企业所得税法规定，通过支付现金方式取得的投资资产，以购买价款为计税基础。因此，当长期股权投资的初始投资成本，小于投资时应享受被投资单位可辨认净资产公允价值份额而计入当期损益的部分，税法不予认可，应进行纳税调减。

　　正确处理股权转让方的个人所得税
　　甲公司从熊先生处收购了某公司股权，收购价格1亿元，同时合同约定甲公司为熊先生负担股权转让所得的个人所得税。熊先生股权的投资成本为0.4亿元，甲公司据此计算熊先生应负担的个人所得税为（1-0.4）×20%=0.12亿元。甲公司将0.12亿元计入管理费用。

　　甲公司为熊先生计算的个人所得税税款是错误的。由于熊先生取得转让款为税后价，在计算应纳税额时，应将不含税价换算成含税价。换算公式为X-（X-0.4）×20%=1，求出含税转让款为1.15亿元。因此，甲公司应代扣代缴的个税为（1.15-0.4）×20%=0.15亿元。

　　企业为合同交易方负担税款能否税前扣除，税法没有明确规定，实务中多数税务机关认为，为转让方负担的税金与企业生产经营无关，不允许税前列支。甲公司将所负担的个人所得税直接列支为当期损益存在巨大税务风险。因此，涉税中介机构可以建议企业与股权转让方重新签订合同，将合同价款约定为1.15亿元，甲公司代扣代缴个人所得税0.15亿元后，将1亿元支付给熊先生。这样可以规避税收风险。

　　债务剥离式股权收购隐藏捐赠风险
　　甲公司收购李先生持有的A公司股权，A公司净资产评估价3亿元。合同约定，由甲公司支付李先生股权转让款4亿元，该款项包括甲公司支付给李先生剥离债务款项1亿元，以及向李先生支付的全部股权转让款3亿元。合同签订后，李先生代A公司偿还债务1亿元。

　　由于A公司无需再偿还1亿元的负债，因此，该款项可能被税务局认定为老股东对A公司的捐赠，而要求A公司按接受捐赠所得缴纳企业所得税。

　　涉税中介机构可建议甲公司修改与李先生的股权转让合同，将股权转让款修改为3亿元。甲公司、A公司、李先生签订三方协议，甲公司为A公司偿还1亿元债务，该债务由李先生代为履行。这样处理后，就不涉及捐赠问题。

　　无偿接受股权隐含巨大税收风险
　　甲公司无偿接收其集团母公司划转的持有A公司的100%股权，A公司账面净资产为1亿元，评估价为3亿元。

　　企业所得税法实施条例的规定，接受捐赠收入，是指企业接受的来自其他企业、组织或者个人无偿给予的货币性资产、非货币性资产。接受捐赠收入，按照实际收到捐赠资产的日期确认收入的实现。因此，甲公司应将3亿元进行纳税调增，缴纳企业所得税。

　　关联企业间的无偿划转隐含着巨大的税收风险。除了划入方要作为接受捐赠所得缴纳企业所得税，划出方还要视同销售缴纳企业所得税，另外，由于关联企业间的无偿划转不属于公益性捐赠，则划出方的视同销售成本也无法在税前扣除。因此，关联企业应避免无偿划转。

　　正确处理债转股的税务和会计差异
　　乙公司拖欠甲公司货款1亿元，2012年，甲公司将乙公司诉讼至法院，通过法庭调解，甲乙公司达成和解协议，甲公司将拥有的对乙公司的1亿元债权转成对乙公司0.9亿元的投资。

　　按税法有关规定，对于债转股业务，纳税人可以选择特殊性重组和一般性重组。如选择特殊重组，则对债务清偿和股权投资两项业务暂不确认有关债务清偿所得或损失，股权投资的计税基础以原债权的计税基础确定。企业的其他相关所得税事项保持不变。因此，如乙公司到税务机关作特殊重组备案，则甲公司0.1亿元投资损失不允许税前扣除。乙公司0.1亿元重组收益无需确认所得。同时，甲公司持有乙公司股权的计税基础为1亿元。

　　在债转股特殊性税务处理中，甲公司长期股权投资的计税基础为1亿元，而会计成本为0.9亿元，该事项将形成税会差异，由于现行的纳税申报表中无法体现甲公司持有乙公司长期股权投资的计税基础，因此中介机构应建议企业对该事项在纳税申报表后附注，以便甲公司未来转让乙公司股权时，能正确计算股权转让所得。