从以上数据来看，该公司收入增长均高于成本、费用增长，利润总额也实现了增长，且增幅大于收入增幅。因此，通过成本费用测算并未发现异常。由于烟草工业企业财务核算体系庞大，要进行全面、整体评估时间长、成本大。而且评估人员了解到该公司收入增长的原因主要是调整了产品结构，生产高价高档次的卷烟，加上计划产量有所增长；利润增长原因是收入增长、同时该公司还有效控制了成本和费用。但对这种重点税源企业更需要加强管理、服务，因此评估人员选择专项评估，重点评估其应税收入核算、成本费用的列支是否符合规定。

3.税务约谈
在掌握了企业众多生产经营信息及相关资料的基础上，纳税评估人员制作了约谈提纲，按照约谈提纲，与企业的法人代表、生产经营负责人及财务人员进行了约谈。与企业约谈后，评估人员分析，虽然其解释具有一定合理性，但理由并不充公，疑点仍然不能排除，决定进行实地核查。

4.实地核查
（1）应税收入的核查
主要核实该公司的材料物资等科目，判断是否存在视同销售行为、处理边角料未计收入、取得补贴收入未计收入等问题。
①发现该公司存在转让低值易耗品、取得废料收入未作销售处理的问题，账务处理是仍挂在“营业外收入”、“其他应收款”科目。
②该公司收到XX卷烟厂通过国家烟草总局转移支付的亏损补贴收入，增加资本公积，未作收入申报纳税。

（2）成本的核查
通过调阅该公司生产成本、销售成本明细账，抽查一个月有关成本结转的原始凭证，并注意“暂估材料”子科目的账务资料。发现问题有：
①该公司已领用合作生产的外购烟叶及辅料，并已计入当年生产成本，但未取得合法发票，不能作为销售成本在税前扣除。
②该公司已领用暂估材料生产卷烟，金额11307658.37元，但该暂估材料未取得合法发票，不能作为销售成本在税前扣除。
③该公司结算生产成本时，有部分烟叶仍按计划成本计算，没有按实际成本进行调整，少调减生产成本。
④该公司烟叶发生霉变损失在计算生产成本核算时未将该损失扣除，造成多列成本，应调增应纳税所得额。

（3）期间费用的核查
从成本费用模型的数据来看，管理费用的增长相对较大，于是查阅了该公司的管理费用明细账，对不合常规的摘要内容、数字较大的项目重点审核。
①该公司“管理费用”下设有一子科目为“出国经费”，翻阅原始凭证，发现该笔费用属于其他单位的费用，使用中国烟草总公司的收款收据入账。凭证反映为：
借： 管理费用——出国经费                          583270.60
贷：其他应收款——单位——系统外单位               583270.60
该笔费用不得在税前扣除，应调增应纳税所得额。

②从资产负债表看，累计折旧额数字较大，占固定资产原值的比例为78.32%；查看该公司固定资产明细账，对转出的固定资产进行核实，是否存在多提折旧的问题。问题如下：
·该公司列支已出售给职工的住宅提取的折旧1034600元，向主管税务机关申报企业所得税时未按规定做纳税调整，应调增应纳税所得额。
·该公司列支属于以前年度的折旧78452.30元，向主管税务机关申报企业所得税时未按规定做纳入调整，应调增应纳税所得额。
·该公司多计提房屋、建筑物以外未使用、不需用以及封存的固定资产折旧96330.74元，向主管税务机关申报企业所得税时未按规定做纳税调整，应调增应纳税所得额。
·12月列支应属于次年才能计提的折旧5793.12元，申诉企业所得税时未按规定做纳税调整，应调增应纳税所得额。

③通常大企业为美化环境，都重视绿化，该公司的绿化也是较好的。在查阅过程中，我们注意到该公司所发生的绿化费用，是作为管理费用在当期税前扣除。这些绿化费用该公司是按绿化工程管理，收有质量保证金，取得的是建筑业发票，符合固定资产管理条件，应按固定资产管理，不应在当期税前扣除，应调增应纳税所得额。

④“非正常损失”反映在“营业外支出”科目，查阅这一科目下的处理资产净损失，发现该公司将未获税务机关批准同意扣除的土地损失在企业所得税申报时扣除，应调增应纳税所得额。

5.评估处理
根据评估人员评估核查的情况，该公司补缴了企业所得税1000多万元，并调整了账务处理。