公告适用的主体和所得类型
16号公告明确，该公告只适用于在港、澳受雇或在内地与港、澳间双重受雇的港澳税收居民。因此，在适用主体上，需要把握两个要点：一是该公告只适用于港、澳税收居民。根据《国家税务总局关于〈内地和香港特别行政区关于对所得避免双重征税和防止偷漏税的安排〉有关条文解释和执行问题的通知》（国税函〔2007〕403号），临时工作或居住于香港的个人虽然构成了香港的税收居民，但并不能享受两地《内地和香港特别行政区关于对所得避免双重征税和防止偷漏税的安排》及16号公告的优惠政策。二是该公告只适用于在港、澳受雇或在港、澳和内地双重受雇的情况，不适用于仅在内地任职受雇的港、澳税收居民。仅在内地任职受雇的港、澳税收居民仍应按原规定执行。
在适用的所得类型上，16号公告仅适用于税收安排的“受雇所得”，也就是内地个人所得税法通常所称的“工资、薪金所得”。
对工资、薪金所得的计税方法
（一）“境内实际停留天数”的含义。
16号公告列出的两个公式，（一）港澳税收居民在内地从事相关活动取得所得，应仅就归属于内地工作期间的所得，在内地缴纳个人所得税。计算公式为：应纳税额=（当期境内外工资薪金应纳税所得额×适用税率-速算扣除数）×当期境内实际停留天数÷当期公历天数。（二）港澳税收居民在内地从事相关活动取得所得，根据《安排》受雇所得条款第二款的规定，可就符合条件部分在内地免予征税；内地征税部分的计算公式为：应纳税额=（当期境内外工资薪金应纳税所得额×适用税率-速算扣除数）×（当期境内实际停留天数÷当期公历天数）×（当期境内支付工资÷当期境内外支付工资总额）。
这两个公式与此前《国家税务总局关于在中国境内无住所的个人执行税收协定和个人所得税法若干问题的通知》（国税发〔2004〕97号）相关的两个公式最大差异在于：16号公告将国税发〔2004〕97号文件公式中的分子由“境内工作天数”修改为“境内实际停留天数”。之所以如此，是因为内地采用“境内工作天数”、香港采用“境内实际停留天数”来划分应在本地缴纳的税额，而二者计算口径的差异，是导致跨境受雇所得双重征税的主要根源。
在计算16号公告中的“境内实际停留天数”时，需要注意两点：一是对港、澳税收居民入境、离境、往返或多次往返境内外的当日，应按照半天计算境内实际停留天数。这一计算口径与《国家税务总局关于在中国境内无住所的个人计算缴纳个人所得税若干具体问题的通知》（国税函发〔1995〕125号）对“境内工作天数”的计算口径是一致的。二是境内实际停留天数的计算不考虑港、澳税收居民在内地的停留目的，只关注其在内地的实际停留时间。因此，即便港澳税收居民在内地停留仅仅是为了休闲娱乐，而非工作，也要将其计入境内实际停留天数。
（二）公式的适用条件。
如前所述，16号公告列出的两个公式，分别适用于在任何12个月内在内地停留连续或累计超过183天但不满1年的港、澳税收居民和在内地停留连续或累计不足183天的港、澳税收居民。对于在境内停留超过1年但不满5年的港、澳税收居民，则不能适用16号公告的公式，而应适用国税发〔2004〕97号文件第三条第三款公式，即：应纳税额=（当月境内外工资薪金应纳税所得额×适用税率-速算扣除数）×（1-当月境外支付工资÷当月境内外支付工资总额×当月境外工作天数÷当月天数）。
值得一提的是：这里的“183天”是内地个人所得税法的“居住天数”概念，而非16号公告的“境内实际停留天数”概念，更不是国税函发〔1995〕125号文件的“境内工作天数”概念。在计算无住所个人在境内居住是否超过183天时，对其入境、离境、往返或多次往返的当日，均按一天计算。
跨期奖金的计税方法
16号公告出台之前，内地对无住所个人的奖金征税遵循两个原则：一是按照劳务发生地划分所得的原则；二是按照工作月份数确定纳税义务的原则。这有可能造成对跨期奖金的重复征税。例如：一位受雇于香港公司的雇员，同时在一家设于内地的代表处担任首席代表，假设他每月有4天（即一年共计48个工作日）在香港工作并取得年度奖金共计人民币60万元。在16号公告出台前，该雇员的跨期奖金可能会被双重征税。
为了解决这一问题，16号公告把对港澳税收居民的跨期奖金由原来的“先分后税”修改为“先税后分”，并允许对跨期奖金按照境内外的实际停留天数划分，从而达到消除重复征税的目的。具体而言，可分为以下几种情形。
（一）全年一次性奖金的计税方法。
对港、澳税收居民取得全年一次性奖金，应单独作为一个月工资、薪金所得，按照《国家税务总局关于调整个人取得全年一次性奖金等计算征收个人所得税方法问题的通知》（国税发〔2005〕9号），确定适用税率和速算扣除数，计算出全部所得的个人所得税额。根据港、澳税收居民在有关纳税年度开始或终了的任何12个月中在内地停留连续或累计是否超过183天，选择16号公告第一条规定的适用公式计算个人所得税应纳税额。
（二）除全年一次性奖金以外其他名目奖金的计税方法。
1.港、澳税收居民取得除全年一次性奖金以外的其他各种名目奖金，如半年奖、季度奖、加班奖、先进奖、考勤奖等，如果该个人在我国境内具有纳税义务并且当月在我国工作时间满一个月，一律与当月工资、薪金收入合并，按税法规定缴纳个人所得税。
2.港、澳税收居民取得除全年一次性奖金以外的其他各种名目奖金，如果该个人当月在我国境内没有纳税义务，或者该个人由于出入境原因导致当月在我国工作时间不满一个月的，可将奖金单独作为一个月的工资、薪金所得计算纳税，对上述奖金不再减除费用，全额作为应纳税所得额直接按适用税率计算应纳税款，但根据16号公告，可以按境内实际停留天数进行划分计算。
享受16号公告优惠的管理程序
港澳税收居民在每次按16号公告规定享受《税收安排》相关待遇时，应该按照《非居民享受税收协定待遇管理办法（试行）》（国税发〔2009〕124号）的有关规定，向主管税务机关备案。备案的重要资料之一就是税收居民身份证明。为简化内地与香港纳税人享受安排待遇的手续，根据《国家税务总局关于〈非居民享受税收协定待遇管理办法〉（试行）有关问题的补充通知》（国税函〔2010〕290号），对于香港特区个人，主管税务机关可以查阅其持有的身份证件、回乡证和派出公司、企业或香港特区政府有关部门开具的证明进行判断；确实无法判断的，主管税务机关应开具《关于请香港特别行政区税务主管当局出具居民身份证明的函》，由纳税人据此向香港特区政府税务局申请开具香港特区负有居民纳税义务证明，或将情况报送税务总局审定。澳门特区个人身份证明的判定可参照上述规定处理。
执行时间
16号公告适用于自2012年6月1日起取得的工资、薪金所得，即以个人实际取得所得的时间为准，不以所得所属期为准。
