二、关于土地增值税清算单位的确定
土地增值税清算以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为清算单位，原则上以《建设工程规划许可证》为依据确认清算单位。如果企业的分期与《建设工程规划许可证》不一致的，以企业的分期项目为清算单位。

清算单位应按照普通标准住宅、非普通标准住宅、非住宅类型分类，实行查账清算或核定征收清算土地增值税。

三、关于地下车库（位）清算处理
对房地产开发企业建造的可售地下车库（位），已取得房产证和土地使用证的，按照非住宅类型房地产清算。

对房地产开发企业利用地下建筑和按政府规定建造的地下人防工程改造的不可售地下车库（位），建成后产权属于全体业主所有或无偿移交给政府的（以产权转移登记、公证部门公证或在房地产项目显著位置公告并被全体业主知晓为判断依据），其成本、费用可以扣除。

对房地产开发企业转让不可售地下车库（位）的，不征收土地增值税，同时相应的成本费用也不予扣除。

四、关于土地成本计算分摊方法
对于成片受让土地使用权后，分期分批开发、转让房地产的，分期开发项目占该成片受让土地总占地面积的比例计算分摊取得土地使用权所支付的金额和土地征用及拆迁补偿费(以下简称“土地成本”)。同一项目中建造不同类型房地产开发产品的，按不同类型房地产开发产品的建筑面积占该项目总建筑面积的比例计算分摊土地成本。但对占地相对独立的不同类型房地产，应按该类型房地产占地面积占该项目房地产总占地面积的比例计算分摊土地成本。

五、关于住宅与商业用房的成本扣除

单栋建筑物既有住宅又有商业用房的，商业用房的建筑安装工程费可以按照层高系数予以调整。

商业用房层高系数=商业用房平均层高/住宅平均层高

六、关于建安成本未取得发票的处理
房地产开发企业在申报期内未能取得建筑业发票或施工单位建筑业完税凭证的，主管地税机关可责令限期内提供合法有效凭证，对限期内仍然不能提供合法有效凭证的，主管地税机关可采取核定征收清算土地增值税。

七、关于开发间接费用
开发间接费用，是指直接组织、管理开发项目发生的费用，包括工资、职工福利费、折旧费、修理费、办公费、水电费、劳动保护费、周转房摊销、工程监理费、安全监督费等。

相关政策——
内蒙古自治区地方税务局公告2014年第7号内蒙古自治区地方税务局关于进一步明确房地产企业销售商品房缴纳土地使用税截止时间的公告 

相关法规——
国务院令1993年第138号中华人民共和国土地增值税暂行条例
财法字[1995]6号中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则
财税字[1995]48号财政部国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知
财税[2006]21号财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知
国税发[2009]31号国家税务总局关于印发《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》的通知
国税发[2009]91号国家税务总局关于印发〈土地增值税清算规程〉的通知