经上述会计处理后的此笔业务应纳税所得额：5000-3000-150 150=2000万元。
如果不对直接减免的营业税款作政府补助收入处理，则只需做（1）、（2）项会计分录，应纳税所得额依然为2000万元。
例2：B种子批零有限公司12月份购入种子100万公斤，价款100万元，取得增值税专用发票，进项税额13万元。当月批发销售种子50万公斤，开具普通发票60万元。
根据《财政部国家税务总局关于若干农业生产资料征免增值税政策的通知》（财税〔2001〕113号）文件第一条规定：“批发和零售的种子、种苗、化肥、农药、农机免征增值税。”
如果不对直接减免的增值税销项税额作会计处理，则会计处理如下：
（1）借：库存商品113万元
贷：银行存款113万元
（2）借：银行存款60万元
贷：主营业务收入60万元
（3）借：主营业务成本56.5万
贷：库存商品56.5万元
则此笔业务应纳税所得额：60-56.5=3.5万元。
而根据财税〔2008〕151号文件要求将直接减免的增值税作为应征企业所得税收入处理，则相应会计处理如下：
（1）借：库存商品100万元
借：应交税费-应交增值税（进项税额）13万元
贷：银行存款113万元
（2）借：银行存款60万元
贷：主营业务收入53.1万元（60／1.17）
贷：应交税费-应交增值税（销项税额）6.9万元
（3）借：应交税费-应交增值税（销项税额）6.9万元
贷：营业外收入-政府补助6.9万元
因为50万公斤种子作了免税处理，所以相应进项税额予以转出
（4）借：库存商品6.5万元
贷：应交税费-应交增值税（进项税额转出）6.5万元（13/2）
结转种子销售成本
（5）借：主营业务成本53.25万元
贷：库存商品53.25万元（106.5/2）
则此笔业务应纳税所得额：53.1 6.9-53.25=6.75万元。
为什么会出现两种会计处理方式造成应纳税所得额不同？其重要原因就是还有50万公斤种子尚未销售，相应的增值税进项税金6.5万元没有转入库存商品。
再假设次月剩余50万公斤种子以60万元价格全部销售完毕，不对直接减免增值税做会计处理，
（1）借：银行存款60万
贷：主营业务收入60万
（2）借：主营业务成本56.5万
贷:库存商品56.5万
应纳税所得额依然是3.5万元，连同上年12月份实现的所得额合计为7万元。
假设次月销售时会计处理体现直接减免的增值税金。
（1）借：银行存款60万元
贷：主营业务收入53.1万元（60／1.17）
贷：应交税费-应交增值税（销项税额）6.9万元
（2）借：应交税费-应交增值税（销项税额）6.9万元
贷：营业外收入-政府补助6.9万元
（3）借：库存商品6.5万元
贷：应交税费-应交增值税（进项税额转出）6.5万元（13/2）
（4）借：主营业务成本59.75万元
贷：库存商品59.75万元（53.25 6.5）
应纳税所得额:53.1 6.9-59.75=0.25万元,连同上年12月份实现的所得额合计7万元。
综上所述，之所以要对直接减免的增值税作出会计处理，就是因为增值税与其他税种不同，其进项税金的考虑将直接影响企业所得税应纳税所得额的正确确定。
