假设2017年度甲企业全部应纳税所得额1000万元，甲企业总分机构应纳税额计算如下（假设不考虑已预缴税款）：
①分支机构A分摊比例=（400／1000）×0.35 （100／250）×0.35 （1000／3000）×0.30=38%；
分支机构B分摊比例=（600／1000）×0.35 （150／250）×0.35 （2000／3000）×0.30=62%；
②总机构应纳税所得额=1000×50%=500万元；
分支机构A应纳税所得额=1000×50%×38%=190万元；
分支机构B应纳税所得额=1000×50%×62%=310万元。
③总机构应纳所得税额=500×25%=125万元，其中：
分支机构A应纳所得税额=190×15%=28.5万元；
分支机构B应纳所得税额=310×25%=77.5万元；
合计应纳所得税=125 28.5 77.5=231万元。
④再分配：
总机构应纳所得税额=231×50%=115.5万元；
分支机构A应纳所得税额=231×50%×38%=43.89万元；
分支机构B应纳所得税额=231×50%×62%=71.61万元。
（三）税款预缴
汇总纳税企业根据当期实际利润额，按照上述分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税预缴额，分别由总机构和分支机构就地预缴；在规定期限内按实际利润额预缴有困难的，也可以按照上一年度应纳税所得额的1/12或1/4，按照上述分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税预缴额，分别由总机构和分支机构就地预缴。预缴方法一经确定，当年度不得变更。
（四）汇总清算
汇总纳税企业应当自年度终了之日起5个月内，由总机构汇总计算企业年度应纳所得税额，扣除总机构和各分支机构已预缴的税款，计算出应缴应退税款，按照上述分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税应缴应退税款，分别由总机构和分支机构就地办理税款缴库或退库。
汇总纳税企业如果存在境外所得需要补缴企业所得税的，境外所得补缴的所得税直接在总机构缴纳，不参与分摊计算。
（五）资产损失申报扣除
汇总纳税企业发生的资产损失，应按以下规定申报扣除：
1.总机构及二级分支机构发生的资产损失，除应按专项申报和清单申报的有关规定各自向所在地主管税务机关申报外，二级分支机构还应同时上报总机构；三级及以下分支机构发生的资产损失不需向所在地主管税务机关申报，应并入二级分支机构，由二级分支机构统一申报。
2.总机构对各分支机构上报的资产损失，除税务机关另有规定外，应以清单申报的形式向所在地主管税务机关申报。
3.总机构将分支机构所属资产捆绑打包转让所发生的资产损失，由总机构向所在地主管税务机关专项申报。
（六）跨地区建筑项目部
建筑企业总机构直接管理的跨地区设立的项目部，应按项目实际经营收入的0.2%按月或按季由总机构向项目所在地预分企业所得税，并由项目部向所在地主管税务机关预缴。
二、申报表填报要点
汇总纳税企业预缴申报时，总机构报送企业所得税预缴申报表、企业当期财务报表、汇总纳税企业分支机构所得税分配表和各分支机构上一年度的年度财务报表（或年度财务状况和营业收支情况）；分支机构报送企业所得税预缴申报表（填列第30行“分支机构分摊所得税额”、第32行“分支机构--分配比例”、第33行“分支机构--分配所得税额”），经总机构所在地主管税务机关受理的汇总纳税企业分支机构所得税分配表。
汇算清缴时，总机构报送企业所得税年度纳税申报表、年度财务报表、汇总纳税企业分支机构所得税分配表、各分支机构的年度财务报表、各分支机构参与企业年度纳税调整情况的说明；分支机构报送企业所得税预缴申报表（进行年度申报）、经总机构所在地主管税务机关受理的汇总纳税企业分支机构所得税分配表、分支机构的年度财务报表（或年度财务状况和营业收支情况）、分支机构参与企业年度纳税调整情况的说明。
在年度汇算清缴时，总机构主要关注A109000《跨地区经营汇总纳税企业年度分摊企业所得税明细表》、A109010《企业所得税汇总纳税分支机构所得税分配表》，关注以下行次：
1.A109010表“总机构分摊所得税额”：对于跨省（自治区、直辖市、计划单列市）经营汇总纳税企业，填报企业本年应补（退）所得税额×25%后的金额；对于同一省（自治区、直辖市、计划单列市）内跨地区经营汇总纳税企业，填报企业本年应补（退）所得税额×规定比例后的金额。
2.A109010表“总机构财政集中分配所得税额”：对于跨省（自治区、直辖市、计划单列市）经营汇总纳税企业，填报企业本年应补（退）所得税额×25%后的金额；对于同一省（自治区、直辖市、计划单列市）内跨地区经营汇总纳税企业，填报企业本年应补（退）所得税额×规定比例后的金额。
3.A109010表“分支机构分摊所得税额”：对于跨省（自治区、直辖市、计划单列市）经营汇总纳税企业，填报企业本年应补（退）的所得税额×50%后的金额；对于同一省（自治区、直辖市、计划单列市）内跨地区经营汇总纳税企业，填报企业本年应补（退）所得税额×规定比例后的金额。
三、示例
甲企业在异地省份设有分支机构B，总机构、分支机构B企业所得税税率均为25%，甲企业生产经营职能的部门的营业收入、职工薪酬和资产总额与管理职能部门分开核算，可视为一个独立的二级分支机构（以下称总机构主体生产经营部门），甲公司2017年度经纳税调整后应纳税所得额为3000万元，经计算，总机构主体生产经营部门分配比例为45%，分支机构B分配比例为55%。已知，总机构2017年度已分摊预缴企业所得税391.5万元（含总机构主体生产经营部门121.5万元），分支机构B已分摊预缴企业所得税148.5万元。假设甲企业2017年度无境外所得，总分机构应纳税额计算及申报表填报如下：
（一）计算过程
1.甲企业汇总纳税应纳所得税额=3000×25%=750万元；
2.甲企业应补缴企业所得税额=750-270-121.5-148.5=210万元。
3.总机构分摊所得税额＝210×25%=52.5万元；
总机构财政集中分配所得税额＝210×25%=52.5万元；
4.分支机构分摊所得税额＝210×50%=105万元，其中：
总机构主体生产经营部门分摊所得税额＝105×45%=47.25万元；
分支机构B分摊所得税额＝105×55%=57.75万元。
5.总机构本年应补（退）所得税额=总机构应分摊所得税 总机构财政集中分摊所得税 总机构主体生产经营部门分摊所得税=52.5 52.5 47.25=152.25万元。
（二）申报表填报
A109000表
A109010表
