在跨省异地工程作业中，针对工程人员的个人所得税的征税权，企业所在地税务机关和工程作业所在地税务机关存在冲突。工程作业所在地税务机关认为跨省异地作业的工程人员个人所得税应当由企业代扣代缴后在作业发生地缴纳，企业所在地税务机关则认为被管理企业的全部代扣代缴个人所得税都应当回到所在地缴纳。
　　
　　为解决这一矛盾，国家税务总局出台过《建筑安装业个人所得税征收管理暂行办法》（国税发〔1996〕127号）。根据该办法第11条规定；“在异地从事建筑安装业工程作业的单位，应在工程作业所在地扣缴个人所得税。但所得在单位所在地分配，并能向主管税务机关（指工程作业所在地税务机关）提供完整、准确的会计账簿和核算凭证的，经主管税务机关核准后，可回单位所在地扣缴个人所得税”。这一条的模糊态度实际上无助于解决两地税务机关的冲突，由于企业所在地税务机关对企业的管控能力更强，可以利用第11条规定要求企业回到注册地扣缴个人所得税，而工程作业所在地税务机关不愿放弃征税权，实践中经常导致双重征税或两地税务机关通过谈判协商解决冲突，造成了纳税人的额外负担和征税成本增加。
　　
　　针对这一瑕疵，新出台的《国家税务总局关于建筑安装业跨省异地工程作业人员个人所得税征收管理问题的公告》（国家税务总局公告2015年第52号）废止了《国家税务总局关于印发<建筑安装业个人所得税征收管理暂行办法>的通知》（国税发〔1996〕127号）文件第11条，明确跨省异地作业工程人员的个人所得税应当由承包企业或劳务派遣公司在工程作业所在地税务机关入库。
　　
　　但是52号公告仍然存在一个不足之处，容易造成税收实践与税收规范脱节：该公告排除了扣缴义务人所在地税务机关的征税权，但是该公告没有相应明确应当由哪个税务机关对扣缴义务人进行后续管理，因此国税发〔1996〕127号文件中未由52号公告废止的第15条仍然适用。根据该条规定，两地税务机关都有权对建筑安装业单位和个人依法进行税收检查，并有权依法处理其违反税收规定的行为。但一方已经处理的，另一方不得重复处理。这就意味着两地税务机关对扣缴义务人进行后续管理的权限上仍然存在交叉。扣缴义务人所在地税务机关在对跨省异地作业工程人员个人所得税没有征税权的情况下，仍然有权对扣缴义务人的全部涉税事宜进行检查并作出补缴税款、滞纳金的处理。这种做法有损工程作业所在地税务机关的征税权。
　　
　　例如，A省甲企业到B省承包工程作业但未依法代扣代缴个人所得税，A省税务机关对甲企业进行了检查并作出了补缴税款和滞纳金的决定，要求甲企业按照税务处理决定在A省入库税款。由于国税发〔1996〕127号文件规定B省税务机关不得重复处理，因此B省税务机关无法实现其征税权。
　　
　　解决这一矛盾的办法是，要么规定涉及情况的检查由工程作业所在地税务机关专门负责，要么规定企业所在地税务机关虽然有权检查，但是对发现涉及跨省异地作业工程人员代扣代缴个人所得税的应补缴税款和滞纳金应决定向工程所在地税务机关缴纳。52号公告的此项未尽事宜尚待国家税务总局在日后进一步明确。