由于这一政策本身的原因，导致一些地方的普通住宅和非普通住宅认定难，进行土地增值税清算很难操作。即使是地税机关严格执行土地增值税的预征管理，先预征税款，但相当一部分房地产开发项目在最终决算时，增值额占扣除项目金额的比例不超过20%，那么地税机关面临先预征后退税的尴尬境地。另外，土地增值税预征率太低。陕西省现行政策规定，对位于县城地域的普通住宅按0.5%预征土地增值税，非普通住宅按1%预征，营业性用房、别墅、写字楼按2%预征，与房地产开发商应该承担的税负相差太大。
针对土地增值税管理中存在的问题，笔者建议完善土地增值税政策。对普通住宅的认定标准进行修改，将普通住宅认定标准“住宅小区建筑容积率在1.0以上，单套建筑面积在144平方米以下，实际成交价格低于同级别土地上住房平均交易价格1.44倍以下”，修改为“住宅小区建筑容积率在1.0以上，单套建筑面积在144平方米以下，实际成交价格比同级别土地上同期同类住房交易市场价格低20%以上”。
提高土地增值税的预征率。建议由各省、市地税机关在调查测算的基础上，统一并且提高土地增值税预征率，做到一个市或一个省对土地增值税预征率的统一。全省或全市对房地产不同项目类型，确定不同的预征率，可对普通住宅项目执行2%的预征率，对非普通住宅项目可执行4%的预征率，对别墅、写字楼、商业用房项目可执行6%的预征率。
改变现行土地增值税先预征后清算的管理方式，实行定率征收。笔者建议，在现行土地增值税政策暂不能修改完善的情况下，由各省、市地税机关，改变现行的土地增值税“先预征后清算”的管理方式。根据目前房地产市场行情，调查测算出不同类型的房地产开发项目应承担的土地增值税税负水平，按照房地产企业的预（销）售收入，对土地增值税实行定率征收，一次征收到位，不再进行土地增值税清算。此举既操作简单，又便于管理，土地增值税也能征收到位。依据笔者的初步测算结果，建议对多层（8层以下）商品住宅（不再认定普通住宅和非普通住宅）执行5%的土地增值税征收率，对高层（含小高层、高层）商品住宅（不再认定普通住宅和非普通住宅）执行10%的土地增值税征收率，对别墅、写字楼、营业性用房执行20%的土地增值税征收率。
