对小企业的判定标准不同
按照企业所得税法实施条例及相关税收文件规定，小型微利企业必须是从事国家非限制和禁止行业，具备建账核算应纳税所得额条件，并且要求年度应纳税所得额、从业人数、资产总额等三个指标符合下列条件的企业：工业企业，年度应纳税所得额不超过30万元，从业人数不超过100人，资产总额不超过3000万元；其他企业，年度应纳税所得额不超过30万元，从业人数不超过80人，资产总额不超过1000万元。
而小企业会计准则适用范围的小型、微型企业，是指除股票或债券在市场上公开交易、金融机构或其他具有金融性质、企业集团内的母公司和子公司三类小企业外，应按中小企业划型标准规定（工信部联企业〔2011〕300号）的标准划分。中小企业划型标准规定分别对16个行业按照企业人员、营业收入、资产总额等指标确定了小型、微型企业。以工业企业为例，从业人员300人以下、20人及以上，营业收入2000万元以下、300万元及以上的为小型企业；从业人员20人以下或营业收入300万元以下的为微型企业。
对投资资产的确认和计量不同
企业所得税法实施条例按照投资的性质将投资资产分为权益性投资和债权性投资两类，不考虑投资企业持有期限的长短。而小企业会计准则则根据投资的持有期限将投资分为短期投资和长期投资，小企业购入的能随时变现并且持有时间不准备超过1年（含1年，下同）的投资称为短期投资；将小企业准备长期持有（超过一年）的投资称为长期投资，长期投资根据性质又分为长期债券投资和长期股权投资。
对于企业取得投资资产的计税基础，企业所得税法实施条例规定，企业通过支付现金方式取得的投资资产，以购买价款为成本；通过支付现金以外的方式取得的投资资产，以该资产的公允价值和支付的相关税费为成本。而小企业会计准则对于短期投资和长期债券投资、长期股权投资初始成本的计量是一致的，均规定以支付现金取得的投资，应当按照购买价款和相关税费作为成本进行计量。实际支付价款中包含的已宣告但尚未发放的现金股利或已到付息期但尚未领取的债券利息，应当单独确认为应收股利或应收利息，不计入短期投资的成本。由此差异造成的以后会计期间收到这部分内含的现金股利（债券利息）时，企业所得税和小企业会计准则的处理也有所不同。按企业所得税的规定应计入投资收益，小企业会计准则则要冲减应收股利或应收利息。另外，由于计税基础和初始成本存在的内含股利（利息）数额的区别，小企业以后处置这部分投资资产时，按税法计算的投资所得和按小企业会计准则计算的投资收益也会不同。
对借款利息的处理不同
企业所得税法实施条例规定，企业在生产经营活动中发生的合理的不需要资本化的借款费用，准予扣除。包括：非金融企业向金融企业借款的利息支出、金融企业的各项存款利息支出和同业拆借利息支出、企业经批准发行债券的利息支出；非金融企业向非金融企业借款的利息支出，不超过按照金融企业同期同类贷款利率计算数额的部分。而小企业会计准则中的借款利息费用（减利息收入）是小企业为筹集生产经营所需资金发生的筹资费用，除为购置、建造固定资产、无形资产和经过12个月以上的建造才能达到预定可销售状态的存货发生借款的，在有关资产购置、竣工决算前发生的合理的借款费用，应当作为资本性支出计入有关资产的成本外，应当在发生时按照其发生额计入当期损益。由此可见，小企业之间的借款利息费用，超过按照金融企业同期同类贷款利率计算数额的部分，在进行企业所得税汇算清缴时，对于计入费用或有关资产成本中的部分要作纳税调整。
对工资薪酬支出的职工界定不同
企业所得税法实施条例及其相关文件中确认的允许税前扣除的工资、薪金，是指企业发生的合理的与员工任职或者受雇有关的工资、薪金支出，领受工资、薪金的员工强调的是与任职或受雇有关。而小企业会计准则中应付职工薪酬，是指小企业为获得职工提供的服务而应付给职工的各种形式的报酬以及其他相关支出，强调的是为小企业提供服务。小企业会计准则中职工的范围更加宽泛，包括：
①与企业订立劳动合同的所有人员，含全职、兼职和临时职工；
②未与企业订立劳动合同，但由企业正式任命的人员，如董事会成员、监事会成员等；
③在企业的计划和控制下，虽未与企业订立劳动合同或未由其正式任命，但为其提供与职工类似服务的人员。
可见，为以上第三类人员支付的报酬在企业所得税法中不属于职工薪酬，应属于相关人员为企业提供劳务服务而支付的劳务费。在企业所得税汇算清缴时要凭合法的支付凭证才能税前扣除。
对在建工程的试运行收入处理等存在差异
对在建工程的试运行收入，小企业会计准则规定，小企业在建工程在试运转过程中形成的产品、副产品或试车收入冲减在建工程成本，不确认营业收入。企业所得税法是根据企业以货币形式和非货币形式从各种来源取得的收入为收入总额，计算缴纳企业所得税。
此外，小企业在收到与资产相关的政府补助、收到用于补偿小企业以后期间相关费用或亏损的其他政府补助时，企业所得税法要求在收到政府补助时一次性计入当期收入或者在符合条件的情况下作为不征税收入。而小企业会计准则要求确认为递延收益，在相关资产的使用寿命内平均分配或在确认相关费用或发生亏损的期间计入营业外收入，从而导致小企业会计与税法存在差异。
原有会计制度中存在的永久性差异项目依然存在
永久性差异项目按照小企业会计准则的规定，在小企业计算本年利润时都要作为成本费用抵减收入；但根据企业所得税法的规定均不予税前扣除，在企业所得税汇算清缴时要作相应的纳税调整。具体包括：企业发生的不合理的工资、薪金支出；超过当年工资、薪金总额14%的职工福利费、2%的工会经费、2.5%的教育经费；企业发生的与生产经营活动有关的业务招待费支出，按照发生额的60%扣除，但最高不得超过当年销售（营业）收入的5‰；企业发生的在年度利润总额12%以上部分的公益性捐赠支出；税收滞纳金；罚金、罚款和被没收财物的损失；赞助支出；与经营活动无关的固定资产折旧、无形资产摊销；房屋、建筑物以外未投入使用的固定资产计提的折旧费用等。
