就该公司的情况而言，如果不将折扣和房价款开具在同一张发票上，显然要按照60万元全额缴纳营业税。由于该企业开具发票的目的在于套取银行按揭贷款，回笼资金，尽管可以按照折扣后净额缴纳营业税，但是往往不能做到将折扣和房价款开具在同一张发票上。因此，虚增收入12万元存在多缴纳营业税金及附加12×5.6%=0.67万元的可能。

企业所得税处理
《国家税务总局关于确认企业所得税收入若干问题的通知》（国税函[2008]875号）规定：企业为促进商品销售而在商品价格上给予的价格扣除属于商业折扣，商品销售涉及商业折扣的，应当按照扣除商业折扣后的金额确定销售商品收入金额。债权人为鼓励债务人在规定的期限内付款而向债务人提供的债务扣除属于现金折扣，销售商品涉及现金折扣的，应当按扣除现金折扣前的金额确定销售商品收入金额，现金折扣在实际发生时作为财务费用扣除。企业因售出商品的质量不合格等原因而在售价上给的减让属于销售折让；企业因售出商品质量、品种不符合要求等原因而发生的退货属于销售退回。企业已经确认销售收入的售出商品发生销售折让和销售退回，应当在发生当期冲减当期销售商品收入。

根据以上规定，企业给予客户的20%折扣既不属于商业折扣，也不属于销售折让，可以推理为提前承诺给客户的一种现金折扣，现金折扣按照以上规定不能直接冲减销售收入，而是计入财务费用处理，所以企业所得税确认收入60万元，财务费用12万元，看似对于应纳税所得额没有影响。但也不保证这种财务费用完全能获得主管税务机关认可在税前扣除。另外，即便该公司可以将折扣额和房价款开具在同一张发票上，企业所得税收入也仍然要按照60万元计算。

会计处理为：
①收取首付款
借：现金 6
财务费用 12
贷：预收账款 18。

②收取按揭款：
借：银行存款 42
贷：预收账款 42。

③结转收入：
借：预收账款 60
贷：营业收入 60。

土地增值税处理
根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函[2010]220号）规定，土地增值税清算时，已全额开具商品房销售发票的，按照发票所载金额确认收入；未开具发票或未全额开具发票的，以交易双方签订的销售合同所载的售房金额及其他收益确认收入。对于该公司来说，如果折扣额开具发票，则以发票金额48万元确认收入，否则以60万元确认收入，但是计入财务费用的折扣就不能进行抵减了。但实际上以实际销售价格48万元计算确认收入的可能性小。以60万元计算，按照最低土地增值税税率计算，要多缴纳土地增值税12×（1-5.6%）×30%=3.40万元。

分析：
A房地产开发企业48万元的商品房，尽管采取提高售价办法为客户办理了按揭套贷，自己及时获得了资金。但也同时损失了税收利益，不考虑企业所得税，仅营业税金及附加和土地增值税就要多缴纳0.67+3.4=4.07万元。企业48万元的商品房按60万元出售，实际收益只有60-12-4.07=43.93万元。开发项目的利润无形之中就这么蒸发了。另一方面，对于购房人来说，虽然没有多支付房款，但办理房屋产权手续，也要按照60万元来计算缴纳契税、维修基金、印花税、交易费等，实际也等于多了一项开支。看来，商品房是降价促销还是找“点子”促销既有风险也有利益要考虑。