占地面积的比例，计算确定清算项目的扣除金额。
属于同一项目的土地成本，地方税务机关应按普通住宅可售建筑面积和非普通住宅(包括非住宅，下同。)可售建筑面积占总可售建筑面积的比例，计算确定扣除金额。
属于多个房地产项目共同的建筑安装成本，地方税务机关应按清算项目可售建筑面积占多个项目可售总建筑面积的比例，计算确定清算项目的扣除金额。

　　 三、关于清算项目中同时包含普通住宅和非普通住宅增值额的计算问题
对一个清算项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别核算增值额；未分别核算增值额或者分别核算增值额不准确的，地方税务机关一律按照普通住宅和非普通住宅的可售面积占清算项目可售面积的比例计算扣除项目金额后，分别按照普通住宅和非普通住宅的销售收入和计算的扣除项目金额计算增值额。

　　 四、关于土地增值税扣除项目问题
房地产开发企业办理土地增值税清算所附的前期工程费、建筑安装工程费、基础建设费、开发间接费用的凭证或资料不符合要求或不实的，各市地方税务机关要积极取得本地政府和住建部门的支持与配合，提请本地政府或住建部门公布本地区各年度建设工程造价定额，并以此作为核定年度四项开发成本的单位面积金额标准；本地政府或住建部门没有公布本地区各年度建设工程造价定额，地方税务机关可以参照住建部门各年度建设工程造价定额资料，结合房屋结构、用途、区位等因素，核定年度四项开发成本的单位面积金额标准，并据以计算扣除。

　　 五、关于地下停车位等取得收入和清算扣除问题
转让有产权地下停车位取得的收入，计入土地增值税收入，地方税务机关允许其成本费用按照对应配比原则在土地增值税清算中扣除。
无产权地下停车位取得的收入，不计入土地增值税收入，其成本费用地方税务机关在土地增值税清算中不允许扣除。其他无产权的建筑物等比照执行。
《辽宁省地方税务局转发国家税务总局关于印发<土地增值税清算管理规程>的通知》(辽地税函[2009]188号)第一条停止执行。

　　 六、房地产企业取得政府返还款的税务处理问题
房地产开发企业从政府部门取得各种形式的返还款，地方税务机关在土地增值税清算时，其返还款不允许扣除，直接冲减土地成本。

　　 七、关于中介机构问题
对从事土地增值税清算的中介机构提供虚假清算报告的，地方税务机关不予采信，并将其列入土地增值税清算不予采信名单。