中国事业单位形成及演进至现状的原因极为复杂，但大体上说两个方面起了关键作用。一是基于提高政府效率和减少财政负担的目的，必须尽量减少政府机构和行政人员，但同时又必须提供不断增长和日益多样化的公共服务。这是导致中国事业单位分布广、数量多、规模大的主要原因。二是基于解决经费短缺窘况和保障既有利益的目的，必须创造性地开展业务活动，但同时又必须保持现有的体制构架。这是导致中国事业单位政事不分、事企不分、职能繁杂、行为混乱的主要原因。
从总体上看，事业单位对中国经济社会发展做出了重要贡献，尤其是在推动社会事业发展和扩大公益服务供给方面起着十分重要的作用。但也有一些事业单位，占着国家资源、受着财政支持，却没能充分有效地提供相应的服务和积极公正地履行应尽的职责，反而利用事业单位性质上非政非企又亦政亦企的模糊空间，最大限度地运用、享受着政府部门与企业两者拥有的权力和利益，又最大限度地游离于政府部门所受的行政约束和企业所承受的市场压力之外。其结果是扰乱了经济运行规则，破坏了社会资源的合理配置。许多事业单位甚至成为了腐败现象滋生的良好土壤和国有资产流失的有效渠道。
计划经济体制下，事业单位是不以营利为目的。只要完成国家赋予的某方面事业任务，所发生的相关费用由国家或主管部门全部或部分拨付，国家对事业单位的考核，主要看赋予的事业计划是否完成，拨入的各种款项是否按预算及规定的项目使用等等。国家拨付资金的目的是通过事业单位创造社会效益，不要求创造多少经济效益，不需要投资回报。但是在社会主义市场经济条件下，事业单位逐步进入市场成为大势所趋。随着改革形势的发展，国家或主管部门对绝大多数事业单位的各种资金补贴将逐渐减少直至取消，因此事业单位的管理模式、用人制度、分配制度等方面将会发生很大变化。
二、事业单位存在的税收问题分析
历史上，事业单位的主要经费来源是财政拨款，事业单位的纳税意识一直比较薄弱。同时，不少事业单位一般都掌握有或这或那的行业特权和优势，税务部门在执法过程发现问题需要处理时，往往会有很多上级部门的说情，从而出现税务部门执法不力的情况。上述原因导致事业单位存在以下几方面的税收问题。
一）、企业所得税方面。由于《事业单位财务规则》与《事业单位、社会团体、民办非企业单位企业所得税征收管理办法》中有关事业支出与纳税扣除的界定存在着较大差异，而不少财务人员不知道会计核算与税收规定存在差异时要进行纳税调整的规定，导致事业单位未按税收规定调整计算交纳企业所得税比较普遍。主要问题有：一是按照《事业单位财务规则》规定的保证事业结余不能为负数的基础上，将所有的支出都归入到应税收入支出项目中来归结利润，虚减了应纳税所得额；有的单位在计算分摊支出金额时，虚减收入总额，使分摊费用增大，人为调减应纳税所得额。二是对新购置固定资产实行核销办法，一次性在事业支出中核销，一次性在税前扣除，而不是以折旧、摊销的形式分期在税前扣除，多列成本，减少当期应纳税所得额。三是工资费用列支表面上执行国务院规定的事业单位工作人员工资制度，而实际上在事业支出中大多以补贴、奖金、加班费等形式多发工资性补助。四是业务招待费的不是以全部收入扣除免税收入后的金额作为计算业务招待费列支基数，而是以事业单位的全部收入作为计提列支的基数，提高了列支标准，减少了应纳税所得额。
二）、个人所得税方面。近年来随着国家经济的日益增长，人们生活水平的显著提高，极大地剌刺激了医疗卫生、教育培训、文化体育等事业单位的快速发展，这些部门中不少个人如医生、教师、电台和电视台的主持人等都已成为社会上的高收入阶层。但由于种种原因，这部分收入至今还没有纳入税务部门的监管重点，偷逃个人所得税严重。主要问题有：一是工资薪金未足额代扣代缴个人所得税。不少由财政发放工资的事业单位如学校，他们认为财政在发工资的时候已代扣代缴了个人所得税，而对他们自己以加班费、奖金等名义发放的属于工资薪金性质的收入就忽视了，没有并入工资计交个人所得税。二是支付外聘人员劳务报酬没有代扣代缴个人所得税。一些事业单位为了提高自己的知名度，高薪外聘一些社会知名人士，如专家学者、主持人等，在支付其劳务报酬时，没有依法代扣代缴个人所得税。
三）、营业税方面。目前有不少事业单位一方面从事着与政府部门一样的行政管理活动，一方面又从事着如企业一样的经营活动，既存在着应税收费项目，又存在着非应税收费项目，一些事业单位将应税收费收入混同在非应税收费收入中，逃避上缴国家税收。如：新闻宣传单位以协办费代替广告费收入、体育部门以训练费代替租金收入、学校以学历教育收费代替非学历教育收费等，还有的将取得的经营收入通过接受其它劳务等方式进行抵扣，抵减应税收入，如收取出租场地收入以应付劳务费来抵扣，造成出租方与承租方双方都逃漏了应纳税收。
四）、使用票据方面。事业单位使用票据既有财政部门的票据，也有税务部门监制的票据，还有使用上级部门配发的票据。许多行政事业单位票据管理使用不到位，且从财政部门取得收据较为容易，为了避免纳税，不少事业单位是尽量回避使用税务票据，从而给税务部门核查税收带来一定的困难。
三、规范事业单位税收征管的对策
事业单位，作为我国一个庞大的单位体系，随着整个事业体制改革的不断深入，事业单位的税收增长空间会很大。加快事业单位的改革，强化事业单位的税收征管，完善现行税收政策，是实现事业单位税收成为我国税收收入新的增长点的重要途径。笔者认为当前应重点做好以下几方面的工作。
一）、加快事业单位的分类改革。首先要明确市场经济条件下社会事业的合理组织方式，然后根据现有事业单位的职能特点，通过分类调整，决定其归属。对具有很强公益性，需要由政府直接承担其发展责任的事业单位，实行全额预算拨款，由财政部门管理；对承担公益性相对较弱，不宜由政府直接管理的事业单位，则转为非赢利机构，财政不再拨款，交由税务部门管理，税务部门通过实施税收优惠政策来扶持这些单位的生存和发展，以满足社会不断增长和日益多样化的公共服务的需要；对目前虽定位为事业单位，但其活动与政府职能基本无关的，可以通过直接转制为企业或与企业合并重组，进入市场成为市场主体，这部分单位交由税务部门来管理，实行的是与其他经营企业一样的税收政策，利用市场机制提高其效率并实现资源配置的优化。通过对不同类型的社会事业机构形成规范的支持方式，发挥财政与税务部门各自的监督、约束以及调整职能，才能从根本上解决事业单位的税收征管问题。
二）、强化事业单位税收征管。对纳入税务部门管理的事业单位，其取得的各项收入都要纳入税收管理的范围。要做到：第一，加大税收政策的宣传力度，提高事业单位的纳税意识。根据纳税人的不同层次和不同纳税需要，提供多种形式的纳税服务，如建立税务登记提示制度，纳税申报提示制度等，将事后处理改为事前提醒，减少纳税人的无知性不遵从。第二，取消使用财政部门的票据，规定单位取得的各项收费收入都必须使用税务部门统一印制的发票来收取，在计算应交税金时再把免税收入部分予以剔除。通过发票将收入纳入税务部门的监管范围。第三，建立多层次的监督制约机制，以切断利用权力寻租的条件和环节，保证税收行政行为的公平、公正。
三）、营业税方面。目前有不少事业单位一方面从事着与政府部门一样的行政管理活动，一方面又从事着如企业一样的经营活动，既存在着应税收费项目，又存在着非应税收费项目，一些事业单位将应税收费收入混同在非应税收费收入中，逃避上缴国家税收。如：新闻宣传单位以协办费代替广告费收入、体育部门以训练费代替租金收入、学校以学历教育收费代替非学历教育收费等，还有的将取得的经营收入通过接受其它劳务等方式进行抵扣，抵减应税收入，如收取出租场地收入以应付劳务费来抵扣，造成出租方与承租方双方都逃漏了应纳税收。
四）、使用票据方面。事业单位使用票据既有财政部门的票据，也有税务部门监制的票据，还有使用上级部门配发的票据。许多行政事业单位票据管理使用不到位，且从财政部门取得收据较为容易，为了避免纳税，不少事业单位是尽量回避使用税务票据，从而给税务部门核查税收带来一定的困难。
三、规范事业单位税收征管的对策
事业单位，作为我国一个庞大的单位体系，随着整个事业体制改革的不断深入，事业单位的税收增长空间会很大。加快事业单位的改革，强化事业单位的税收征管，完善现行税收政策，是实现事业单位税收成为我国税收收入新的增长点的重要途径。笔者认为当前应重点做好以下几方面的工作。
一）、加快事业单位的分类改革。首先要明确市场经济条件下社会事业的合理组织方式，然后根据现有事业单位的职能特点，通过分类调整，决定其归属。对具有很强公益性，需要由政府直接承担其发展责任的事业单位，实行全额预算拨款，由财政部门管理；对承担公益性相对较弱，不宜由政府直接管理的事业单位，则转为非赢利机构，财政不再拨款，交由税务部门管理，税务部门通过实施税收优惠政策来扶持这些单位的生存和发展，以满足社会不断增长和日益多样化的公共服务的需要；对目前虽定位为事业单位，但其活动与政府职能基本无关的，可以通过直接转制为企业或与企业合并重组，进入市场成为市场主体，这部分单位交由税务部门来管理，实行的是与其他经营企业一样的税收政策，利用市场机制提高其效率并实现资源配置的优化。通过对不同类型的社会事业机构形成规范的支持方式，发挥财政与税务部门各自的监督、约束以及调整职能，才能从根本上解决事业单位的税收征管问题。
二）、强化事业单位税收征管。对纳入税务部门管理的事业单位，其取得的各项收入都要纳入税收管理的范围。要做到：第一，加大税收政策的宣传力度，提高事业单位的纳税意识。根据纳税人的不同层次和不同纳税需要，提供多种形式的纳税服务，如建立税务登记提示制度，纳税申报提示制度等，将事后处理改为事前提醒，减少纳税人的无知性不遵从。第二，取消使用财政部门的票据，规定单位取得的各项收费收入都必须使用税务部门统一印制的发票来收取，在计算应交税金时再把免税收入部分予以剔除。通过发票将收入纳入税务部门的监管范围。第三，建立多层次的监督制约机制，以切断利用权力寻租的条件和环节，保证税收行政行为的公平、公正。
