《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕59号）和《国家税务总局关于发布〈企业重组业务企业所得税管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2010年4号）出台后，对促进企业兼并重组，鼓励企业做大做强起到了良好的作用。但是，企业重组形式多样，业务复杂，企业所得税重组政策尚有很多需要进一步明确之处。笔者整理了企业重组需要明确的一系列问题，本文拟探讨发行权益性证券的股权收购中，被收购股权计税基础如何确定这一问题。

案例
A公司发行价值为5亿元的股票，定向增发购买B公司持有的M公司100%股权，B公司持有M公司股权的计税基础为3亿元。

问题：A公司股权收购后，持有M公司股权的计税基础是3亿元还是5亿元？

第一种观点认为，A公司股权收购后，持有M公司股权的计税基础应为5亿元。理由之一是，《企业会计准则——第2号》中，以发行权益性证券取得的股权，按照权益性证券的公允价值确认收购股权的入账价值，因此，以发行权益性证券取得的股权，其计税基础也应和会计准则相同。理由之二是，如果按照3亿元确认计税基础，本来是递延纳税的特殊性税务处理，就会出现重复纳税。例如，B公司将股权收购后取得的股票转让，卖价5亿元，计税基础3亿元，确认所得2亿元，同时，A公司将取得的M公司股权转让，计税基础3亿元，也确认所得2亿元。即股权收购时，未确认所得，但双方转让后共确认所得4亿元。而如果按照一般性税务处理，在第一次股权转让时，确认股权转让所得2亿元，A公司、B公司股权收购后计税基础均为5亿元，双方再次转让后，不再确认所得，即共确认所得2亿元。所以，只有A公司取得M公司股权的计税基础按照5亿元确认，才能避免重复纳税。

第二种观点认为，应该严格按照财税〔2009〕59号文件第六条第二款第二项规定处理，即收购企业取得被收购企业股权的计税基础，以被收购股权企业的原有计税基础确定。即A公司发行权益性证券，取得的M公司股权计税基础应该确认为3亿元。

分析
笔者认为第二种观点更为恰当。理由如下：
1.《企业会计准则——第2号》规定，A公司取得M公司股权的计税基础按照公允价值5亿元确认，只是会计的规定，而会计与税收的差异是经常存在的，会计准则对入账价值的认定不影响税收上对计税基础的确定。

2.从整体上看，特殊性税务处理并不会造成重复纳税。上例中，股权收购后，A公司将持有的M公司100%股份转让后，A公司实现所得2亿元，该所得从理论上来看，应归属于其新股东B公司所有，而当B公司将持有A公司的股票转让给C公司后，该项所得应归属于C公司。假设C公司以5亿元购买B公司持有的A公司股票后，A公司派发红利0.75亿元，对于C公司而言，属于符合条件的股息红利所得，享受免税待遇，而转让其持有的股权时，由于A公司已经将该项股权蕴含的股息发放，从理论上来看，C公司的转让价格只能是3亿元。即C公司持有B公司股票的计税基础为5亿元，转让价格为3亿元，形成了2亿元的损失，而该项损失是可以弥补其他所得的，因此重组业务形成两次所得和一次损失。从整体上看，仍然是一次所得，并未形成重复纳税。如果A公司一直未分红，清算时，由于被清算企业的未分配利润可以从剩余资产中扣减，仍然可以得出上述结果。

3.如果允许A公司持有M公司股权的计税基础为5亿元，税收漏洞太大，即使从征管的角度来看，也不应允许。例如，B公司持有M公司股权计税基础为3亿元，公允价值为5亿元，B公司同C公司达成股权转让协议要转让该项股权。为了避税，B公司进行了以下策划：

第一步，将M公司的100%股权投资给关联企业A公司，该步骤为符合特殊性税务处理的股权收购。B公司不征税，同时A公司按照5亿元确认计税基础。

第二步，由A公司将股权转让给C公司，转让价款5亿元，由于其计税基础为5亿元，A公司不征税。

通过以上步骤，B公司转让M公司股权，没有缴纳税款，虽然未来B公司转让A公司股权时，股权转让所得将会实现，但很可能B公司转让A公司股权遥遥无期。

4.财税〔2009〕59号文件明确，特殊性税务处理适用是可以选择的，并没有硬性规定符合特殊性税务处理条件的，必须选用特殊性税务处理，因此，如果纳税人认为一般性税务处理不符合企业整体税收利益，可以选用一般性税务处理。

在重组实践中，以上问题一直是各方争议的焦点，建议国家相关部门出台细致规定，以消弭争议。