主管税务机关核对时，对企业研发项目有异议的，应按照《试行办法》第十三条规定，要求企业提供政府科技部门的鉴定意见书，同时，将该项目的信息上报市局。

企业在办理企业所得税汇算清缴时，应按《情况表》的项目分类，将实际发生的《试行办法》第四条规定的研发费用金额，填入《企业所得税年度纳税申报表》附表五(1)《研发项目可加计扣除研究开发费情况归集表》中，并计算加计扣除金额。

二、本市企业集团集中进行的研发项目，由企业集团报送《情况表》其主管税务机关予以受理，并按规定对项目属性和项目实际发生的研发费用分摊方法进行复核，最终将复核结果告知本市参与项目研发集团各成员公司的主管税务机关。

《试行办法》第十九条规定的税企双方对企业集团集中研究开发费的分摊方法和金额有争议的，如企业集团各成员公司皆在本市的，由本市相关主管税务机关报市局协调解决，税企双方按照市国家税务局、市地方税务局的意见扣除实际分摊的研究开发费；如企业集团成员公司分设在不同省、自治区、直辖市和计划单列市的，由本市相关主管税务机关报市局转呈国家税务总局研究解决，税企双方按照国家税务总局的最终意见扣除实际分摊的研究开发费。

四、除实行总机构汇总纳税办法的企业和上年度应纳税所得额小于零或享受整体减免税的企业外，对上年度按照《试行办法》规定，实际享受企业研发费加计扣除优惠政策的居民企业，根据《国家税务总局关于加强企业所得税预缴工作的通知》（国税函[2009]34号）规定，按实际利润额预缴当年企业所得税确有困难的，经税务机关审核批准，可按上年度应纳税所得额的季度平均额预缴当年企业所得税。企业可在每年的3月10日之前，向其主管税务机关提出书面申请，并填报申请表（附后）。预缴方式一经确定，一个纳税年度内不得变更。

五、各主管税务机关应做好企业研发费加计扣除税收优惠政策的宣传、辅导、提供咨询等服务工作，在服务大厅电子显示屏、电子触摸屏和网站公示相关政策和操作规程。

六、各主管税务机关应按照《试行办法》和本市实施意见组织全面落实。每月终了后十日内，向市局报送研发项目资料汇总表；每年6月底前，向市局报送企业研发项目加计扣除情况汇总表、《关于企业研发费税前扣除有关事宜的通知》回复情况表和政策执行情况的书面报告。市局将加强对各单位落实政策情况进行跟踪检查和考核。

附件:
1.《上海市企业研发项目情况表》（自主开发类）；
2.《上海市企业研发项目情况表》（委托开发类）；
3.《上海市企业研发项目情况表》（合作开发类）；
4.《上海市企业研发项目情况表》（集中开发类）；
5.《按上年度应纳税所得额季度平均额预缴企业所得税申请表》