实行查账征收的个人独资企业和合伙企业投资者应纳的个人所得税税款，按年计算，分月或者分季预缴，年终汇算清缴。投资者应在每月或者每季度终了后7日内向企业实际经营管理所在地主管税务机关申报缴纳个人所得税；投资者兴办两个或两个以上企业的，应分别向企业实际经营管理所在地主管税务机关预缴税款。

实行查账征收的个人独资企业的投资者和合伙企业的每一个合伙人，都应当按照个体工商户的生产、经营所得应税项目，适用5%～35%的超额累进税率，计算缴纳个人所得税。纳税年度中间预缴个人所得税的计算，分以下两种情况分别处理：
（1）个人独资企业的投资者以全部生产经营所得为应纳税所得额，比照个人所得税法的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5%～35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。
应纳税所得额=收入总额－成本、费用及损失
应纳税额=应纳税所得额×税率－速算扣除数

（2）合伙企业的投资者按照合伙企业的全部生产经营所得和合伙协议约定的分配比例确定每一个投资者的应纳税所得额（没有约定分配比例的，以全部应纳税所得额和合伙人数平均计算每个投资者的应纳税所得额），据此计算每个投资者应承担的应纳税所得额。比照个人所得税法的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5%～35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。
应纳税所得额=（收入总额－成本、费用及损失）×分配比例
应纳税额=应纳税所得额×税率－速算扣除数   

个体工商户生产经营所得税率是按年计征的，那么，要将计算出的所得额换算成年所得，然后计算年应纳税额，然后再换算预缴税款。
假如全年经营，第一个月计算出的所得额是1，那么换算成全年所得为12，按12寻找税率。假如计算出的年应纳税额为A，那么应当预缴个人所得税为：A/12。
然后第二个月末计算出1-2月的所得额是3，那么换算成全年所得为18，按18寻找税率。假如计算出的年应纳税额为B，那么应当预缴个人所得税为：B/6-A/12
然后第三个月末你计算出的1-3月的所额是5，那么换算成全年所得为20，按20寻找税率，假如计算出的年应纳税额为C，那么你应当预缴个人所得税为C/4-B/6-A/12

以此类推。

计算每一笔税款，和当期所得、全年换算所得、全年换算税款、当期应纳税款、已预缴税款都有关系，年终多退少补。

举例：张三和王五二人成立A合伙企业，并约定合张三、王五分别按60%、40%的比例分配合伙企业的全部生产经营所得。2012年实现利润情况见下表。
A合伙企业2012年实现利润情况表