这里存在3种情况：
 （一）应允许调增的应纳税所得额弥补该亏损后，仍然存在可弥补亏损，不存在补税问题，但应调减可弥补亏损额。例如，假设上述企业2009年度的纳税申报表中，企业自己申报的是亏损200万元，2010年应纳税所得50万元，弥补以前年度亏损50万元，累计可结转以后年度弥补的亏损额150万元。2012年经税务稽查应调增2011年度应纳税所得100万元。经调整后结转以后年度的弥补的亏损额50万元，该企业就不存在补税处理的问题。

 （二）应允许调增的应纳税所得额弥补该亏损后，有盈余的，还应就调整后的应纳税所得按适用税率补缴企业所得税。例如，假设企业2009年度的纳税申报表中，企业自己申报的是亏损100万元，2009年应纳税所得50万元，弥补以前年度亏损50万元，累计可结转以后年度弥补的亏损额50万元。2012年经税务稽查应调增2011年度应纳税所得100万元。经调整后发生盈余50万元，这50万元应按适用税率补税。

 （三）查增的所得额不允许向后弥补。假如上述企业2012年亏损40万元，2011年查增的所得额弥补以前年度亏损后尚余50万元，不得用于弥补2012年的亏损，即税务机关检查增加的应纳税所得额不得弥补检查所属年度以后年度的亏损。

   第20号公告第一条规定对检查调增的应纳税所得额应根据其情节，依照税收征管法有关规定进行处理或处罚。但对于具体应该如何处罚，第20号公告没有明确。对于企业故意虚报亏损，税收征管法第六十三条、第六十四条涉及相关规定，具体如何处罚，要看纳税人违反税法的行为和当地税务机关的意见，纳税人切不可掉以轻心。

   另外，还要提醒纳税人，查补收入可以作为计提业务招待费、广告费和业务宣传费的基数。例如，某企业2011年纳税申报营业收入为1500万元，当年发生广告费240万元，广告宣传费扣除比例为15%，当年广告和业务宣传费应调增应纳税所得额15万元（240-1500×15%）。2012年7月税务机关稽查时发现，该企业2011年自产货物用于职工福利，且未作收入处理，少计销售收入800万元，少计成本500万元，因此该项视同销售应调增应纳税所得额300万元（800-500）。该公司查补的收入可以作为计提业务招待费、广告费和业务宣传费的基数，因此该公司2011年计提业务招待费、广告费和业务宣传费基数为2300万元（1500 800），可计提广告和业务宣传费2300×15%=345（万元），即2011年企业发生的240万元的广告和业务宣传费全部可在税前扣除。该公司2011年应调增应纳税所得额285万元（300-15）。