根据毕马威从客户了解到的情况，在“营改增”的“1 6”行业中，交通运输服务中部分陆路运输和内河航运企业的税负增加较为明显，物流服务、动产租赁服务的税负稍有增加;而其他的试点行业，包括研发和技术服务、信息技术服务、文化创意服务、咨询服务以及小规模纳税人的税负都是减少的。而在税负增加的行业中，差异最大的就是交通运输业。把交通运输业细分来看，航空运输是大幅度减税的，水路运输是基本平衡的，只有陆地运输在试点初期税负增加较为明显。
以北京某物流公司为例，2012年9-11月，“营改增”后实际税负增加了84%，根据企业自己的测算，以前营业税的理论税率为1.34%，“营改增”后增值税的实际税负为2.46%。
“据我们统计，交通运输企业中一般纳税人企业税负都有不同程度上升。比如安德物流税负比上一年增加了7000万，中储运增加了2000万。”中国物资储运协会会长姜超峰对《财经国家周刊》记者说。
上述物流公司运营总监对《财经国家周刊》说：“我们税负增加的主要原因就是：可抵扣进项税额偏少。”
对于物流企业来说，外购的成本支出主要为运输工具、油费、维修费、路桥费，其中：运输工具购置成本高、使用年限长，大中型企业在未来几年大额资产购置的几率较低。
以上述物流公司为例，其运营总监告诉记者，该公司可抵扣的进项只包括外包的运输业务、燃油，而其主要运输工具—汽车，使用寿命都在10年以上，这四个月里面并没有买车。
另一方面是可以抵扣的进项，如油费、维修费等却难以取得正规的增值税发票。有些是没有纳入试点范围的原因所致，而有些源自于“营改增”给企业的准备时间较短而导致的工作衔接不畅所致。
除了这些，企业认为还有很多成本没有进项可以抵扣的，比如员工的工资、福利，由于不是外购项目，而是本企业增值的组成部分，不可能抵扣;而保险、不动产的租金、银行的服务费、差旅费等外购支出，所占企业成本的比重也比较大，但在目前由于这些行业尚未纳入试点，都是没有进项可抵扣的。
“其实目前从部分试点企业看是增税的，但是交通运输行业的产业链已经是减税的。”上海财经大学公共经济与管理学院教授胡怡建说。
多档税率
现行增值税税率为17%和13%，“营改增”在此基础上，新增11%和6%两档税率，交通运输业适用11%税率，部分现代服务业适用6%税率。
而且对于业务跨行业的企业，税率并不统一的情况广泛存在。对于物流企业来说，既涉及到交通运输业又涉及到物流辅助业，这在实践运营中难以准确划分清楚。
“这种情况下就给企业造成一定的困扰，有人认为这有一定的税收筹划空间，但是这个空间如果不把握好的话反而会成为风险。”姜超峰说。
据了解，对于政策制订者来讲，税率设计要考虑不同的大行业和小行业，比如说交通运输企业，可以分陆运、航运、水运，陆运又分公路运输、出租车、公交、地铁，必须要设置一个兼顾各方的中间值。
“试点过程的多档税率是考虑到平衡企业行业之间的税负差异，这在试点过程当中是合理的。”胡怡建说。
有关分析人士认为，现在把营业税改到增值税是一个进步，下一步就是货物和劳务的税率等政策要逐渐地一致。这是国际税收实践的大势所趋。
归纳企业层面的意见，无非是希望政府能多给一些关注、政策或者补贴。
目前，在“营改增”的试点实践中，税负增加企业可以向政府申请补贴。但是补贴具有一定的滞后性，比如上海，每个季度申请补贴，季末结算时政府只会支付70%，理由是，每个季度税负增减可能会有不一样，省得年底结算而要向企业再收回补贴，年底结算后再给到100%。这样会对企业的现金流造成一定影响。
另外，补贴只是一个过渡性的政策。多位“营改增”的参与者和专家都明确提出反对财政补贴政策。
而有些企业，却因为财政补贴政策，故意不去取得发票，造成税负的虚高，使得税负的数据不能真实的反映实际效果，有的企业还产生政策依赖，不在提高内部管理水平和调整经营模式等方面下功夫，有的甚至设法骗取补贴，因此，财政补贴的政策也面临规范。
“补贴从制度层面上来讲是有问题的，所有的问题都应该通过市场定价来解决。但从管理操作层面又是必要的，就是希望我们的改革能顺利一点，企业欢迎一点，矛盾小一点，推进快一点。”胡怡建说。
企业规范
很多时候，企业自身也钻了政策的空子。
“‘营改增’交通运输服务业税负明显增加的原因，就是因为原来在我们这个行业上实行的是差额征收，‘营改增’之后仍要延续营业税差额征收的一些办法，同时又要考虑增值税的以票抵税的办法，这两种方式都要考虑进去，导致大家在实践当中操作时有很多不清晰的地方。”沈瑛华说。
1994年税改以来，因营业税重复征税的因素，2003年财政部和国家税务总局开始实施差额征税的优惠办法，使得一部分交通运输企业营业税负得以下降。当时实施这一优惠时，是在保持营业税制整体稳定的情况下进行的，因此，没有对税率进行相应上调。这就使得一些差额征收营业税的行业，税基由营业税的全额缩小到接近增值税的增值额，而税率仍保持营业税的3%或5%，并没有调整到增值税的17%或13%，结果是这些行业税负过低。
现在税率的设置，是根据“营改增”涉及的所有行业来进行的测定，也必须要考虑到那些还在全额征税的行业。因此实施“营改增”后，对于全额征税的行业，肯定是减税的。而原来已经进行营业税差额征税的行业和企业，则有可能造成一定程度的税负上升。
采访中有观点认为这是合理的，拿“营改增”的结果和当初优惠过度的结果进行比较，不能说明什么问题。
实施“营改增”重要的目的是为了消除重复征税，建立有利于科学发展的体制机制，但由于是从一个管理比较松散的税种变成管理比较严密的税种，企业相应也要做很多的适应和调整。
这不仅是缴纳方式、会计核算表的改变，而是对于采购方的选择、是否进行辅业分离、是否业务进行外包等生产经营模式各方面的重新思考。
据记者了解，反映税负增加的融资租赁业，改革前为鼓励该行业的发展对其实行差额征收，其营业税平均税负已低于1%，但未纳入增值税抵扣链条，一直未能形成有效的市场需求。对于承租方而言，购进设备可以直接抵扣17%的增值税，而融资租入同样的设备，尽管最终也要形成其自身的固定资产，效果与购进的一样，却没有17%的进项抵扣，购置成本相差悬殊，当然不可能去融资租入，使得融资租赁行业本身的超低税负无法实现其价值，只是徒有虚名。一些融资租赁企业坦言，营改增后，由于企业租入设备能同样抵扣17%增值税，市场需求大大激活，全行业对纳入营改增范围已无异议，当然，也有的企业提出税负有所增加，呼吁采取相关措施，进一步促进该行业的快速发展，这无非是希望政府能再给更多的支持而已。
有一种观点认为，“营改增”打通了产业链条，扩展了企业的业务范围，这比只看到税负增加减少要有意义得多。同时，税负虽有所增加，但未必对该企业不利，他们可以往下游转嫁，这也是其他国家引入增值税或改革增值税的通行做法。对这一改革的评价，关键要看它对宏观经济的作用、对企业生产经营的总体影响，是否给企业在带来挑战的同时更带来了机遇和实惠。如果只谈税负增减，则大大低估了这一改革的真正价值。
