股权转让个人所得税的特点是：课税对象的非劳性，即股权转让所得是转让方基于自身持有的代表资产价值的股权增值获得的收益，是一种消极的非勤劳所得；税源产生的长期性，即为了分享被投资企业的发展利益，投资人通常会将股权持有几年甚至更长的时间；税额的不可预期性，即股权作为生产要素，纳税人多为长期持有，是否转让以及何时转让难以预测，其转让具有不规律性和偶然性；增值收益的隐蔽性，即由于现行公司法对股权转让的生效采取登记对抗主义，即股权转让合同生效，双方当事人完成股权转让交易后即发生股权转让的法律效果，是否到工商管理部门办理股权变更登记并不影响当事人之间股权转让的效力，只是不能对抗善意第三人。因此，股权转让的双方当事人即便发生了股权转让行为，如果不到工商部门办理变更登记，第三人便无从知晓，更谈不上掌握转让方是否有所得以及所得额的多少。

正因为如此，股权转让个人所得税征管面临多重困境：
一是纳税义务发生时间规定模糊。根据《国家税务总局关于加强股权转让所得征收个人所得税管理的通知》（国税函[2009]285号）规定，股权转让所得个人所得税的纳税义务发生时间，应该是股权交易各方签订股权转让协议并完成股权转让交易以后至企业变更股权登记之前，但何谓“完成股权转让交易”并无解释。实践中，有的税务机关仍以发生股权变动的企业办理工商变更登记为标准判断纳税义务的发生；有的税务机关则将股权交易双方在转让协议中约定的收款日期，作为纳税义务发生时间。采取分期付款方式取得股权的，又有两种处理方法，一种是以最后一次收款的日期，作为纳税义务发生时间。另一种则是按照每次收款的日期分期确认所得，计算应纳税额。

二是股权转让税收前置立法缺位。国税函[2009]285号文件的创新之处在于明确将办理股权转让个人所得税完税、免税或不征税手续作为工商变更登记的前置程序。但是，实际工作中工商行政管理部门在办理股权变更登记时却并不以办理上述涉税手续为前置条件。《中华人民共和国立法法》第七十二条规定：“涉及两个以上国务院部门职权范围的事项，应当提请国务院制定行政法规或者由国务院有关部门联合制定规章。”因此，仅由国家税务总局单方公布一个涉及工商部门职权范围的税收规范性文件对工商行政管理部门不具有约束力。

三是虚假合同鉴别难。股权转让个人所得税以转让收入扣除初始投资成本和相关税费后的余额为应纳税所得额，收入和成本的高低直接决定纳税人纳税的多少。相对于成本而言，股权转让收入更具有主观性和隐蔽性，因此在股权转让过程中，转让双方通常会签订两份价格不同的合同，一份记载真实的交易价格双方留存，另外一份则专门用于应对税务机关。合同中的转让价格与真实交易金额相差巨大，征纳双方信息的不对称造成税务机关对这类虚假合同的控管力度极为有限。

针对这些问题，笔者提出完善股权转让个人所得税征管的几点建议：
一是从便于征管的角度合理确定纳税义务发生时间。根据合同法相关原理，笔者认为“完成股权转让交易”是指股权转让的双方当事人均完全地履行了合同项下的义务并取得了相应的权利，即转让方以股权换取了价款，受让方支付价款获得了股权。棘手的是自然人股东所得的实现具有相当程度的隐蔽性。必须寻求一个具有外观可知性和合法性的时间点作为股权转让个人所得税纳税义务发生时间，方便税务机关据此征税。

根据公司法相关规定，有限责任公司的股东转让股权后，公司应当注销原股东的出资证明书，向新股东签发出资证明书，并相应修改公司章程和股东名册中有关股东及其出资额的记载。记载于股东名册的股东，可以依股东名册主张行使股东权利。可见，新股东支付对价，完成对公司的实际出资后，事实上已经取得了股东资格，但其要获得受法律保护的股东权还需要被记入公司的股东名册。基于上述分析，笔者认为可将股东名册是否变更作为确定有限责任公司自然人股东股权转让的纳税义务发生时间。这不仅合乎法律的规定而且操作性较强，能够对怠于股权变更登记的纳税人开展有效控管，同时可大大降低执法风险。同理，对于股份有限公司记名股票的转让也可依此标准判断。而对于股份有限公司中的无记名股票转让，因公司法采取交付生效主义，故对于此类股权转让纳税义务发生时间应认定为交付股票并实现所得的时间为宜。

二是完善股权转让税收前置立法。建议由国家税务总局和国家工商行政管理总局联合制定规章或提请国务院制定行政法规，将办理完税、免税或不征税手续作为股权变更登记的前置条件。这样股权的受让方要获得对抗第三人的权利，势必要催促转让方办理相关涉税手续或代为办理个人所得税扣缴申报，可从源头上对股权转让加强控管。

三是提高纳税人的违法成本。应引入股权转让诚信管理机制。通过全程监控投资者的股权变动，对其“申报价格明显偏低”等各类交易情况进行记录并据此设定相应的诚信等级，在其日后的转让或股息分配过程中，根据诚信等级对该纳税人采取差别化的管理措施。同时，应建立健全依法纳税评价机制，加大处罚力度，严厉打击偷逃抗骗税行为。

后续文件—
国家税务总局公告2010年第27号 国家税务总局关于股权转让所得个人所得税计税依据核定问题的公告 
国家税务总局公告2011年第41号国家税务总局关于个人终止投资经营收回款项征收个人所得税问题的公告