在税务稽查前，检查人员告知并引导纳税人可以侧重对用于免税项目的购进货物或者应税劳务的进项税额从销项税额中抵扣的问题进行自查。按照《山东省国家税务局关于引导纳税人自查自纠优化稽查执法服务的意见》的规定，检查人员向企业送达了《纳税人自查自纠告知书》，通知其自收到告知书之日起3日内，严格按照税收政策的有关规定，对2006～2009年间用于免税项目的购进货物或者应税劳务的进项税额抵扣销项税额的情况进行自查。自查结束后，应在3日内向当地国家税务局报送自查报告和《纳税人自查报告表》。对自查发现存在问题的，应及时报送上述问题的账簿、会计凭证和其他有关资料的复印件。经该公司自查，2007年8月至2009年2月用于免税项目（进料加工深加工结转、来料加工）的购进货物或者应税劳务的进项税额200余万元抵扣了销项税额。企业将上述事项详细列表，并分类汇总，向当地国家税务局提交《自查报告》，并认真填写了《自查自纠报告表》。
（二）梳理资料，确定疑点
检查人员向该企业送达了《税务检查通知书》，结合企业自行提供的自查自纠材料对其用于免税项目（进料加工深加工结转以及来料加工）的进项税额进行重点检查。
该集团有限责任公司前身系某集团股份有限公司，企业规模较大，人员变动频繁，要深入了解企业的真实生产经营情况，难度较大。企业销售额大，产量大，原材料采购业务频繁，涉及材料类型多，生产环节及工艺流程较为复杂，取证工作量大。检查时采取顺查法，对该企业每本记账凭证中的每笔业务逐一核实，并且对业务所附的原始单据进行逐笔检查分析。对应进项税额转出的项目、金额、数量重点核实，看是否足额转出，是否存在应转出未转出情形。通过与企业负责人、财务人员约谈，查阅相关账簿凭证和申报表等资料，实地检查厂房车间，对企业提交的报告和统计表呈现的数据逐项核实。其中2007年8月免税货物不得抵扣的增值税进项税额为1524.78元，2008年3月为67.14万元，2008年4月为66.32万元，2008年5月为40.62万元，2008年2月为26.15万元。合计200.39万元。鉴于涉案税额较大，已提请区局重大案件审理委员会审理。
三、案件处理情况
根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第一条、第十条第三项的相关规定，以及根据《财政部国家税务总局关于增值税若干政策的通知》（财税[2005]165号）第四条规定：纳税人兼营免税项目或非应税项目（不包括固定资产在建工程）无法准确划分不得抵扣的进项税额部分，按下列公式计算不得抵扣的进项税额，即：
不得抵扣的进项税额=(当月全部进项税额—当月可准确划分用于应税项目、负税项目及非应税项目的进项税额)×当月免税项目销售额、非应税项目营业额合计÷当月全部销售额、营业额合计 当月可准确划分用于免税项目和非应税项目的进项税额
根据《中华人民共和国税收征收管理法》第三十二条规定：纳税人未按照规定期限缴纳税款的，扣缴义务人未按照规定期限解缴税款的，税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收万分之五的滞纳金。该公司应补缴增值税200.39万元，从税款滞纳之日起按日加收万分之五的滞纳金。
四、案件启示
（一）要厘清企业经营行为，确定适用的税收政策
进料加工贸易、来料加工贸易及进料加工深加工结转贸易是三种不同的出口贸易方式，税务部门应认真区分其特点，准确适用相关税收政策。目前，企业利用来料加工和进料加工深加工结转贸易购进货物抵扣进项税款，从而达到少缴税款的目的，这是企业逃避缴纳税款的较为隐蔽的方式之一。材料统一入账，鱼目混珠，给检查人员在检查中造成一定的难度。这就要求检查人员在查账过程中，应对原始凭证进行检查核对，不能只看账簿或报表，要从原始凭证中找线索。不能因为数据多而嫌麻烦，检查人员应具备职业敏锐性和强烈的责任心，才能坚守住税收征管的最后一道防线。
（二）检查预案能切实提高稽查效能
税务稽查要打有准备之仗。做好查前分析，制定好检查预案，才能有的放矢，提高稽查效果。在实施检查中，要深入了解企业的生产经营方式、范围，企业的现状，用科学有效的方法、手段去开展检查。同时，抓住线索就要追到底，把问题查全、查深、查透、查实。检查人员必须在检查工作中，认真结合企业税务登记信息、纳税申报数据以及日常调查了解到的有关内容进行细微的查前论证分析。同时，要强化对纳税人财务会计资料、纳税申报资料与实际经营情况三者之间的对比分析，注意找出其中的异常情况，以明确检查目标，实施重点检查。不能只注重对税负偏低纳税人的检查，对一些税负正常或较高的纳税人也应给以注意，避免形成检查误区。
（三）“征、管、查”联动才能从根本上堵塞税收漏洞
要从根本上堵塞税收漏洞，须加大税源监控力度，实行税源精细化管理，切实掌握企业生产经营的真实情况，及时进行纳税评估，以便发现和处理异常情况。在日常税收管理工作中，应加大对免税企业管理力度，对申报的进项税额应该从严把关，避免出现税收征管漏洞。应建立合理、有效、有序的信息移送或共享制度，强化责任，使“征、管、查”工作既相互独立，又紧密配合，相互促进，真正达到以查促管的目的。
