根据国家的有关规定，《细则》第五条明确水利建设基金的征收期从2011年1月1日至2020年12月31日，而《细则》第三十三条明确《细则》的总体实施时间是从《细则》发文之日起施行。涉及到2011年1月1日至发文之日的水利建设基金应依法补征。
二、关于国税部门和财政部驻广西财政监察专员办的代征范围划分问题
《细则》第八条第(四)项明确缴纳增值税的企业、事业单位和个体工商户，其缴纳的水利建设基金由国税部门代为征收。《细则》第八条第(七)项规定驻桂中央国有企事业单位缴纳的水利建设基金集中到其驻广西主管部门统一申报，由财政部驻广西财政监察专员办事处(下称“专员办”)代为征收。为了避免重复征收，拟请专员办定期核实，并向税务部门提供驻桂中央国有企事业单位名单，以便税务部门开展代征工作。
三、关于水利建设基金征收时限的掌握问题
《细则》第七条第(一)、(二)项以及第九条第(一)项明确按增值税、营业税期限征收的水利建设基金的标准为按当年销售收入、营业收入或当年业务收入的千分之一。为方便执行，水利建设基金的征收期限可根据营业税、增值税的征收时限确定，即水利建设基金与营业税、增值税随征。
四、关于缴纳营业税纳税人的水利建设基金的征收部门问题
《细则》第八条第(五)项规定：“缴纳营业税的非银行金融机构、旅游、交通运输、建筑安装、文化体育、娱乐、饮食和其他服务等行业的企业和个体工商户，其缴纳的水利建设基金，由地税部门负责代征”。不论《细则》列举的行业是否与《中华人民共和国营业税暂行条例》规定的税目一致，凡是缴纳营业税的企业和达到营业税起征点的个体工商户，都要按照规定缴纳水利建设基金，并统一由地税部门代征。
五、关于农村个体工商户和城镇个体工商户的征收划分问题
《细则》第七条规定：对达起征点的农村个体工商户按每户每年50元征收；对达起征点的城镇个体工商户每户每年100元征收。鉴于目前地税部门税务登记是按单位纳税人、个体经营、临时等类型进行登记，无法区分农村和城镇个体工商户。为了便于地税部门开展具体的征收工作，可按城市维护建设税的征收标准以区分认定农村或城镇个体工商户，即按增值税、消费税、营业税(以下简称“三税”)税额1%缴纳城市维护建设税的纳税人认定为农村个体工商户，按“三税”税额5%和7%缴纳城市维护建设税的纳税人认定为城镇个体工商户。
六、关于既缴纳增值税又缴纳营业税的个体工商户如何征收水利建设基金问题
(一)关于征收部门问题。
细则第八条第(六)项明确规定，“既缴纳增值税又缴纳营业税的企业和个体工商户，其缴纳的水利建设基金，分别由国税部门和地税部门负责按照缴纳增值税、营业税的生产经营收入计算并代为征收”。为了简化操作，提高效率，对于既缴纳增值税又缴纳营业税的个体工商户，统一由国税部门负责征收。
(二)关于征收标准问题。
按照细则第七条第(六)项规定执行，即对达到税收起征点的农村个体工商户按每户每年50元征收；达到税收起征点的城镇个体工商户按每户每年100元征收。
七、关于水利建设基金滞纳金的收取问题
对于纳税人不缴或少缴的水利建设基金，《细则》第二十八条明确规定，“征收机关有权追缴其少缴或不缴的部分”。但根据有关法律规定，征收机关不能对纳税人不缴或少缴的水利建设基金收取滞纳金。
八、关于加强水利基金的征收管理问题
根据《细则》的规定，水利建设基金的征收机关为财政部门。地税部门、国税部门和专员办作为代征机关，应当依照《细则》第二十八条、第二十九条等规定，认真总结过去在征收“防洪保安费”中取得的经验，采取切实可行的措施，加强水利基金的征收管理。
九、关于代征过程中出现“多征”收入的处理问题
《细则》第三十条规定，对违反规定多征水利建设基金的单位和责任人应按规定追究责任。在代征过程中，税务机关应当严格核实纳税人的申报情况，依法征收水利基金。对于纳税人计算错误、笔误等非主观故意的造成多征的收入，应按照有关规定，及时办理更正或退库手续。
十、关于银行和保险公司中间业务收入的处理问题
按《细则》规定，银行(含信用社)、保险公司的中间业务收入属于营业税征收范围，可参照《细则》第七条规定，按其中间业务收入的0.6‰收取水利建设基金。对于保险公司免税的保费收入部分，按照过去“防洪保安费”的做法，免征水利建设基金。
十一、关于国家专项储备资金形成的收入处理问题
对于国家专项储备资金形成的收入以及中储粮等单位轮库的粮食等拍卖收入，是国家政策性物资储备收入。对这部分收入，凡国家明文规定不缴纳流转税的，不征收水利建设基金。
十二、关于小额收入的征收期限问题
对于月发生额较小的单位，其水利建设基金的征收期限可由代征部门根据不同情况，灵活确定。
十三、关于系统内部不同企业的水利基金的征收问题
部分企业和部门提出，对同一系统内部的产供销业务，如中石油等在广西境内业务是否可按增值部分征收水利建设基金？根据《细则》规定，我区征收企业的水利建设基金的课费对象为销售收入或营业收入，没有采取按收入增值部分征收水利建设基金的办法。对同一系统内部的不同企业，只要这些企业为独立核算的法人，承担独立的纳税义务，即符合水利建设基金的征收条件，应当认定为水利建设基金的征收主体，应按照《细则》规定的标准征收水利建设基金。
十四、关于代征水利建设基金的技术保障问题
征收水利建设基金是一项涉及面广、政策性强、业务量大的工作，需要较高的技术保障。自治区财政厅将组织有关部门对征收过程中存在的技术难题及时进行研究，采取可行措施，建立完善税库银联网系统，做好相关的技术保障，以减轻代征工作的难度，切实提高水利建设基金的征收效率。
十五、关于水利建设基金征收的组织实施问题
虽然我区“防洪保安费”的征收已有十多年的历史，现行的水利建设基金是防洪保安费的延续。但由于水利建设基金的征收涉及广大缴费人的切身利益，仍然需要广大缴费人的理解、支持和配合。自治区水利建设基金征收工作领导小组将建立部门工作联系机制，采取各种可行的措施，加强政策宣传和发动，及时研究解决征收过程中出现的问题，组织、指导和协调好水利建设基金的征收管理工作。
相关法规——广西壮族自治区国家税务局关于代征水利建设基金的通知
