为促进我国信息技术产业发展，财政部、国家税务总局曾发布《关于进一步鼓励软件产业和集成电路产业发展企业所得税政策的通知》（财税〔2012〕27号）。为进一步完善激励措施，明确政策导向，国家税务总局发布《关于执行软件企业所得税优惠政策有关问题的公告》（国家税务总局公告2013年第43号），对财税〔2012〕27号文件中的未尽事宜作了进一步明确。
　　
　　一、所得税实行核定征收方式的软件企业相关问题。　　
　　1、实行核定征收方式的软件企业不得享受所得税优惠政策。根据《企业所得税核定征收办法》（国税发〔2008〕30号）规定，特定纳税人不适用核定征收办法。《关于企业所得税核定征收若干问题的通知》（国税函〔2009〕377号）进一步明确，这里的“特定纳税人”包括享受税法及其实施条例和国务院规定的一项或几项企业所得税优惠政策的企业。因此，实行核定征收方式的软件企业不得享受财税〔2012〕27号文件规定的所得税优惠政策。
　　
　　2、软件企业获利年度，包括实行核定征收方式年度。这一规定主要是针对所得税征收方式从核定征收转为查账征收的企业。核定征收所得税包括核定应税所得率和核定应纳所得税额两种方法，无论按照哪种方法，实行核定征收方式的企业一定会有应纳税所得额。也就是说，尽管软件企业在核定征收年度不能享受软件企业所得税优惠政策，但在税法上核定征收年度仍应作为获利年度。
　　
　　二、关于软件企业收入总额的确定。　　
　　根据财税〔2012〕27号文件规定，软件企业享受所得税优惠政策的的条件之一，就是软件产品开发销售（营业）收入占企业收入总额的比例一般不低于50%（嵌入式软件产品和信息系统集成产品开发销售（营业）收入占企业收入总额的比例不低于40%），其中软件产品自主开发销售（营业）收入占企业收入总额的比例一般不低于40%（嵌入式软件产品和信息系统集成产品开发销售（营业）收入占企业收入总额的比例不低于30%）。43公告明确，软件企业的收入总额，是指《企业所得税法》第六条规定的收入总额，即包括销售货物收入、提供劳务收入、转让财产收入、股息、红利等权益性投资收益、利息收入、租金收入、特许权使用费收入、接受捐赠收入、其他收入。
　　

　　三、关于软件企业获利年度的确定。
　　根据财税〔2012〕27号文件规定，符合本通知规定须经认定后享受税收优惠的企业，如果在获利年度次年的企业所得税汇算清缴之前取得相关认定资质，该企业可从获利年度起享受相应的定期减免税优惠；如果在获利年度次年的企业所得税汇算清缴之后取得相关认定资质，该企业应在取得相关认定资质起，就其从获利年度起计算的优惠期的剩余年限享受相应的定期减免优惠。财税〔2012〕27号文件第十四条规定，本通知所称获利年度，是指该企业当年应纳税所得额大于零的纳税年度。国家税务总局2013年第43公告继续明确了这一问题，同时强调软件企业享受定期减免税优惠的期限应当连续计算，不得因中间发生亏损或其他原因而间断。
　　
　　四、关于软件企业研发费用的口径。
　　根据财税〔2012〕27号文件规定，可以享受所得税优惠政策的软件企业，当年度研发费用总额占企业销售（营业）收入总额的比例不低于6%；其中，企业在中国境内发生的研究开发费用金额占研究开发费用总额的比例不低于60%。税法上，企业研发费用在不同情况下的口径并不一致。财税〔2012〕27号文件曾规定，本通知所称研究开发费用政策口径按照《国家税务总局关于印发〈企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）〉的通知》（国税发〔2008〕116号）规定执行，不同于关于高新技术企业认定的《高新技术企业认定管理工作指引》（国科发火〔2008〕362号）中研究开发费用的口径。国家税务总局公告2013年第43号继续明确了这一问题，但同时又强调“除国家另有政策规定外”。如国税发〔2008〕116号文件和国科发火〔2008〕362号文件的研发费均不包括企业为研发人员缴纳的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费和住房公积金等“五险一金”，而根据《关于中关村、东湖、张江国家自主创新示范区和合芜蚌自主创新综合试验区有关研究开发费用加计扣除试点政策的通知》（财税〔2013〕13号）规定，试点地区内企业依照国务院有关主管部门或者其所在省级人民政府规定的范围和标准为在职直接从事研发活动人员缴纳的“五险一金”，也计入企业研发费。
　　
　　五、2010年12月31日以前依法在中国境内成立但尚未认定的软件企业享受优惠政策问题。　　
　　根据财税〔2012〕27号文件第二十一条规定，2010年12月31日前依照《关于企业所得税若干优惠政策的通知》（财税〔2008〕1号）第一条规定，经认定并可享受原定期减免税优惠的企业，可在本通知施行后继续享受到期满为止。国家税务总局公告2013年第43号明确，2010年12月31日以前依法在中国境内成立但尚未认定的软件企业，仍按照财税〔2008〕1号文件第一条的规定以及《软件企业认定标准及管理办法》（信部联产〔2000〕968号）规定的认定条件，办理相关手续，并继续享受到期满为止。对于已经获得软件企业认定的企业，只要进入获利年度，当然更可以享受定期减免税优惠至期满为止了。文件同时规定，这类企业在优惠期间内，亦按照信部联产〔2000〕968号文件的认定条件进行年审。这也是为什么工业和信息化部会同财政部、国家税务总局等部门联合发布《软件企业认定管理办法》（工信部联软〔2013〕64号）后，并未废止信部联产〔2000〕968号文件的原因。