房地产企业通过政府工程取得的土地，土地成本如何扣除？此种方式类似于非货币性交换取得资产的计税基础确定，以换出资产的计税基础及税费作为换入资产的计税基础。
一些地方土地增值税清算政策明确可以扣除，应适用于企业所得税税前扣除。

湖北省地方税务局关于房地产开发企业土地增值税清算工作若干政策问题的通知（鄂地税发[2008]211号） 
四、关于成本费用扣除的问题
（一）与本开发项目有直接关联的额外补偿费用，并能充分证明此额外补偿费用属实的，可据实扣除。
（二）对房地产开发企业以修路方式取得土地使用权的，且在同一合同或补充协议中明确了的，可将修筑道路的成本作为土地使用权的购置成本或开发成本进行扣除。
（三）开发企业在拆迁过程中，与被拆迁居民（村民）等自然人签订补偿协议，且有相关证据表明企业已实际支付的补偿费，可据实扣除。
（四）对房地产开发企业缴纳的各项政府性行政规费和基金，可视同税金予以扣除。

土地增值税征管和政策问题解答（南京地税）
16、房地产开发企业按“以地补路”的方式取得土地，但是该单位支付修路款时，取得的是政府部门财政收据，支付修路款是否可以作为取得土地使用权支付的金额？
答：房地产开发企业房地产开发项目的立项文件中或政府的其他文件中包含“以地补路”方式取得土地的内容，如果道路是由其他单位施工的，并且财政部门或其他部门以代付了修路费用，向代付单位支付的修路费取得的是财政收据，可经审核确认后作为取得土地使用权支付的金额；如果道路是由该房地产开发公司直接施工，支付的修路费取得的是财政收据，则不能作为取得土地使用权支付的金额。

17、[z1]、对于以地补路（工程）的项目，其修路成本和承担工程的成本，能否看作是其取得土地的成本？
答：土地增值税暂行条例实施细则（财法字（1995）6号）第七条第一款规定：取得土地使用权所支付的金额，是指纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用。考虑到一些房地产开发项目尽管看似无偿取得了土地，实际上取得的土地是承担了修建道路和政府工程成本而获得的补偿，房地产开发公司可以修建道路和政府工程成本作为取得土地所支付的金额，但是应当核实所发生修建道路和政府工程成本的真实性，并有相关的政府文件或者合同（协议）为依据。