按个人所得税法规定，个人转让股权取得的所得，按“财产转让所得”缴纳个人所得税。实务中，当自然人支付对价从原自然人股东购买被投资单位股权时，通常是按合同约定，取得被投资单位实收资本的份额计算出资额。随着被投资单位组织形式变化，如从有限公司转变为股份有限公司，涉及被投资单位净资产折合股份业务，包括用盈余积累转增资本交易，会涉及个人持有股权份额。在被投资单位发生重组业务时，自然人股东将转让持有被投资单位股份。在这种多环节股权变化中，怎样确定自然人转让股权的计税成本？本文通过案例分析。
甲科技有限公司（甲公司）成立于2006年10月。2014年8月，经股东会决议，将注册资本由原人民币600万元，增加至人民币1600万元。
2014年9月，为适应“新三板”上市需要，经股东会决议，其中B自然人股东以100万元价格，从原自然人股东A取得甲公司1.08%的股权，占注册资本金额=1600×1.08%=17.28（万元）。会计处理：
借：实收资本——A股东 17.28
贷：实收资本——B股东 17.28
2014年10月末，甲公司实收资本1600万元，资本公积95万元，盈余公积37.50万元，未分配利润337.50万元，合计2070万元。
2014年11月，经全体发起人签署《甲科技股份有限公司（筹）发起人协议》及拟设立股份公司章程的规定，注册资本由人民币1600万元，增加至人民币1900万元，其中用盈余公积、未分配利润转增资本300万元，并依法代扣个人所得税。折合股份总数1900万股。
B股东转增资本会计处理如下：
按B股东持有甲公司实收资本1.08%的份额，用盈余公积、未分配利润转增资本，甲公司代扣个人所得税=（37.50 337.50）×1.08%×20%=0.81（万元）。会计处理：
借：盈余公积 0.405 （37.50×1.08%）
利润分配 3.645 （337.50×1.08%）
贷：实收资本 3.24
应交税费 0.81
转增资本后，B股东持有甲公司股份数量=17.28 3.24=1900×1.08%=20.52（万股）。
2015年4月，甲公司股票在全国股份转让系统公开转让。
2016年6月，甲公司与国内乙上市公司签订股份转让协议。甲公司部分股东以其持有的股份转让给乙公司，转让股份总数5692716股，每股转让价格16元，合计9108.35万元。其中B股东转让股份68400股，转让价格=68400×16=109.44（万元）。甲公司对B股东转让股份的账务处理：
借：股本——B股东 6.84
贷：股本——乙公司 6.84
假设不考虑B股东取得股权、转让股份交易中应交的印花税和手续费。B股东自行计算应缴纳个人所得税=(1094400-68400×1)×20%=20.52（万元）。
审计人员认为，B股东计算的应缴纳个人所得税不正确。其政策依据是《国家税务总局关于发布股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》的公告》（国家税务总局公告2014年第67号）。文件第十五条第（一）款和第（四）款规定，以现金出资方式取得的股权，按照实际支付的价款与取得股权直接相关的合理税费之和确认原值。被投资企业以资本公积、盈余公积、未分配利润转增股本，个人股东已依法缴纳个人所得税的，以转增额和相关税费之和确认其新转增股本的股权原值。文件第十八条规定，对个人多次取得同一被投资企业股权的，转让部分股权时，采用“加权平均法”确定其股权原值。
B股东以100万元价格从原股东A取得1.08%的股权，其计税成本1000000元，相对应份额=1600×1.08%=172800（股）。
通过盈余积累转增资本，B股东取得股份的计税成本=4050 36450=40500（元），相对应股份数量=300万×1.08%=32400（股）。
B股东持有股份计税成本总额=1000000 40500=1040500（元）。
B股东在转让前实际持有甲公司股份数量=172800 32400=205200（股）。
每股计税成本=1040500÷205200=5.07（元）。
本次转让股份数量68400股，计税成本=68400×5.07=346788（元）。
综上所述，B股东本次转让股份应缴纳个人所得税=（股权转让收入-股权原值-合理费用）×20%=（1094400-346788）×20%=747612×20%=149522.40（元）。
B股东以后再转让该股份的每股计税成本仍为5.07元。
