（2）国税发[2008]88号文件规定“不符合规定的发票不得作为税前扣除的凭证。”只是否定了违规发票作为合法凭据的效力，但并没有排除通过其他合法有效的证据来证明课税事实确实发生的可能。在企业所得税管理中，发票所要证明的课税事实是发票所记载的某一笔交易是否真实发生，关于交易的真实性，在本案中除了发票之外，还有合同、收据、称重单等多个证据可以证明，发票只是证明成本是否发生的证据之一，但不是惟一的证据，更不能把发票本身直接当作扣除项目来理解。
2、善意取得虚开增值税发票所支付货款不予以税前扣除有违《企业所得税法》法律规定。
《企业所得税法》第八条规定：企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。《企业所得税法实施条例》第二十七条规定：企业所得税法第八条所称有关的支出，是指与取得收入直接相关的支出。所称合理的支出，是指符合生产经营活动常规，应当计入当期损益或者有关资产成本的必要和正常的支出。
从上述法律规定本身的理解及其精神看，发生的支出能够作为成本、费用扣除的关键条件是，支出必须真实、合法。但综观现行税法之规定，没有任何法律条文明确规定，将发票作为税前扣除的惟一凭证。如果根据国税发[2008]88号文件，对善意取得的增值税专用发票在计算企业所得税时不允许扣除，这种做法显然与“合理支出”、“符合生产经营活动常规”这一法律、法规的规定是不一致的。
事实上，所发生的支出是真实的、合法的，并有适当地凭据用以证明支出的真实合法性，而且被申请人对其真实合法性也已经确认，那么该项支出应根据其实际性质，进行税前扣除。
二、善意取得虚开增值税发票所支付货款不予以税前扣除与善意取得制度价值取向不符。
善意取得制度是均衡所有权人和善意受让人利益的一项制度，当所有权人与善意受让人发生权利冲突时，侧重保护善意受让人的利益，而对原所有权进行合法、合理的限制。这种牺牲原权利人利益的根本目的在于保护正常的市场交易关系，保护善意的交易相对人，以维护市场交易安全、促进社会经济秩序之稳定。因为任何善意受让人在进行市场交易时，都是基于对让与人及其所有权的无瑕疵（或权利保真）事实的一种信赖，而善意取得制度正是对这种交易信赖和交易安全的一种保护。如果法律对此信赖置之不理，则交易势必难以进行，因为由相对人去查知让与人是否为所有人、有无处分权，交易成本甚大。善意取得制度是民法的诚实信用原则与公平原则的典型体现，善意取得制度中的相对人在主观上的“善意”、无过错，客观上的稳定的财产占有关系，都是法律对相对人进行保护的价值依据。
同理，在打击利用虚开增值税专用发票违法犯罪活动的同时，也要注重保护在商品交易中对于虚开行为并不知情且无过错的善意受票人的合法权益，以维护交易的稳定性与安全性。《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开增值税税专用发票处理问题通知》（国税发[2000]187号）确立了善意取得制度，在本案已经确定受让人为善意、交易和支出是真实的情况下，还要求善意受让人补缴所得税，该做法明显对善意受票人的利益保护不足，与善意取得的制度价值不相符合，不利于维护交易秩序。
三、善意取得虚开增值税发票所支付货款不予以税前扣除有违公平原则。
首先，收票方与开票方开展正常经营活动，收票方只能判断上述文件规定的销售方使用的是否是其所在省（自治区、直辖市和计划单列市）的专用发票，专用发票注明的销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等全部内容是否与实际相符。至于专用发票是否虚开，企业没有能力核实，应该不应承担责任。
其次，责任与过错不对等，既然收票方取得虚开专用发票是善意的就应该没有过错，相应地应无需承担责任，但决定要求善意取得人不予抵扣相应的支出，实质就是要收票企业承担税款流失的全部责任。
再次，虚开增值税发票的行为人之所以能够实施骗取国家税款的行为，从客观上讲是因为增值税制度设置存在漏洞，税务稽查部门发现问题滞后、追查不力等多种原因形成的。如果进项税款已经抵扣，专用发票是经过主管税务机关验证的，事后才发现发票为虚开，那么主管的税务机关也应负相应责任。只要求收票企业全额转出对应进项税款，既不公平，也不利于税务机关监管水平的提高。
最后，就善意取得虚开的增值税发票是否可以作为企业所得税税前列支依据这一问题，国家税务总局并没有作出明确规定。江苏、浙江、北京等地国税就曾明确规定善意取得的虚开的增值税发票可以作为税前列支的依据。同样的情况各地处理不一，这样的做法有违税法的严肃性和公平性。在没有明确的法律依据及统一的处理措施下，笔者认为税务机关更应当本着有利于维护纳税人合法权益的原则进行处理。
依法治税，不仅是国家税收利益的最大化实现的保证，同时也是纳税人依法纳税，其合法权益不受侵害的保障；依法治税，不仅表明法律、行政法规规定的国家税收利益至高无上，不容侵犯，同时也肯定了国家税收利益也要合法取得而不得非法占有纳税人的财产利益。从A市国税局处理结果来看一方面弱化了纳税人的权益保护，一方面增加了税收执法风险，不利于创建和谐的征纳关系。笔者认为，在打击犯罪、保障国家税收的同时，也应注重对善意受票人合法利益的保障，以维护市场交易的安全与稳定。如果符合善意受票人的构成要件，在税务机关认定其交易是真实合法的并有相应的凭证可以证明其真实性的情况下，其交易的支出应当予以税前扣除，这样的做法才能符合善意取得制度的价值基础和法理本义。
